Merckx werd prof in november 1993. Hij was een verdienstelijk renner die in augustus 2007 een profcarrière van veertien jaar afsloot.
Merckx behaalde enkele grote ereplaatsen en in 2000 won hij het Belgisch Kampioenschap en de achtste rit van Ronde van Italië. Tijdens de live-uitzending op de Belgische televisie van de achtste rit van de Ronde van Italië was zijn vader co-commentator.
In 1998, 2001, 2002, 2004, 2005, 2006 en 2007 was hij de best gerangschikte Belg in de Ronde van Frankrijk. In 2004 werd hij derde in de olympische wegrit in Athene, iets waar zijn vader nooit in geslaagd was, waarmee hij voor die Spelen aldus voor een eerste bronzen medaille voor België zorgde. Op 29 juli 2007 reed hij zijn laatste officiële UCI-wedstrijd, de laatste rit van de Ronde van Frankrijk van 2007. Daarna reed hij nog enkele natourcriteriums als definitief afscheid. Zijn laatste wedstrijd, een criterium, reed hij op maandag 6 augustus 2007 in Lommel. Hij won dit criterium voor Johan Vansummeren en Tom Boonen.
Merckx trouwde in 1997 met de CanadeseatleteJodi Cross. Samen hebben zij twee dochters: Axana Taylor (5 mei 2001) en Athina Grace (29 juni 2005). Merckx trok na zijn fietsloopbaan met zijn gezin naar Canada. In 2022 scheidde Merckx van Jodi. Hij heeft momenteel een relatie met de Amerikaanse renster Chloe Dygert[1].
Merckx is anno 2023 actief als ploegbaas bij het Amerikaanse Hagens Berman Axeon.
Omdat zijn vader baron is, mogen hij en zijn kinderen de titel jonkheer voeren.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
