Zur Behörde gehörten die Außenbezirke 1 in Rendsburg und 2 in Kiel-Holtenau sowie der Bauhof in Rendsburg.
Der Außenbezirk 1 in Rendsburg ist zuständig für den Betrieb und die Unterhaltung des Nord-Ostsee-Kanals von Kanalkilometer 49,5 bis Kanalkilometer 87,0 inklusive der Nebengewässer des Kanals und dem Achterwehrer Schifffahrtskanal.
Der Außenbezirk 2 in Kiel-Holtenau ist zuständig für den Betrieb und die Unterhaltung des Nord-Ostsee-Kanals von Kanalkilometer 87,0 bis zur Kieler Förde.
Der Bauhof Rendsburg nahm insbesondere Wartungs- und Instandsetzungsarbeiten an Schiffen, Anlagen und Seezeichen des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes Kiel-Holtenau wahr. Weiterhin war der Bauhof für die Wartungsarbeiten der Kanalfähren und der Schwebefähre in Rendsburg zuständig. Der Bauhof verfügt über eine Schiffbauhalle, einen Hafen und werftähnliche Strukturen wie Werkstätten und eine Slipanlage. Die Maschinenwerkstätte (Gebäude VIII), der Wasserturm der Saatseewerft sowie der Dampfhammer in Gebäude VIII sind in der Liste der Kulturdenkmale in Rendsburg eingetragen.