Regionen har vore folkesett sidan førhistorisk tid, og det er gjort funn av førhistoriske flintreiskapar i området.
I 1596 stod Qalqili oppført i osmanske skattelister som ein landsby i Bani Sa'b nahiya i Nablus liwa . Han hadde eit folketal på 13 muslimske hushald og betalte skatt for kveite, bygg, sommaravlingar, oliven og geiter eller bikubar.[5]
I 1882 vart Qalqilya skildra som «ein stor, ganske spreidd landsby, med cisterner i nord og eit basseng i sørevst. Husa er i dårleg stand.»[6]
Qalqilya vart ein sjølvstendig lokal kommune i 1909.[treng kjelde]
I folketeljinga i 1922 hadde Qalqileh eit folketal på 2803, 9 kristne og 2 794 muslimar.[7]
I folketeljinga i 1931 hadde Qalqilya 796 busette hus og eit folketal på 3855 muslimar og 12 kristne.[8]
Den arabisk-israelske konflikten
I 1948 slo flyktningar frå dei arabiske landsbyane Kafr Saba og Abu Kishek seg ned i Qalqilya og fekk hjelp frå UNRWA. I våpenkvileavtalen i 1949 mellom Israel og Jordan vart byen ein del av det Jordan-okkuperte området.
Natta den 10. oktober 1956 gjekk den israelske hæren til åtak mot politistasjonen i Qalqilya. Moshe Dayan gav ordre om åtaket og det omfatta fleire tusen soldatar. Under kampane vart eit kompani fallskjermjegerar omringa av jordanske soldatar, og dei overlevande klarte berre så vidt å kome seg unna med luftstøtte frå fire israelske luftfartøy. Israelarane mista 18 mann, medan 68 vart skadde. Mellom 70 og 90 jordanarar vart drepne.[9]
Etter erobringa av Qalqilya i seksdagarskrigen vart innbyggjarane drivne bort og mange av bygningane rivne ned. I memoarane sine skildra Moshe Dayan øydelegginga som ei «straff» meint å jage innbyggjarane bort.[treng kjelde] Landsbybuarane fekk etter kvart lov å vende heim att og oppbygginga av dei øydelagde husa vart finansiert av dei militære styresmaktene.[10] I september 1967 hadde byen 8 922 innbyggjarar, der 1 837 opphavleg var frå israelske område.[11]
Hütteroth, Wolf-Dieter; Abdulfattah, Kamal (1977). Historical Geography of Palestine, Transjordan and South Syria in the Late 16th Century. Erlanger Geographische Arbeiten, Sonderband 5. Erlangen, Tyskland: Vorstand der Fränkischen Geographischen Gesellschaft.
↑Dani Filc and Hadas Ziv (2006). «Exception as the Norm and the Fiction of Sovereignty: The Lack of the Right to Health Care i Occupied Territories». I John Parry. Evil, Law and the State: Perspectives on State Power and Violence. Editions Rodopi B.V. s. 75. ISBN9789042017481.
↑Wolf-Dieter Hütteroth and Kamal Abdulfattah (1977). Historical Geography of Palestine, Transjordan and South Syria in the Late 16th Century. Erlanger Geographische Arbeiten, Sonderband 5. Erlangen, Tyskland: Vorstand der Fränkischen Geographischen Gesellschaft. s. 140.
↑J.B. Barron, red. (1923). Palestine: Report and General Abstracts of the Census of 1922. Government of Palestine. Table IX, Subdistrict of Tulkarem, s. 27.
↑E. Mills, red. (1932). Census of Palestine 1931. Population of Villages, Towns and Administrative Areas. Jerusalem: Government of Palestine. s. 56.
↑Morris, Benny (1993) Israel's Border Wars, 1949 – 1956. Arab Infiltration, Israeli Retaliation, and the Countdown to the Suez War. Oxford University Press, ISBN 0-19-827850-0. s. 397–399.
↑Joel Perlmann. The 1967 Census of West Bank and the Gaza Stip: A Digitized Version. Annandale-on-Hudson, N.Y.: Levy Economics
Institute of Bard College. November 2011 – February 2012. [Digitized from: Israelsk statistisk sentralbyrå, Census of Population and Housing, 1967 Conducted i Areas Administered by the IDF, Vols. 1–5 (1967–70), and Census of Population and Housing: Aust-Jerusalem, Parts 1 and 2 (1968–70). http://www.levyinstitute.org/palestinian-census/.] Vol. 1, Table 2.