בשנת 1779 בעקבות מותו של השאה, מוחמד כרים ח'אן זנד משושלת זנד (אנ'), ששלטה בדרום איראן, אע'אמוחמד ח'אן קאג'אר, מנהיג השבט הקאג'ארי החל במאמצים לאיחודה של איראן. אע'א מוחמד ח'אן נודע כשליט אכזר שטבח בערים שלמות והשתמש בעונשים אכזריים כמו ניקור עיניים של 20,000 מתושבי העיר כרמאן, כיוון שנלחמו נגד כוחותיו. הצבא הקאג'ארי הורכב מכוחות טורקמניים ועבדים גאורגים. בשנת 1794 גבר אע'א מוחמד ח'אן על כל יריביו כולל לוטף עלי ח'אן, השאה האחרון לשושלת זנד. הוא חידש את השלטון הפרסי בקווקז. אע'א מוחמד ח'אן מיקם את בירתו בכפר קטן בשם טהראן, ליד חורבות העיר ריי. בשנת 1796 הוכרז באופן רשמי כשאה. בשנת 1797 נרצח בעיר שושה בירת ח'אנות קרבך. ירש אותו אחיינו, פתח עלי שאה.
בתקופת נאסר א-דין שאה החלו להגיע לפרס טכנולוגיה, מדע ושיטות חינוכיות מהמערב והחלה המודרניזציה של המדינה. נאסר א-דין שאה ניסה לעורר יריבות בין רוסיה לבין בריטניה, שתי המדינות שניסו להפעיל את השפעתן על פרס, כדי לשמור על עצמאותה של פרס. למרות זאת התגברה התערבותן הפוליטית והטריטוריאלית של מעצמות אירופה בפרס בתקופתו.
נאסר א-דין שאה לווה כסף כדי לממן נסיעות לאירופה בהן ניסה להוכיח שלפרס תרבות עתיקה. למרות זאת לא הצליח למנוע את התערבותן של רוסיה ובריטניה באזורי ההשפעה האיראניים לשעבר. בעקבות המלחמה האנגלו-פרסית בשנים 1856–1857 העבירו הבריטים את העיר הראת, שהייתה תחת השפעה פרסית, לשלטון אפגניסטן. הבריטים יעדו את אפגניסטן לחצוץ בין הטריטוריות של רוסיה במרכז אסיה לטריטוריות של בריטניה בהודו. בריטניה הרחיבה את השפעתה גם לאזור המפרץ הפרסי. בשנת 1881 הרחיבה רוסיה את שליטתה לאזורים במרכז אסיה הגובלים בפרס כמו אוזבקיסטן וטורקמניסטן, וכך מנעו קשר של פרס עם ערים שעימן היו לה יחסי מסחר מסורתיים כמו סמרקנד ובוכרה. בריטניה החלה לבחוש יותר ויותר בענייניה הפנימיים של פרס ואף שלטה בחלק ניכר מהכלכלה הפרסית. ההתערבות הבריטית עוררה את מורת רוחם של איראנים רבים, והגבירה את האמונה ששליטי המדינה משרתים אינטרסים זרים.
אמיר כביר
הנסיך, מחמד תאקי ח'אן, המכונה אמיר כביר. נשלח בידי השאה עבאס מירזא לאיסטנבול, שם הושפע מרפורמות התנזימאת, שהונהגו באימפריה העותמאנית. כשחזר לאיסטנבול היה יועצו של נאסר א-דין שאה. עם מותו של מוחמד שאה בשנת 1848 הוא דאג לכך שנאסר א-דין שאה יירש את השלטון, מונה לראש הממשלה ולכינוי אמיר כביר – שליט גדול. בתקופת כהונתו של אמיר כביר הונהגו באיראן מספר רפורמות ברוח התנזימאת. החלה מודרניזציה בצבא, הוקמה תעשייה. עיתון איראני ראשון נוסד. אולם החשובה ברפורמות של אמיר כביר הייתה הקמת מוסד ההשכלה הגבוהה, דאר אל-פונון (אנ'), שהוקם על פי מודל של מוסדות אותם ראה אמיר כביר בביקורו ברוסיה. מוסד זה היה המוסד הראשון באיראן שפעל על פי מודלים מערביים. תיקונים אלה עוררו התנגדות בקרב גורמים שונים באיראן, בהם גורמים דתיים שיעים. בעקבות כך הודח אמיר כביר מתפקידו בשנת 1851 והוצא להורג.
