Zum Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Lauenburg gehörten die Außenbezirke in Mölln, Herrenhof, Geesthacht, Grabow, Parchim, Waren und der Bauhof Geesthacht mit einer Außenstelle in Grabow.
Der Außenbezirk Mölln war zuständig für den Elbe-Lübeck-Kanal.
Der Außenbezirk Herrenhof war zuständig für die Elbe von km 502,25 bis km 566,30.
Der Außenbezirk Geesthacht war zuständig für die Elbe von km 566,30 bis km 607,50 mit der Staustufe Geesthacht und die Ilmenau von der Mündung in die Elbe bis Lüneburg.
Der Außenbezirk Grabow war zuständig für die Müritz-Elde-Wasserstraße vom km 0,0 (Elbe) bis km 56,0 (Anschluss an die Stör-Wasserstraße) und die Stör-Wasserstraße.
Der Außenbezirk Parchim war zuständig für die Müritz-Elde-Wasserstraße von km 56,0 (Anschluss an die Stör-Wasserstraße) bis km 127,0.
Der Außenbezirk Waren war zuständig für die Müritz-Elde-Wasserstraße von km 127,0 bis km 180,0 (Müritz).
Der Bauhof Geesthacht mit der Außenstelle Grabow nahm insbesondere Wartungs- und Instandsetzungsaufgaben an Schiffen und Anlagen sowie der Schifffahrtszeichen des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes Lauenburg wahr.