המייסדים בחרו למקום כשם זמני את השם "נווה אילן"[7], כשם יישוב בסביבת קריית ענבים בסיפור של יוסף ויץ[8]. שטח היישוב עמד על כ-1,700 דונם והוא ישב בראש פסגה תלולה, ארבעה קילומטרים מערבה ממעלה החמישה וכשני קילומטרים צפונית מערבית מהכביש לירושלים[9]. ב-27 באוקטובר 1946 התקיים טקס חנוכה רשמי של היישוב בנוכחות קונסול צרפת[5][10]. המתיישבים ניקו את החורבה הערבית שהייתה במקום, התקינו לה גג והשתמשו בה לחדר אוכל, ספרייה, בית דואר ובית תינוקות. על הגג התקינו מרזבים לריכוז מי גשמים למיכל מים לשתייה. עיקר המים בהם השתמשו הובא ממעלה החמישה ברכב[11]. בנובמבר 1947 היה נווה אילן ברשימת הנקודות העבריות המנותקות בתחומי המדינה הערבית, וצוין שהתגוררו בה 43 נפש[12].
בט"ו בשבט בתחילת 1947 התקיימו ביישוב נטיעות של הקרן הקיימת[13]. מגמת נטיעת היערות באזור נמשכה אל תוך שנות ה-50[14].
ב-15 בינואר 1948 הותקפה קבוצה של חברי היישוב שיצאו לעבוד בגינת הירק למרגלותיו, על ידי ערבים מהסביבה. בהתקפה נהרג אחד המגינים[15]. כן הורעש היישוב בירי תותחים במהלך מלחמת העצמאות[16]. לאחר המלחמה היה הקיבוץ יעד למסתננים בגלל קרבתו לגבול[17]. באוקטובר 1953 נרצח חבר הקיבוץ בידי מסתננים[18].
גרעין "התגבורת" - כ-70 יוצאי צפון אפריקה שהגיעו באוניה אקסודוס ובדרך בורמה - הצטרף ליישוב בהפוגה השנייה ביולי 1948, ובתחילת 1950, בעת בניית בתי הקבע, היו ביישוב 110 תושבים. הם החזיקו לול ורפת[19] והחלו בגידול פטריות[20].
בהיות מקימי היישוב דוברי צרפתית, היה היישוב לנקודת ביקור לאורחים מצרפת בישראל[21]. כן הובאו ליישוב האחים פינאלי כאשר הובאו לישראל[22][23].
בשנת 1953 התנהל סכסוך על קרקעות בין היישוב ואנשי אבו גוש[24]. באבו גוש אף טענו שגירוש מספר תושבים של הכפר לאחר ההתקפה על מוסד קריית יערים נבע מרצון להשתלט על קרקעות הכפר עבור נווה אילן[25].
בראשית שנות ה-50 היה הקיבוץ בתנופת פיתוח ואף היווה דוגמה להצלחה קיבוצית. באפריל 1954 נחנך במקום בית תרבות על שם נחום הרמן שהוקם במימון קרן היסוד[26]. בשנת 1955 נבנה במקום שלד של מלון גדול[27]. אולם הפיתוח המואץ לא לווה במצטרפים חדשים וכך מראשית 1954 נפלה עבודה רבה מדי על מעט החברים בקיבוץ. חברי הקיבוץ דרשו מתנועת האם, איחוד הקבוצות והקיבוצים, לשלוח מתיישבים נוספים לתגבור המקום, אך אלו לא הגיעו, ועבודה שכירה נאסרה בתנועה הקיבוצית. בשנת 1955 עזבו כ-30 חברים את הקיבוץ והמשא על המעטים שנשארו נהיה כבד יותר והביא למתיחות חברתית. בסוף 1955 עזבו 80 החברים האחרונים את המקום והוא ננטש[28][29].
בחסות הכפר הירוק
שכונת ההרחבה, 2018
עם נטישתו עלתה כוונה להקים במקום את בית הספר החקלאי שיועד לקום בעין כרם[30]. אולם העובדים של בית הספר החקלאי סירבו לעזוב את ירושלים[29], ובמקום זאת הוקם במקום סניף של בית הספר החקלאיהכפר הירוק. למקום הובאו שתי כיתות בוגרות של בית הספר[31], יחד עם קבוצת נוער בני 14-15 מעולי מרוקו. אולם החזקה קבועה של בית ספר חקלאי באזור ירושלים, בנוסף לבית הספר האזורי עין כרם שהתקשה לגייס תלמידים, לא התאפשרה. בשנת 1958 עלה רעיון להקים במקום תחנת ניסיונות לחקלאות הררית[32]. בשנת 1959 החליט מנהל הכפר הירוק להפוך את נווה אילן למשק עצמאי מודרך, וכך נשארו במקום כ-25 מחברי קבוצת הנוער עולי מרוקו ועוד 15 מבוגרי הכפר הירוק[33][34]. על מהלך זה של מסירת יישוב למתיישבים כה צעירים התנהל ויכוח בעיתונות[35]. בראשית 1961 עזבו הצעירים את המקום והקיבוץ פורק[36]. למרות שהיישוב ננטש, היו רשומים ביישוב כ-20 תושבים ובבחירות לכנסת החמישית הוצב קלפי עבור נוה אילן בקריית יערים הסמוכה[37].
