Dans une élection serrée pour la mairie, Nelson, concourant en tant que démocrate, défait le candidat du parti Know Nothing, Ira O. McDaniel, mais il démissionne en juillet, lorsque le conseil de la ville réduit une amende qu'il a donnée à deux jeunes hommes pour avoir destruit un bien de la ville, laissant ainsi John Glen comme maire intérimaire. Nelson part pour le Kansas pendant les litiges transfrontaliers, puis s'installe à Meridian, au Texas, où il participe aux affaires indiennes, servant sous les ordres de Lawrence S. Ross, et en 1860, est élu à l'assemblée législative.