Johnston blev invald i representanthuset i kongressvalet 1820. Han efterträddes 1823 som kongressledamot av Edward Livingston.
Senator James Brown avgick i december 1823 för att tillträda som chef för USA:s diplomatiska beskickning i Frankrike. Johnston blev utnämnd till Browns efterträdare i senaten i januari 1824. Han valdes 1825 till en sexårig mandatperiod i senaten och omvaldes sex år senare. Johnston var anhängare av John Quincy Adams och motståndare till Andrew Jackson. Han omkom i en explosion och efterträddes av Alexander Porter.
Johnstons grav finns på Rapides Cemetery i Pineville.