Nella stagione 2006-2007 il Cittadella disputa il girone A del campionato di Serie C1, con 54 punti ottiene il sesto posto. Allenato anche per questa stagione da Claudio Foscarini, disputa un discreto campionato, nel quale è costantemente presente nelle prime posizioni, ha raccolto 26 punti nel girone di andata, e 28 in quello discendente, con un solo punto in più avrebbe avuto il quarto posto, ed avrebbe potuto giocarsi le carte promozione nei Play-off, invece con gli stessi punti, 54 di Monza e Venezia, ha dovuto rinunciarvi. Sono salite il Grosseto che ha vinto il Torneo, ed il Pisa che ha vinto i Play-off. La squadra granata è stata la classica squadra da trasferta, dove ha perso solo 2 partite su 17 giocate, peccato per i molti punti buttati via al Tombolato, dove ha raccolto gli stessi punti 27, di quanti strappati in trasferta. Nella Coppa Italia il Cittadella perde nel primo turno (2-1) a Bologna dopo i tempi supplementari, mentre nella Coppa Italia di Serie C entra in scena nel secondo turno, avendo disputato anche la Coppa Italia nazionale, ma viene eliminata nel doppio confronto con il Bassano.