תקופת שלטונו של נאסר א-דין שאה קאג'אר (1848–1896) התאפיינה בשקיעתה של איראן בחובות קשים בעקבותיהם נמכרו רבים מהאינטרסים של איראן לגורמים זרים. בשנת 1872 הוענקו לברון הבריטי ג'וליוס דה רויטר זיכיונות להקמת הבנק הממלכתי של איראן, זכויות על המכס, על מרבית המחצבים באיראן, הקמת דרכים ומסילות ברזל וזכויות נוספות. זיכיונות אלו נמכרו לו תמורת 40 אלף לירות שטרלינג בשנה ו-60% מרווחי המכסים. כעבור שנה בוטל הרישיון אבל נאסר א-דין שאה המשיך במדיניות של הענקת זיכיונות לזרים. מדיניות זו עוררה את זעמם של גורמים רבים באיראן.
בשנת 1890 הוענקו הזכויות על רווחי הטבק באיראן לבריטי מייג'ור טלבוט, תמורת 25 אלף לירות שטרלינג ששולמו לכיסו הפרטי של השאה, בתוספת דמי חכירה שנתיים של 15 אלף לירות שטרלינג, דמי חכירה והעברת רבע מהרווחים לקופת השאה. זיכיון זה עורר את זעמם של רבים באיראן שענף הטבק הווה מרכיב חשוב של כלכלתה. בשנת 1891 החלה מחאה נגד הזיכיון בהשפעת אנשי דת שיעים ומשכילים ברוח מערבית. המחאה החלה בשיראז והתפשטה בכל רחבי איראן. כל שדרות העם האיראני כולל מיעוטים לא מוסלמיים הפסיקו לחלוטין את השימוש בטבק. המחאה הגיעה גם לארמון, כאשר גם נשות השאה הצטרפו לחרם. בשנת 1892 נכנע השאה למחאה ובטל את הזיכיון על הטבק.
המהפכה החוקתית
מרד הטבק היה רק אחד מהסממנים לתסיסה שחלה בפרס בשנות ה-90 של המאה ה-19. בשנת 1896 נרצח נאסר א-דין שאה בידי מירזא רזא כרמאני, מתלמידיו של הוגה הדעות האסלאמי, ג'מאל א-דין אל-אפגאני. במקומו עלה לשלטון בנו מוזפר א-דין שאה קאג'אר. מוזפר א-דין עורר את זעמם של רבים בפרס, כאשר לקח מרוסיה שתי הלוואות כדי לממן את מסעותיו הראוותניים באירופה. בנוסף על כך המשיך את מדיניותו של אביו בכך שמכר זיכיונות לזרים. בתקופתו גדלה השפעת מדינות אירופה ובמיוחד השפעת רוסיה. בתקופה אורח החיים הראוותני של השאה עמד בניגוד למצב הכלכלי הקשה ששרר באיראן. קולות רבים בפרס החלו לקרוא למשטר חוקתי שבו יהיו סמכויות השאה סמליות בלבד. בדצמבר1905 החל גל מחאה בקרב הסוחרים בפרס בעקבות קביעת מחיר אחיד לסוכר. בקיץ 1906 הונהגה בבזארים ברחבי פרס שביתה כללית. באותה שנה התקיימה הפגנה של למעלה מ-10,000 מפגינים מול השגרירות הבריטית, שסימלה את התערבותם של האירופים בעניינים איראניים פנימיים. בסופו של דבר נכנע מוזפר א-דין לדרישות המפגינים. ב-31 בדצמבר 1906 התכנס בטהראן