La domination de la gauche s'effrite à partir des années 1990. En 1995, la droite s'empare de la mairie de Marseille et, pour la première fois, le candidat du RPR est devant le candidat socialiste lors de l'élection présidentielle. Cette période est également celle de la montée du Front national, qui réalise dans les Bouches-du-Rhône parmi ses meilleurs scores : en 1995 le parti d'extrême-droite remporte notamment la mairie de Marignane puis, en 1997 lors d'une élection partielle, celle de Vitrolles. Jean-Marie Le Pen arrive en tête dans le département lors du premier tour des élections présidentielles de 1995 et 2002.
Toutefois, malgré une forte tendance à voter à droite lors des scrutins nationaux, notamment en 2007 et 2012 où Nicolas Sarkozy remporte à chaque fois le département, les Bouches-du-Rhône élisent toujours de nombreux élus locaux socialistes : la majorité PS du Conseil général est solide et les socialistes ont remplacé les communistes dans certaines communes (Berre-l'Étang et les Quartiers nord de Marseille par exemple). Le PCF dispose toujours de quelques fiefs, notamment Gardanne, Martigues, Aubagne et Arles.
La préfecture des Bouches-du-Rhône est localisée à Marseille. Le département possède en outre trois sous-préfectures à Aix-en-Provence, Istres et Arles.
Ce tableau retrace l'évolution des votes du département de 1974 à 2012 lors du second tour des élections présidentielles ayant opposé un candidat de droite à un candidat de gauche.
Le tableau suivant retrace l'évolution des votes dans les principales communes [3] des Bouches-du-Rhône entre les seconds tours des élections présidentielles 2007 et 2012.