O museu comportava carros de único modelo no Brasil, incluindo veículos como Willys Itamaraty, Willys Capeta, Cadillac, Rolls-Royce e DKW Candango, bem como abrigava materiais escritos como documentos, livros e revistas sobre o assunto.[6] Em números, o acervo do museu chegava a pouco mais de quatrocentos carros.[7]
No entanto, em 2012, a Secretaria do Patrimônio da União solicitou de volta o espaço, o que resultou em um imbróglio judicial que decretou que o Museu do Automóvel fosse lacrado e impedida a visitação do público, permanecendo neste estado até os dias atuais.[8] No mesmo ano, e sob ameaças de serem fechados, a Ford doou um modelo do carro Galaxie Landau do ano de 1981 completo que era usado como veículo de testes na empresa.[9] Apesar do imbróglio jurídico, no Distrito Federal, existe uma lei orgânica que proíbe quaisquer tipo de fechamento de museus.[9]
No ano de 2016, fãs e visitantes conseguiram mais de seis mil assinaturas endereçados a presidente Dilma Rousseff, para que se sensibilizasse com a causa e permitisse a reabertura do museu.[7]
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