Après la désastreuse campagne de la Red River, Nathaniel P. Banks démissionne de l'armée et le commandement du département du Golfe est donné au général Stephen A. Hurlbut, mais les forces militaires dans la région qui composent l'armée du Golfe voient peu d'action. En août 1864, les unités du département participent à l'attaque terrestre lors de la bataille de la baie de Mobile, directement commandée par le Général Gordon Granger.
En 1865, le XIIIe corps et XVIe corps sont transférés dans la division du Mississippi occidental et placés sous le commandement du général Canby, qui rebaptise les forces comme l'armée du Mississippi occidental en référence à la division militaire. L'armée est ainsi créée le [1]. L'armée renommée combat lors de la bataille de Spanish Fort(en) et plus tard lors de la bataille de Fort Blakely(en). Lorsque Canby est ensuite nommé commandant du département du Golfe, les forces prennent de nouveau l’appellation d'armée du Golfe. L'armée du Mississippi occidental cesse d'exister le [1].
