In un'Europa dove l'Inghilterra era indebolita dalle lotte interne, l'Austria era impegnata con tutte le sue forze contro i Turchi e la Spagna era in piena decadenza, sempre più pesava l'egemonia del Re di Francia, Luigi XIV.[1]
Il Ducato modenese storicamente propendeva per la Francia, ma l'ambizione smisurata di Luigi XIV portò ad umiliare a più riprese il duca e gli altri Stati europei, finché questi, e soprattutto Austria e Piemonte, non gli mossero guerra, e Francesco II, dopo molte esitazioni, decise per la neutralità, pur essendo costretto a subire gli acquartieramenti imperiali.[1]
Francesco II amò intensamente la cultura[1] e soprattutto la musica (fu eccellente suonatore di violino) e diede impulso ed incoraggiamento a molti artisti e alle stamperie musicali, lasciando spesso le incombenze di governo al cugino Ignazio.
Matrimonio
Nel 1692, dopo avere cercato invano principesse più prestigiose, sposò la cugina Margherita Maria Farnese, principessa di Parma, dalla quale non ebbe figli.[1]
Morte
La sua salute declinava velocemente (soffriva di gotta e poliartrite) e morì nel 1694 nella reggia di Sassuolo,[1] a soli 34 anni, con al capezzale il sempre fedele cugino Cesare Ignazio ed il futuro Duca, l'allora cardinale Rinaldo.