Foi fundado em 15 de novembro de 1961 e sua cor principal é o azul. O Fernandópolis disputa a quinta divisão do futebol paulista.
História
Fundado com o nome de Associação Bancária de Esportes (A.B.E), teve o nome mudado em 1966 para Fernandópolis Futebol Clube para poder divulgar mais o nome da cidade no estado e porque os bancários já não contribuíam mais para o clube. Desde sua fundação, o escudo do time é uma Águia, inicialmente com as letras A na asa direita, B no peito e E na esquerda formando a sigla ABE. Depois da troca do nome para Fernandópolis Futebol Clube, as letras foram trocadas para FFC mantendo a mesma ordem. A Águia encontra-se sobre uma faixa onde está escrito Fernandópolis.
Em 1964, o Campeonato da Quarta Divisão era disputado em duas chaves (interior e capital). Os campeões de cada chave faziam a final do campeonato. A ABE foi campeã da chave do interior e decidiu contra o São José Esporte Clube de São José dos Campos o título do campeonato. Após perder por 2x1 em Fernandópolis a equipe acabou empatando por 0x0 em São José dos Campos e ficou com o vice campeonato.
Em 1967, se classificou para o quadrangular final da Terceira Divisão, contra União Barbarense, Volkswagen Clube de São Bernardo do Campo e São Bento de Marília, mas a equipe não conseguiu o acesso, ficando na Terceira Divisão até 1968.
Em 1969 e 1970, devido a problemas financeiros, o Fernandópolis se licenciou do campeonato.
Voltou ao Campeonato Paulista em 1971, na Terceira Divisão, onde ficou até 1976. Em 1977, a Federação remodelou o campeonato e incluiu o Fernandópolis na Quarta Divisão, onde disputou em 1977, 1978 e 1979.
Em 1979, a equipe fez uma ótima campanha e se sagrou campeã do Campeonato Paulista da Segunda Divisão de profissionais (equivalente a Quarta Divisão). No início de 1980 a Federação Paulista de Futebol remodelou seus campeonatos e incluiu o Fefecê na segunda divisão estadual.
Entre 1980 e 1993, disputou o Campeonato da Segunda Divisão e sua melhor colocação na história foi em 1989, quando chegou a 2º fase do Campeonato. Eram três grupos de quatro times e o "Fefecê" enfrentou Ponte Preta, Associação Atlética Francana e Rio Branco de Americana. Mas a equipe não conseguiu a classificação para a fase semifinal do campeonato, terminando em 11º na classificação geral.
Em 1981, jogou contra o Santos no seu estádio na época com o nome do presidente americano John Kennedy. Um amistoso realizado como forma de pagamento do craque Carlos Silva. O resultado 1x1, inclusive com penalidade defendida por Betinho, goleiro que posteriormente transferiu-se para o América F.C. de São José do Rio Preto.
Em 1985, recebeu o São Paulo FC em Fernandópolis para um amistoso que terminou 1x1. Jogadores importantes disputaram essa partida como Silas, Rubem Furtembach, Abelha, todos campeões paulistas naquele ano.
Em 1990, o Fernandópolis Futebol Clube chegou às finais do Campeonato Paulista de Juniores disputando em jogos de ida e volta contra XV de Piracicaba, XV de Jaú, Juventus e Portuguesa, comandada pelo técnicoÉcio Pasca, que tinha atletas de destaque à época como Dener, Tico e Sinval. O FFC acabou em quinto lugar, conquistando a vaga para a Taça São Paulo de Juniores do ano seguinte, disputando na cidade de Taquaritinga sob o comando o Prof. Nelsinho. No profissional, conquistou o Torneio Início disputado em Fernandópolis, tendo como artilheiro com quatorze gols Gil (Gildecio Barbosa),.
Em 1993, a equipe disputava a Divisão Intermediária equivalente a Segunda Divisão (atual A2). Apesar de ter feito uma boa campanha, se classificando para a fase final do torneio, a Federação Paulista de Futebol remodelou seus campeonatos, dividindo em Série A1, A2, A3 e B1-A. O rebaixamento do clube para a série B1-A aconteceu de forma extra campo, por não ter cumprido uma determinação da Federação Paulista de Futebol que determinava o rebaixamento de todos os times que não possuíam estádio com capacidade de 15 mil pessoas a recém criada série B1-A.
Em 1994, o FFC disputou a Quarta Divisão e fez bonito. Em um campeonato de pontos corridos, conquistou o título, tendo conquistado a liderança da competição apenas na última rodada. Na partida que val. No mesmo ano, a equipe júnior também se sagrou campeã estadual da Segunda Divisão. Neste ano houve também a ampliação do estádio Cláudio Rodante para 15 mil lugares.
Entre 1995 e 1996, o Fernandópolis disputou a Terceira Divisão e conseguiu boas colocações (5º e 6º lugares respectivamente). Mas em 1997, a equipe realiza uma campanha desastrosa, que o levou para o rebaixamento. Foi a primeira vez que o Fernandópolis foi rebaixado dentro de campo.
Desde 1998, disputa o Campeonato Paulista da Quarta Divisão. A melhor campanha neste período foi em 2003, quando terminou em nono lugar na classificação geral, e a pior foi em 2005 quando disputou 14 partidas, empatando 4 e perdendo 10 e terminando na penúltima colocação.
Naquele ano de 2015, depois de uma campanha que começou com uma derrota de virada em casa, além do começo ruim o time teve forças e na última rodada da primeira fase em Assis teve força para classificar diante do VOCEM. Na segunda fase começou perdendo para a Internacional de Bebedouro, depois teve uma recuperação excelente, diante de 5.000 pessoas, no Claudio Rodante conseguiu o acesso para série A3 de 2016 em cima do São Bernardo.
O clube caiu da divisão em 2016, ao terminar como vice-lanterna da Série A3.[6]
Em 2019, o acesso à Série A3 chegou perto, quando o Fefecê foi semifinalista e acabou eliminado pelo Marília na semifinal.[6] Na ocasião, a equipe teve o artilheiro da competição, Murilo, com 15 gols.[6]
Em setembro de 2019, presidente e vice do Fernandópolis, Oclécio de Almeida Dutra e Ricardo Saravalli, são presos na Operação Vagatomia da Polícia Federal, que investigava esquema de fraudes na concessão do Fies em Fernandópolis.[7]
Em 2020, voltou a se licenciar das competições esportivas.[6]
Em julho de 2023, o TJD-SP (Tribunal de Justiça Desportiva de São Paulo) suspendeu o Fernandópolis e 11 jogadores (Rafael, Rian, Calebe, Ryan, Anthony, Chrigor, Vinicius, Gabriel, Mauro Josias, Peixeiro e Índio) por suspeita de manipulação de resultados em duas partidas da Bezinha do Campeonato Paulista, a quarta divisão estadual, derrotas para Vocem e Tanabi.[8][9] Sete atletas denunciados pela procuradoria foram absolvidos por unanimidade e quatro deles (Índio, Rafael, Rian e Rinaldo) receberam multa e ficaram afastados por até um ano.[10]
