La Coppa Italia Primavera 2006-07 è stata la trentacinquesima edizione del torneo riservato alle squadre giovanili iscritte al Campionato Primavera. Il torneo è iniziato nel mese di agosto 2006 e si è concluso il 4 aprile 2007.
La Juventus, allenata da Vincenzo Chiarenza, ha vinto il torneo per la 3ª volta nella sua storia, battendo nella doppia finale l'Inter.
Ottavi di finale
Andata il 18 ottobre 2006; ritorno il 31 ottobre, e il 1, l'8 e il 15 novembre 2006