חברת רסקו
מבני הקיבוץ ו-300 דונם של מטעים נמכרו לחברת רסקו לצורך הקמת מרכז אירוח לתיירים. שאר השטח והענפים המשקיים הוצעו למושב בית מאיר[38]. לאחר מחאת אנשי בית מאיר הוחלט להעביר לידיהם גם את המטעים[39]. עוד בשנת 1956 הועברו חלק משטחי נווה אילן למעלה החמישה[40].
חברת רסקו ביקשה להקים במקום מרכז הבראה[41] ושכונת גנים[42][43].
הקמה מחדש
נווה אילן, מבט ממעוף הציפור, 2022
בסוף שנות השישים הוקם בארצות הברית גרעין "המגשימים", ביוזמת תנועת יהודה הצעיר, במטרה להקים מושב שיתופי לא חקלאי של אקדמאים שישתף עולים מארצות הברית וילידי ישראל. המושב יועד להכיל כ-100 משפחות וחלק מתושביו יעבדו במקום, בין השאר בבית ספר לבעלי מוגבלות שכלית התפתחותית שיוקם במקום, ואחרים יעבדו מחוץ למושב[44][45]. באפריל 1968 הגיעו נציגים של הגרעין לישראל לבחור מקום התיישבות ורענן ויץ הציע להם את נווה אילן[46]. באוקטובר 1969 אושרה תוכנית מתאר למושב[47], ובתחילת 1970 הוחלט להמשיך עם התוכנית, למרות מחאות של שרים על הקצאת כספים ליישוב כה קרוב לירושלים[48]. הקמת המושב התעכבה והחלטה סופית בעניין נתקבלה במרץ 1971[49]. נכרת הסכם עם חברת רסקו להשבת חלק מאדמות נווה אילן לסוכנות היהודית עבור הגרעין. על פי ההסכם, תמורת השבת 149 דונם מתוך 815 דונם של היישוב, קיבלה רסקו בלעדיות על כל בנייה נוספת ביישוב והבטחה שייעשה מאמץ להפשרת בניית שכונת וילות במקום[46].
חברי הגרעין הראשונים מארצות הברית הגיעו לישראל בשנת 1970. אבן פינה למושב הונח ב-27 בספטמבר 1971[50].
בתחילה חיו חברי הגרעין במרכז הקליטה במבשרת ציון, במשך כארבע שנים עד שבנייני היישוב הוקמו. אך קבוצה קטנה של שש משפחות החליטה ליישב את המקום מייד, ושיפצו בעצמם בניינים ישנים מהקיבוץ הנטוש, וחיו שם כבר החל משנת 1972. כשהסתיימה הבניה הכללית, כל המשפחות עברו ממרכז הקליטה לנווה אילן, ואף המשפחות הראשונות עברו למגורים החדשים. בינתיים הסתכסכו חברי הגרעין מארצות הברית, שרצו מושב שיתופי אמיתי, עם הישראלים שצורפו אליהם שרצו וילה בקרבת העיר והישראלים הורחקו מהגרעין של היישוב[46]. חברי המושב קראו לגרעין שלהם רקפת. המושב התבססמתחילתו על תעשייה וביולי 1973 היו בו: מפעל אלקטרוניקה, חברת תכנות בשם גמה, מפעל אומנות שקיים חוגים לילדים בליתוגרפיה, גילוף בעץ ותולדות האמנות, ולול הודים[51].
לאחר שהקבוצה התבססה במקומה החדש, החלו להצטרף משפחות ישראליות וכן עולים חדשים ממדינות אחרות, כמו אנגליה, דרום אפריקה וניו זילנד.
מייסדי נווה אילן התכוונו שהיישוב יהיה חלק מהתנועה הקיבוצית, אך באותו זמן לא התקבלו למרות המבנה השיתופי של הקבוצה, מכיוון שלא היה חדר אוכל שיתופי ביישוב, וגם לא לינה משותפת שעוד הייתה נהוגה אז במרבית הקיבוצים. אז בתחילה השתייכה לתנועת המושבים, ורק יותר מאוחר הצטרפה לתנועה הקיבוצית המאוחדת (תק"ם).
מלון נווה אילן, 2022
הענפים העיקריים בתחילת ימי המושב היו מפעל אלקטרוניקה, מרכז מחשוב, לולים של תרנגולי הודו, ופטריות. הלולים נהרסו במהלך מגפת שפעת העופות. בשנים האחרונות הוקמה הרחבה ליישוב, הקרויה "נופי אילן".
נווה אילן ההיסטורית, נמצאת על גבעה בכניסה לנווה אילן. במקום זה התיישבו באוקטובר1946, 31 צעירים וצעירות ניצולי שואה וחברי מחתרת המאקי בצרפת, לפי דרישתו של בן-גוריון להקים במקום יישוב-משלט לשמירת הדרך לירושלים. במקום הוקם קיבוץ שהתפרק ב-1956. על ראש הגבעה עמד בית האפנדי מאבן שכונה חירבת אל הוואה (חורבת הרוחות). מהיישוב ההיסטורי נותרו עמדות לידם הוצבו שלטי עץ דהויים. בית האפנדי שקרס, נבנה מחדש אבל עבודות השיקום והשימור נעצרו ולא ברור מה יהיה גורל המקום שנמצא כיום במצב מוזנח.
תצפית על שם דני ויין, נמצאת בקצה המערבי של נווה אילן. על שם בן נווה אילן שנפל במילוי תפקידו כחובש. מהמקום יש תצפית רחבה על גבעות השפלה והעיר מודיעין.
בצמוד למושב נמצא מלון נווה אילן וכן מועדון ספורט ובריכת שחייה (שהיו שייכים למושב, ונמכרו).
