Piero Braglia (esonerato il 23 novembre 2013 e subentrato il 24 febbraio 2014), Fulvio Pea (subentrato il 23 novembre 2013 ed esonerato il 24 febbraio 2014)
In estate il presidente uscente Francesco Giglio cede la Società all'amico Manniello, per dedicarsi meglio alle sue attività lavorative. Così la nuova Juve Stabia continua e in panchina viene riconfermato Piero Braglia, con una rivoluzione totale della squadra. Infatti restano soltanto pochi calciatori della passata stagione, tra cui capitan Caserta, mentre Dicuonzo, Scognamiglio, Mbakogu, Zito, lasciano la Juve Stabia per fare posto a nuovi calciatori importanti come Samuel Di Carmine in arrivo dal Cittadella e lo stabiese Gigi Vitale in arrivo dal Napoli.
Intanto il 21 luglio 2013 inizia il ritiro a Cascia e poco dopo l'11 agosto, c'è la prima uscita stagionale. In occasione dalla Coppa Italia, si gioca Juve Stabia-Gubbio, che termina 3-0 per le vespe stabiesi, che però il 17 agosto vengono eliminate dal Varese ai rigori, dopo che il match era terminato 1-1.
Nel girone d'andata i campani si rivelano la peggior squadra del campionato,con 1 vittoria,6 pareggi,15 sconfitte, peggior difesa con 37 gol subiti e peggior differenza reti. -19. Questi risultati relegano gli stabiesi all'ultimo posto con appena 9 punti, a 12 punti di distanza dalla zona salvezza.
L'unica vittoria del girone d'andata arriva alla quinta giornata in casa del Cittadella (0-2), grazie alle reti di Maurizio Lanzaro e Ali Sowe. Esattamente due mesi dopo l'allenatore Piero Braglia viene esonerato, per far posto a Fulvio Pea.
Il 25 gennaio 2014 gli stabiesi tornano alla vittoria dopo 16 giornate di digiuno, vincendo in casa contro il Pescara (2-1), che occupa il quinto posto in classifica. Grazie a questa vittoria i campani ritornano al successo in casa a distanza di 8 mesi dall'ultima volta, che fu il 13 aprile 2013 contro lo Spezia per 2-1.
Il 24 febbraio 2014 visti i cattivi risultati della gestione Pea (ultimo posto con 14 punti), quest'ultimo viene esonerato e al suo posto ritorna Piero Braglia.
Nonostante il ritorno di Braglia la situazione rimane invariata, infatti nelle 11 partite che seguono l'esonero di Pea arriveranno solo 3 pareggi, 8 sconfitte e nessuna vittoria. Tali risultati costeranno la retrocessione alla squadra campana, che retrocede in Serie C con 6 turni d'anticipo, dopo la sconfitta fuori casa contro il Trapani per 3-0. Gli stabiesi salutano la Serie B dopo tre anni consecutivi di militanza, terminando il campionato all'ultimo posto con 19 punti.
Da quando il campionato di Serie B è a 22 squadre solo la Salernitana del 2009-2010 è riuscita a fare peggio degli stabiesi, con 17 punti in classifica. Tuttavia i granata di Salerno in quel torneo scontarono 6 punti di penalizzazione e comunque, sul campo, avevano conquistato 23 punti.
Divise e sponsor
Per la stagione 2013-2014, Flyline Sport si conferma sponsor tecnico della Juve Stabia. Il main-sponsor in questa stagione è Abarth Tales, azienda specializzata nel settore dell'abbigliamento sportivo. La nuova maglia presentata il 9 agosto, mostra alcune novità. Le strisce verticali giallo e blu sono leggermente più larghe, mentre ha un cerchio che racchiude il nome del calciatore e il numero. Infine, sempre sul retro, compare la scritta NGM, che in questa stagione di Serie B è presente su tutte le maglie delle squadre partecipanti. Per quanto riguarda la terza maglia, è interamente di colore blu con bordi gialli.