המג'לס (פרלמנט). בנוסף על כך הונהגה חוקה המבוססת על החוקה הבלגית, שהגבילה את בית המלוכה. בחוקה נקבע שיונהגו מג'לס וסנאט ותונהג הפרדת רשויות. המג'לס החליט למנות את עורך הדין האמריקאימורגן שוסטר לטפל בבעיותיה הכלכליות של איראן. בינואר1907, זמן קצר לאחר כינוס המג'לס, מת מוזפר א-דין שאה מהתקף לב, ובמקומו עלה בנו מוחמד עלי שאה קאג'אר, וביטל את מינויו של שוסטר. בשנת 1908 הורה מוחמד עלי שאה לקצינים הרוסים שעמדו בראש בריגדת הקוזאקים האיראנית לירות בתותחים על בניין המג'לס בטהראן. בנוסף על כך ביטל באותה שנה את החוקה, אסר התארגנות פוליטית וביקורת על משטרו והגביל את חופש העיתונות. בעקבות כך כינסו תומכי החוקה מג'לס זמני בעיר טבריז. בנוסף על כך השתלטו תומכי החוקה על אזורים באיראן, בהם הערים החשובות אספהאן ומשהאד. תומכי החוקה זכו לתמיכתם של הנוודים הבחטיארים. מיליציות של תומכי החוקה התקדמו לעבר הבירה טהראן. בעקבות כך נמלט מוחמד עלי שאה בשנת 1909 לאודסה שברוסיה ובמקומו עלה לשלטון בנו בן ה-12 אחמד שאה קאג'אר. איראן נותרה מחולקת בין תומכי המהפכה, בתמיכה בריטית, ובין אזורים בשליטת השאה, בתמיכה רוסית. בשנת 1911 חזר מוחמד עלי שאה עם תומכיו לאיראן דרך הים הכספי. כוחותיו כבשו את מחוזות אסטרבד ומאזנדראן, אך בסופו של דבר הובס בידי תומכי החוקה. בעקבות תבוסתו יצא לגלות סופית.
נפילת השושלת
אי הסדר באיראן נמשך. בשנת 1914 אחרי מרד במחוז גילאן, הוקמה מדינת גילאן העצמאית (אנ') בהנהגת מירזא קוצ'אכ ח'אן (אנ'). מדינת גילאן התקיימה עד שנת 1921. המרד דוכא בעזרת המעצמות, מה שהראה בעיקר על חולשתו של הצבא האיראני באותה תקופה. בתקופה זו בעקבות מהפכת אוקטובר ירדה ההשפעה הרוסית באיראן ועלתה ההשפעה הבריטית. ב-19 באוגוסט 1919 נחתם הסכם בין בריטניה לאיראן. אולם ההסכם נפל בהצבעה בפרלמנט ולא אושר. באותה תקופה עלתה קרנו של ריזא פהלווי, קצין ביחידת הקוזאקים האיראנית. ב-21 בפברואר 1921 מונה ריזא פהלווי לשר ההגנה. הוא ניצל את תפקידו הבכיר, ובמרץ אותה שנה פרסם ריזא שאה כרוז מהפכה נגד אחמד שאה. בכרוז קרא ריזא פהלווי לרפורמה מדינית וכלכלית באיראן. כמו כן מחה נגד השפעת הזרים במדינה. ריזא פהלווי הפך לשליטה של איראן בפועל. בשנת 1923 עזב אחמד שאה עם משפחתו לצרפת. בשנת 1925 הודח אחמד שאה באופן רשמי וכך הגיעה לסופה תקופת שלטונה של השושלת הקאג'ארית ועלתה שושלת פהלווי.