Od 1941. do 1945. vodeće ličnosti Katoličke crkve na području Hrvatske i BiH iskazivali su simpatije prema novonastaloj Nezavisnoj Državi Hrvatskoj. Pripadnici nižeg svećenstva eksplicitno su iskazivali podršku ustaškom pokretu i njegovoj fašističkoj politici sudjelujući u njegovim aktivnostima, bilo kao državni službenici bilo kao pripadnici oružanih formacija. U nekim slučajevima aktivno su sudjelovali u progonu i istrebljenju etničkih grupa kao što su Srbi, Jevreji i Romi. S druge strane, u pojedinim slučajevima vodeći katolički velikodostojnici implicitno su osuđivali zločine ustaša i pomagali njihovim žrtvama.

• Srpska pravoslavna crkva u Drugom svetskom ratu
• Islamska zajednica Bosne i Hercegovine u NDH
• Klerofašizam
• Holokaust

• Uloga rimokatoličke crkve u NDH (Peter Wiener)
• Veze katoličke crkve sa nacizmom Arhivirano 2012-11-02 na Wayback Machine-u
• The Vatican's Holocaust - Avro Manhattan