2009 yılında ordunun bütçesi yaklaşık 2,46 milyar dolardı, yine de Stockholm Uluslararası Barış Araştırma Enstitüsüne göre aynı yıl bu bütçenin yaklaşık 1,46 milyar doları harcandı.[6]
Azerbaycan Silahlı Kuvvetlerinin 2020 yılı bütçesi 2,267 milyar dolar olarak belirlenmiştir.[7]
28 Mayıs 1918'de kabul edilen Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti'nin istiklal beyannamesinde geçen; Azerbaycan kendini dış saldırılara karşı savunmak ve iç düşman kuvvetlerini etkisiz hale getirmek için nizami orduya sahip olmalı, kendisinin silahlı kuvvetlerini oluşturmalıdır. Çünkü bağımsız ordusu olmayan devletin ulusal devletçiliği hep yabancıların tehlikesi altında yaşamaya mahkûmdur. Bu zorunlulukla ilgili 28 mayıs 1918'de oluşturulan ilk kabinede Azerbaycan hükûmetinin Savunma Bakanı görevine general Hüsrev Bey Sultanov atandı. Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti'nin ordu yapılanması hakkında tedbirler planına uygun olarak 1919 yılı Kasım ayının 1'ine kadar ordunun en önemli yapısal birimleri ve bölümleri oluşturuldu. Azerbaycan Halk Cumhuriyeti kurulduğu ilk dönemlerde onun askeri kuvvetleri 600 kişilik gönüllü askerlerden ibaretti. Hükûmet 1918 yılı 19 Haziran gününde ülke topraklarında sıkıyönetim ilan etti. Azerbaycan Halk Cumhuriyeti Bakanlar Konseyi 26 Haziran 1918 tarihli kararı ile Çarlık Rusyası döneminde "Vahşi tümen" ("Dikay / diviziy Kayıt") denen eski Tatar süvari alayının askerlerinden şekillendirilmiştir. 11 Temmuz hükûmet emri ile askeri seferberlik ilan edildi. Azerbaycan Cumhuriyeti 1894-1899 yılları arasında doğmuş bütün Müslüman vatandaşları orduya çağırdı.
1920 yılında Azerbaycan Sovyet Rusya'sı tarafından işgal edildikten sonra Azerbaycan'ın Askeri Bakanlığı resmen iptal edilerek, bu fonksiyon Azerbaycan Asker ve Donanma İşleri Halk Komiserliği adını almış ve Cengiz Yıldırım bu göreve atanmıştır. Bu süreçte Azerbaycan ordusunun 21 Generalinden 15'i Bolşevikler tarafından öldürülmüştü. Azerbaycan'ın bağımsızlığını tekrar kazanmasından sonra, 1991 yılının Eylül ayında Sovyet Rusya'nın kararı ile, 9 Ekim'de Azerbaycan Silahlı Kuvvetleri'nin kurulması kabul edildi.
1992 yılının Ocak ayında Azerbaycan Ordusu, ilk işlemini gerçekleştirdi. Şuşa şehri yakınlarındaki Daşaltı kentini ele geçirmek amacıyla gerçekleştirilen Daşaltı işlemi başarısızlıkla sonuçlandı. Yazın 1992 Azerbaycan Savunma Bakanlığı'nın komuta heyeti yönetimi altında çıkarma birlikleri oluşturuldu. Azerbaycan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanının 1992 18 Eylül tarihli emri ile 9 Ekim Azerbaycan Cumhuriyeti Silahlı Kuvvetleri günü ilan edildi. Fakat, 22 Mayıs 1998 tarihli Cumhurbaşkanı emri ile ilgili kararname yürürlükten düşürülerek 26 Haziran tarihi Silahlı Kuvvetler günü ilan edilmiştir. 1997 yılının Ocak ayında Azerbaycan barış kuvvetleri oluşturulmuştu.
Azerbaycan ordusunun tarihinde en büyük silah anlaşması ise 2012 yılında gerçekleşti. Aynı yılın Şubat ayında İsrail'in Israeli Aerospace Industries (İAİ) adlı büyük askeri sanayi şirketi Azerbaycan'a insansız istihbarat uçaklarının en yeni versiyonlarının ve en modern hava savunma Sistemlerinin satılmasına dair 1.6 milyar dolarlık anlaşma yapıldı. İsrail askeri uzmanlarının büyük kısmı Azerbaycanlı meslektaşlarına yeni silah sistemleri ile çalışmayı öğretmek için Bakü'ye gönderildi. Yeni anlaşmaya göre İsrail'den düşman hedeflerine net füze fırlatabilen insansız istihbarat uçakları "Heron" ların alınması, ayrıca hava ve füze saldırısından güvenli koruma sağlayan HHM sistemlerinin alınması kararlaştırıldı. Bu HHM sistemleri Azerbaycan topraklarını balistik füze darbelerinden savunmaya yardımcı olacaktır.
2008-2012 yıllarında devlet bütçesinden ülkenin savunma gücünün artırılması ve silahlı kuvvetlerin maddi ve teknik yenilenmesini sağlanması amacıyla 12 milyar ABD doları ayrılmıştır. Azerbaycan savunma sektörüne devlet bütçesinden ayırdı hacme göre Güney Kafkasya ve Orta Asya ülkelerini 4 defaya yakın katlayabilir. Bu dönemde silah ve askeri tekniklerin satın alınmasına dair Ukrayna, Rusya, Belarus, Türkiye, İsrail, Güney Afrika, Sırbistan, Avusturya vb., Askeri ürünlerin üretimine dair Ukrayna, Belarus, Türkiye, Güney Afrika, Polonya, Ürdün gibi ülkelerle anlaşmalar imzalandı.