Впровадив деякі незначні зміни до церковних правил. 31 березня1188 року уклав договір з римлянами, у квітні 1189 року помирився з імператором Фрідріхом I Барбароссою.
Паоло Сколарі був уродженцем Рима та став першим після смерті Іннокентія II (1143) римлянином на папському престолі. Точна дата його народження невідома, але хроністи відзначають його похилий вік до моменту обрання на кафедру. Упродовж тривалого понтифікатуОлександра III був йому відданим і послідовно призначався архіпресвітером Латеранського собору, кардиналом-дияконом Санті-Серджо-е-Бакко та, зрештою (1180), кардиналом-єпископомПалестрини. За два дні після смерті Григорія VIII в Пізі Паоло Сколарі був обраний папою та прийняв ім'я Климента III. 7 січня 1188 року Климент III був коронований, церемонію проводив його майбутній наступник — кардинал Джачінто Бобоне Орсіні.
Понтифікат
Будучи уродженцем Рима, Климент III зумів домогтись примирення папства з римлянами, завершивши конфлікт, що тривав з 1143 року, та повернутись до своєї столиці в лютому 1188 року. Остаточна угода була підписана 31 травня 1188 року: за нею римляни зберегли за собою право виборів магістратів, але право призначення губернатора міста було передано папі.
Смерть бездітного сицилійського короля Вільгельма II Доброго (18 листопада1189 року) послужила початком конфлікту папства з Гогенштауфенами з перервами на сім десятиліть, оскільки порушила традиційно підтримувану папами рівновагу між Священною Римською імперією, до якої входили північноіталійські території, та норманським Сицилійським королівством (Південна Італія). З моменту появи норманів у Південній Італії папи вдало лавірували між імператорами та норманами, підтримуючи то одну, то іншу сторону. Тітка та потенційна спадкоємиця Вільгельма II Констанція була у шлюбі з сином Фрідріха Барбаросси Генріхом VI. Перехід Сицилійського королівства до рук Генріха VI означав би для папства катастрофу, оскільки Папська область виявилась би затиснутою між Імперією та Сицилією, що перебували в руках Гогенштауфенів.
У зв'язку з цим, Климент III, в порушення законних прав Генріха VI та Констанції, підтримав обрання на трон Сицилії незаконнонародженого Танкреда ді Лечче, визнав останнього королем і погодився на його коронацію в соборі Палермо (18 січня1190 року). Генріх VI, зі свого боку, оголосив про свої права на Сицилію, зібрав армію та в листопаді 1190 року вирушив на Рим для своєї імперської коронації, щоб потім вторгнутись до Південної Італії. Ломбардські міста й Піза підтримали короля, й він, не зустрічаючи перепон, підступив до Рима (березень 1191 року). Раптова смерть Климента III (20 березня 1191 року) позбавила папу від зустрічі з Генріхом VI, і проблема сицилійського спадкування престолу перейшла до його наступника Целестина III.