המושב הוקם בשנת 1950 בידי עולים מתימן[3], ובשנת 1954 צורף לתנועת המושבים[4] ולמועצה אזורית גיזו כשזו הוקמה. בשנת 1955 נסלל כביש גישה למושב[5]. באותה שנה עזבו כ-20 משפחות מעולי תימן את המושב ובמקומם הוכנסו למושב עולים ממרוקו שעלו באותה שנה לישראל[6]. רבים מיושבי המקום עוסקים בחקלאות זעירה האופיינית ליוצאי תימן המקומיים: נענע, כוסברה ופטרוזיליה. בתחילת שנות ה-60 נבנו במקום רפתות לכל משק[7], שהורחבו בשנת 1966[8].
המושב נקרא על שם היישוב צלפון הקדום, ששכן במקום, ואשר אולי נקרא על שם הדמות המקראית הַצְלֶלְפּוֹנִי, שעל פי חז"ל הייתה אמו של השופט שמשון. אחרים טוענים שנקרא על שם שיח הצלף, הנפוץ באזור[9] (ואולי יש קשר בין השניים).