Pri transplantaciji organa ili koštane srži, ciklosporin se obično kombinuje sa glikokortikoidom, citotoksičnim lekom ili antilimfocitnim imunoglobulinom. Zbog toga što narušavaju imuni odgovor, nose rizik oslabljenog odgovora na infekciju i mogu olakšati pojavu maligniteta. Međutim, odnos između ovih neželjenih efekata i potentnosti u prevenciji odbacivanja grafta varira među različitim lekovima.
^N A Gillett and C Chan (2000). „Applications of immunohistochemistry in the evaluation of immunosuppressive agents”. Human & Experimental Toxicology. 19 (4): 251—254. doi:10.1191/096032700678815819.