Zimmern ble i 1884 dr.phil. i semittiske språk ved Universitetet i Leipzig. Han habiliterte seg i 1889 ved Universitetet i Königsberg.[8] Etter habilitasjonen var han fra 1889 til 1890 privatdosent i assyriologi i Königsberg. Fra 1890 til 1894 var han privatdosent i samme felt ved Universitetet i Halle. Deretter var han 1894–1900 dosent (außerordentlicher professor) ved Universitetet i Leipzig. Fra 1899 til 1900 hadde han også stilling ved Universitetet i Breslau. Zimmern ble i 1900 professor i orientalske språk ved Universitetet i Leipzig, en stilling han hadde til 1929.[8]
Zimmern deltok i den av Frants Buhl ledede revideringen av Wilhelm Gesenius'Hebräisches und aramäisches Handwörterbuch über das Alte Testament fra og med 12. opplag (16. opplag 1915) og stod sammen med Hugo Winckler for det tredje, fullstendig omarbeidede opplaget (1902–03) av Eberhard Schraders verk Die Keilinschriften und das Alte Testament samt gav de assyriologiske bidrag til Hermann GunkelsSchöpfung und Chaos in Urzeit und Endzeit (1895).[9]
Bibliografi
Babylonische Busspsalmen umschreiben, übersetzt und erklärt (1885)
Beiträge zur Kenntnis der babylonische Religion (i "Assyriologische Bibliothek", XII, 1896-1900)
Vater, Sohn und Fürsprecher in der babylonischen Gottesvorstellung (1896)
Vergleichende Grammatik der semitischen Sprachen (i "Porta linguarum orientalium", 1898)
Biblische und babylonische Urgeschichte (i "Der alte Orient", 1901; 3. opplag 1903)
Keilinschriften und Babel nach ihrem religionsgeschichtlichen Zusammenhang. Ein Leitfaden zur Orientierung im sogenannten Babel-Bibel-Streit, mit Einbeziehung auch der neutestamentlichen Pobleme (1903)
Babylonische Hymnen und Gebete in Auswahl (i "Der alte Orient", 1905-11)
Sumerisch-babylonische Tamúzlieder (1907)
Der babylonische Gott Tamúz (1909)
Zum Streit um die "Christusmythe". Das babylonische Material in seinen Hauptpunkten dargestellt (1910)
Sumerische Kultlieder aus altbabylonischer Zeit (2. band, 1912-13)
Akkadische Fremdwörter als Beweis für babylonsichen Kultureinfluss (1915; 2. opplag 1917)
König Lipit-Istar’s Vergöttlichung. Ein altsumerisches Lied (1916)