Lorsque, le , le Somaliland et la Somalia fusionnent et déclarent l'indépendance du pays sous le nom de Somalie, la France nomme son premier ambassadeur. En , en raison de la guerre civile, l'ambassade de France à Mogadiscio est fermée. Alors que le pays vit sans État central ni présence diplomatique étrangère, les vastes bâtiments proches de l'Océan Indien, détruits par les bombardements et désossés par les pillages, ne sont plus qu'un champ de ruines occupé par une centaine de familles et dont une partie est transformée en école[1].
L'instabilité politique et l'insécurité permanente, due à la présence de milices, de gangs criminels et de groupes islamistes, ne permettent pas de rouvrir les représentations diplomatiques étrangères mais les États-Unis ont nommé le une ambassadrice, en résidence à l'ambassade américaine au Kenya[2], de même que le Canada[3]. La France, quant à elle, qui a suspendu ses relations diplomatiques en 1993, est, depuis 2013, représentée par son ambassadeur à Nairobi, accrédité par le régime somalien, marquant la volonté de Paris de construire une nouvelle relation à la suite de l'élection, en , du président Hassan Sheikh Mohamoud à la tête du pays.