Il padre Francesco fece costruire, a partire dal 1559, un palazzo che nel 1578 passò in eredità a Marfisa; tale edificio è oggi noto come Palazzina di Marfisa d'Este. Con la morte della principessa Marfisa avvenuta nel 1608, la palazzina venne lentamente abbandonata[2].
Marfisa ereditò dal padre tutti gli edifici di "San Silvestro" assieme a Palazzo Schifanoia.
Con la devoluzione del ducato estense allo stato della Chiesa nel 1598, Marfisa si rifiutò di seguire la famiglia a Modena, rimanendo a vivere a Ferrara insieme al marito nella palazzina ereditata dal padre.
Morì pochi giorni prima del 16 agosto 1608 a Ferrara, come recita l'avviso del 16/08/1608 dell'Urb.Lat. 1073, c. 632 r.
Francesco (Ferrara, 21 novembre 1583[5] - Massa, giugno[6]1616), Patrizio Romano e Patrizio Genovese, Patrizio di Pisa e Firenze, Patrizio Napoletano, Nobile di Viterbo, uomo d'armi al servizio del Re di Francia;
Odoardo (Ferrara, battezzato il 6 marzo 1585[5] - Genova, 2 agosto 1612), Patrizio Romano e Patrizio Genovese, Patrizio di Pisa e Firenze, Patrizio Napoletano, Nobile di Viterbo, Colonnello delle Armate di S.M. Cattolica;
Cesare (Ferrara, battezzato l'11 aprile 1587[5]-poco dopo);
Vittoria (Ferrara, maggio[5]1588 - Bologna 10 ottobre[5]1635) sposa a Ferrara nel 1603 il Conte Senatore Ercole Pepoli, Conte di Castiglione, Conte del Sacro Romano Impero, Patrizio di Bologna e Senatore di Bologna;
Ferdinando (Ferrara 1590 - Massa 1623), Sacerdote, Canonico della Cattedrale di Genova;
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