Hann varð kardináli1585 og var sendur sem legáti til Póllands þar sem hann átti hlut í því að fá Maximilían 3. erkihertoga látinn lausan en hann var í haldi Pólverja eftir misheppnaða tilraun til að taka völdin eftir lát Stefáns Báthory.
Hann var kjörinn páfi eftir lát Innósentíusar 9. 1591 sem málamiðlun milli óska Filippusar 2. og ítölsku kardinálanna. 1593 tók Hinrik 4. af Navarra upp kaþólska trú til að geta gerst konungur Frakklands. 1595 leysti Klemens hann undan öllum syndum, gagnstætt óskum Filippusar. Á móti aðstoðaði Hinrik Klemens við að bæta hertogadæminu Ferrara við lönd kirkjunnar þegar Alfons 2. hertogi af Ferrara lést barnlaus 1597.
Árið eftir, eða 1598, hafði Klemens milligöngu um sáttagerð, Friðsarsamninginn í Vervins, milli Hinriks og Filippusar, sem fól í sér að Filippus kallaði hersveitir sínar burt frá Frakklandi.
1600 var hátíðarár og þrjár milljónir pílagríma komu til Rómar. Það ár staðfesti Klemens dauðadóm yfir Giordano Bruno sem var brenndur á báli 17. febrúar. Fimm árum síðar lést Klemens úr þvagsýrugigt sem hrjáði hann á efri árum. Hans var einkum minnst fyrir stjórnkænsku sína og þá hörku sem hann sýndi sakamönnum og gyðingum.