На війська фронту було покладено завдання протиповітряної оборониадміністративно-політичних, промислово-економічних центрів і районів півдня СРСР, прикриття комунікацій і баз постачання діючої армії, а також нарощування системи ППО в ході наступальних операцій Червоної Армії на південно-західному напрямі.
До складу фронту входили 7 корпусів і 3 дивізії, 2 винищувальних авіакорпуси і 7 винищувальних авіадивізій. За станом на 1 травня 1944 бойовий склад фронту включав 917 винищувачів, 4346 артилерійських зенітних гармат, 866 зенітних прожекторів, 296 аеростатів загородження. Війська Південного фронту ППО брали активну участь і зіграли важливу роль в наступальних операціях 1, 2, 3 і 4-го Українських фронтів влітку і восени 1944 р.