Папа відрядив святого Петра Даміані та єпископа Лукки Ансельма до Мілана, щоб перевірити різницю між церковною владою міста та патаренами, які намагались бути незалежними від папського престолу. Місія завершилась повним успіхом, архієпископ Мілана Відо визнав владу папи.
Виборча реформа
Миколай II видав декрет In nomine Domini, яким був встановлений новий порядок папських виборів. Отже, папа мав обиратись на зборах кардиналів, а не на підставі бажань римської аристократії.