O campeonato será disputado em quatro etapas: fase classificatória, quartas de final, semifinais e final. Na primeira fase, as doze equipes jogarão entre si em jogos de ida, totalizando onze rodadas. As oito equipes com o maior número de pontos conquistados na primeira fase avançarão para as quartas de final, enquanto os dois últimos colocados serão rebaixados para a segunda divisão de 2017. A partir daí, os times se enfrentarão em sistema de mata-mata até a determinação do campeão brasiliense de 2016.
Ocorrendo empate em número de pontos ganhos entre duas ou mais equipes na fase classificatória, serão aplicados, sucessivamente, os seguintes critérios de desempate:
Maior número de vitórias.
Maior saldo de gols.
Maior número de gols pró.
Menor número de cartões vermelhos.
Menor número de cartões amarelos.
Nos jogos das fases eliminatórias (mata-mata), ocorrendo empate após os 180 minutos de jogo, a partida será definida por meio de cobranças de penalidades máximas.