Après avoir été échangé aux Sabres de Buffalo en compagnie de Randy Wood et de Randy Hillier en retour de Pierre Turgeon, Uwe Krupp, Benoît Hogue et Dave McLlwain, il devient un des meilleurs joueurs de l'histoire de cette franchise. Il connaît d'ailleurs sa meilleure saison en carrière en 1992-1993. Cette saison-là, il récolte 95 assistances pour 148 points en 84 rencontres. Lors des deux saisons qui suivent, LaFontaine ne joue que 38 parties sur 132 parties possibles.
En 1997-1998, il signe avec les Rangers de New York et décide de prendre sa retraite à la fin de cette saison à la suite d'une collision avec son coéquipier, Mike Keane, qui lui entraîne une nouvelle commotion[1].
Sa carrière s'achève après quinze saisons dans la LNH où il a récolté plus de mille points en saison régulière et participé à une finale de la Coupe Stanley.
Le , il est nommé président des opérations hockey de l'organisation des Sabres de Buffalo alors que l'équipe venait de congédier le directeur général Darcy Regier[2]. Près de quatre mois plus tard, il démissionne de son poste avec les Sabres le avant que la saison 2013-2014 ne se termine[3].