O Campeonato Paulista de Futebol da Série A3 de 2016 foi a 63.ª edição da terceira divisão do futebol paulista. A competição, organizada pela Federação Paulista de Futebol, foi disputada por vinte equipes entre 31 de janeiro e 15 de maio. Ao fim do torneio, o campeão e o vice tiveram acesso à Série A2 de 2017, enquanto os seis últimos foram rebaixados à Série B, equivalente à quarta divisão do Estado em 2017.
A competição foi disputada por vinte equipes: além dos quatro rebaixados da Série A2 de 2015 e dos quatro promovidos da Série B de 2015 (equivalente ao quatro patamar do futebol paulista), também participariam, a princípio, os doze clubes que terminaram a Série A3 de 2015 entre o 5º e o 16º lugares. Entretanto, o Sport Club Atibaia, 4º colocado, teve sua promoção impedida em 2015 pelo fato de não ter um estádio condizente com as exigências da Série A2. Além disso, o Cotia Futebol Clube, 16º colocado, foi automaticamente rebaixado para a Série B por ter se ausentado em três partidas da competição. Desse modo, além dos rebaixados e promovidos de 2015, participarão da competição as equipes que terminaram a Série A3 do ano anterior na 4ª posição, da 6ª à 15ª e na 17ª.
Na primeira fase do torneio, as vinte equipes se enfrentaram em dezenove rodadas (todos contra todos, apenas jogos de ida). Os seis clubes com as menores pontuação foram rebaixados para a Série B de 2017, enquanto os oito primeiros colocados avançaram para a segunda fase da competição, na qual os clubes foram divididos em dois grupos. As equipes se enfrentaram dentro de cada chave, em jogos de ida e volta, totalizando seis rodadas nessa etapa. Ao fim da segunda fase, apenas os líderes de cada grupo, Sertãozinho e Rio Preto, tiveram acesso garantido à Série A2 de 2017. O campeão da terceira divisão foi o Sertãozinho, após enfrentar o Rio Preto em jogos de ida e volta.[3]
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