Zum Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Rheine gehörten die Außenbezirke in Hamm, Lüdinghausen, Münster, Altenrheine, Rheine und der Bauhof Bergeshövede.
Der Außenbezirk Hamm war zuständig für den Datteln-Hamm-Kanal vom Anschluss an den Dortmund-Ems-Kanal bis Hamm.
Der Außenbezirk Lüdinghausen war zuständig für den Dortmund-Ems-Kanal von km 21,5 (Anschluss des Wesel-Datteln-Kanal) bis km 51,0.
Der Außenbezirk Münster war zuständig für den Dortmund-Ems-Kanal von km 51,0 bis km 92,5.
Der Außenbezirk Altenrheine war zuständig für den Dortmund-Ems-Kanal von km 92,5 bis km 138,3.
Der Außenbezirk Rheine war zuständig für die Ems von Rheine (km 44,75) bis Gleesen (km 82,65).
Der Bauhof Bergeshövede nahm insbesondere Wartungs- und Instandsetzungsarbeiten an Schiffen und Anlagen des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes Rheine wahr.