Според Йордан Н. Иванов името на селото е производно от турското kara köy, в превод черно село, което е свързано с цвета на местната почва. За произхода на името съществува следната легенда: в продължения на столетия българите не допускали в селото да се заселват турци и всички опити завършвали трагично за турците, заради което те нарекли накрая селото черно. Жителските имена са кара̀кьо̀йченин, кара̀кьо̀йченка, кара̀кьо̀йчене.[3]
В Османската империя
През XIX век Каракьой е голямо чисто българско село, числящо се към Неврокопскатакааза на Серскиясанджак. Старото име на селото е Манастир, Голям Манастир или Манастирище. Това име се среща в турски документи от XVII и XVIII век.[4]
До западането на железодобивната индустрия в Мървашко в края на XIX век, селото е от най-развитите рударски селища в областта и най-голям доставчик на руда (магнетитов пясък).[4] Голяма част от селото се занимава изключително с промиване на магнетитов пясък. Плавенето (промиването) на рудата става главно през пролетта, есента и зимата, когато има повече вода в промивниците – наречени за̀дми. Задмите са по течението на Каракьойската река. В селото имало 8 самокова и 4 – 5 пехци. Каракьой е и известно кузнарско село, като почти във всяка къща има кузня (железарска работилница). Селото е специализирано в правенето на клинци за подкови и заедно със съседното Ловча снабдява целия Солунски вилает.[5]
След замирането на железодобива в средата на XIX век, жителите на Каракьой се отправят на юг към Света гора и околните планини като въглищари, но през зимата се връщат в Каракьой.[5]
Кара-кьой, село на Ю. от града 7 часа път. Положено е всред една камениста върла местност, която се образува от клоновете на Черна гора. Най-изобилно растат орехи и лешници по Черна гора. В църквата „Св. Богородица“ четат смесено; прекрасно училищно здание до църквата с един учител и 65 ученика, които се учат гръцки и български. Къщи 300, българе.[9]
С. Кара-Кьой... е разположено в полите на Черна гора и Алиботуш. През него минава тесен проход – Просека, за Демир Хисар. Има 294 къщи с 1300 души население. Селяните се занимават със земеделие и скотовъдство. Мнозина от българите отиват да работят в Солунско, Гюмюрджинско, Гевгелийско и пр. Черквата е съградена 1865 г. и се казва „Успение на Пресвета Богородица“. Тя е голямо, хубаво, масивно здание. Вътре е хубаво украсена и има голям двор, в който е и училището. Училището е също хубаво, голямо и старо здание, съградено през 1874 – 5 г... Между селяните има разпри. Едните са клубисти, а другите санданисти. Последните са по-малко, но тероризират другите. Санданистите нападаха хора на клубистите през Коледните празници. И двата са се давали на съд. Черковно-училищните приходи са в безпорядък. Съществува анархия в селско-общинските работи.[12]
През войната селото е освободено от части на българската армия, но след Междусъюзническата война Каракьой попада в Гърция. Според гръцката статистика, през 1913 година в Каракьой (Καρά Κίοϊ) живеят 1153 души.[14]
Останалото в селото българско население е подложено на терор и през лятото на 1924 година се случва така наречения Каракьойски инцидент.
„
На 24 юли 1924 г. по нареждане на офицера Дуксакис е взривена бомба в центъра на с. Търлис. Никой не пострадва, но два дни по-късно това става повод в с. Каракьой да арестуват 13 души, към които на мястото на „атентата“ са включени още 14. Групата е поведена към с. Горно Броди за дознание. Неясно защо я насочват по черен път и до едно изворче, под предлог за малка почивка, нещастниците се оказват лека мишена под бълващи смърт дула. В настъпилата паника 10-има все пак успяват да избягат, но трима от тях са ранени тежко.
Не е възможно този случай да се прикрие. Пред специална комисия от ОН гърците постфактум обвиняват жертвите, че членували във ВМРО (какъв грях!) и подпомагали българските чети. Дуксакис все пак е порицан, дори осъден – 15 дни условно.[16]
“
Вследствие на инцидента 1168 души от селото бягат в България и в селото остават само десетина семейства от български произход. На мястото на изселилите се властите заселват гърци бежанци.[17]
Към 1928 година Каракьой е смесено местно-бежанско село със 124 семейства и 408 души бежанци.[18]
Селото пострадва силно и от Гражданската война (1946 - 1949), а от 60-те години започва миграция към големите градове.[17]
Населението произвежда тютюн, картофи, жито и други земеделски продукти, като се занимава и със скотовъдство.[17]
Прекръстени с официален указ местности в община Каракьой на 13 януари 1969 година
Петър Манолев, (1915 – 2013) български летец, полковник, 18 бойни задачи и 8 въздушни боя с американската авиация, три въздушни победи в защитата на София, на 17 април 1944 г. сваля американска четиримоторна летяща крепост Б-17, кавалер на военния орден „За храброст“.
Сотир Илиев Сораджиев (1921 – ?), в 1925 година семейството му емигрира в Абланица, Неврокопско, участник във войната срещу Нацистка Германия, член на БКП от 1945 г., секретар на партийната организация в селото, оперативен сътрудник на МВР в Слащенския район на Неврокопска околия (1945 – 1954), оставя спомени[28]
Стефан Караджов (1869 – ?), завършил филология в Йена[29]
↑Иванов, Йордан Н. Местните имена между долна Струма и долна Места : принос към проучването на българската топонимия в Беломорието. София, Издателство на Българската академия на науките, 1982. с. 135.
↑ абИванов, Йордан Н. Местните имена между долна Струма и долна Места : принос към проучването на българската топонимия в Беломорието. София, Издателство на Българската академия на науките, 1982. с. 12.
↑ абвИванов, Йордан Н. Местните имена между долна Струма и долна Места : принос към проучването на българската топонимия в Беломорието. София, Издателство на Българската академия на науките, 1982. с. 13.
↑Македония и Одринско: Статистика на населението от 1873 г. София, Македонски научен институт – София, Македонска библиотека № 33, 1995. ISBN 954-8187-21-3. с. 126 – 127.
↑Z. Два санджака отъ Источна Македония // Периодическо списание на Българското книжовно дружество въ Средѣцъ Година Осма (XXXVII-XXXVIII). Средѣцъ, Държавна печатница, 1891. с. 7.
↑Рапорт за положението и въвеждането на учебното дело през първото полугодие на 1908 – 1909 г. в Неврокопска каза – В: Извори за българската етнография, том 3: Етнография на Македония. Материали из архивното наследство. София, Македонски научен институт, Етнографски институт с музей, Академично издателство „Проф. Марин Дринов“, 1998. с. 82.
↑ абИванов, Йордан Н. Местните имена между долна Струма и долна Места : принос към проучването на българската топонимия в Беломорието. София, Издателство на Българската академия на науките, 1982. с. 182.