На престо је сео као осамнаестогодишњак у јеку револуције 1848. године, када је његов претходник Фердинанд I Добри био присиљен да абдицира, а Фрања Јосиф (који тада нема право на круну) постаје цар тек након што је под притиском и његов отац надвојвода Франц Карл одбио царску круну.
Уз колегијалну војну помоћ руског цара успео је да 1849. године угуши мађарску револуцију, а затим је увео централистичко-апсолутистички режим. Да би превладао унутрашњу кризу у Монархији цар Фрања Јосиф попустио је притиску Мађара и приклонио се стварању двојне Аустроугарске монархије. Тиме је осигурао лојалност Немаца и Мађара својој династији, али је наметањем њихове доминације над ненемачким и немађарским народима, углавном словенским становништвом, заоштрио национално питање које је постало извор нових сукоба и криза.
Њихов коначан расплет, кобан за опстанак монархије, збио се у Првом светском рату, али цар није доживио његов крај и пропаст своје монархије.
Мађарска револуција и друге кризе
Мађарска побуна је угушена тек уз помоћ руских трупа 1849. године, само да би цар у својој сулудој политици током Кримског рата окренуо Русију заувек против себе и тако смањио њен притисак на Пруску. Тим потезом он остаје без једине пријатељски настројене велесиле спремне да иде у рат на страни Аустрије. У другом слично „генијалном“ потезу он најављује рат, заједно с Пруском, Данској чији чланови краљевске фамилије су орођени британском краљевском кућом, само да би се неколико година касније нашао у рату с „пријатељском“ Пруском.
Почетак XX века налази аустроугарску државу у савезу с Италијом и Немачком. То је било такво пријатељство да Аустрија по својим војним плановима држи једну армију у сталној резерви због могућег рата с Италијом. Истовремено Немачку с времена на време потресају идеје о анексији Аустрије и препуштању остатка државе независној Угарској.
Први светски рат и крај царства
Убиство престолонаследника Франца Фердинанда којим почиње Први светски рат затиче целу државу у ратном заносу осим старог Фрање Јосифа који изјављује: „Сада вичу, захтевају рат, а сутра ће плакати“.
За његових позних година долази до низа породичних трагедија: у замку Мајерлинг1889. године пронађени су мртви царев син и престолонаследник Рудолф и грофица Марија Вечера, а њихова смрт ни до данас није расветљена, затим, атентат на царицу Елизабету (Сиси), те убиство престолонаследника Франца Фердинанда. Наследио га је рођак Карл, који постаје последњи аустријски монарх.
Бабић, Мирко; Вујичић, Петар (2014). „Аустроугарски погроми против Срба 1914-1918: Са посебним освртом на ратно законодавство, логоре и злочине шуцкора у БиХ”. Сарајевски атентат 1914. Ћоровићеви сусрети 2013. године: Међународни научни скуп историчара. Гацко: Просвјета. стр. 307—324.
Honzík, Miroslav; Honzíková, Hana (1984). 1914/1918, Léta zkázy a naděje. Czech Republic: Panorama.
Краљачић, Томислав (2014) [1992]. „Аустроугарски планови о стварању етничког зида у источној Босни у Првом свјетском рату”. Могуће стратегије развоја Србије. Београд: САНУ. стр. 930—936.
Радојевић, Мира; Димић, Љубодраг (2014). Србија у Великом рату 1914-1918: Кратка историја. Београд: Српска књижевна задруга, Београдски форум за свет равноправних.