Zum Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Meppen gehörten die Außenbezirke in Meppen, Lathen, Edewechterdamm und die Bauhöfe Meppen und Lingen.
Der Außenbezirk Meppen war zuständig für den Dortmund-Ems-Kanal von km 138,3 bis km 175,0, die Ems von Hanekenfähr (km 84,36) bis Meppen (km 123,25), die hier nicht schiffbar ist und die Hase in Meppen.
Der Außenbezirk Lathen war zuständig für den Dortmund-Ems-Kanal von km 175,0 bis km 225,82, den Küstenkanal von km 64,0 bis km 69,6 sowie den Stichkanal Dörpen.
Der Außenbezirk Edewechterdamm war zuständig für den Küstenkanal von km 8,05 bis km 64,16 sowie den Elisabethfehnkanal vom Küstenkanal (km 0,0) zur Leda (km 14,83).
Der Bauhof Meppen nahm insbesondere Wartungs- und Instandsetzungsarbeiten an Schiffen und Anlagen des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes Meppen wahr.