Према тврдњама Јосипа Бољковца, бившег министра унутрашњих послова СР Хрватске, Горан Хаџић је био сарадник хрватских власти тј. обавештајних служби под контролом Загреба.[3]
Дана 31. марта 1991. године, Хаџић је заједно са двојицом сарадника ухапшен од хрватске полиције у Лици, на Плитвичким језерима где су локални Срби имали оружани сукоб са Специјалном полицијом из Загреба. Хаџић је имао је код себе пиштољ марке "Колт" без дозволе. Спроведен је у Загреб и тамо је подвргнут испитивању. Годинама касније, Јосип Бољковац, тадашњи министар унутрашњих послова у Влади СР Хрватске је написао књигу "Истина мора изаћи ван" у којој је децидирано навео како је управо Хаџић постао њихов сарадник, односно шпијун хрватских сигурносно-обавештајних служби.[3]
Пре 25. јуна 1991. године, Горан Хаџић је био један од вођа Српског националног већа, политичког форума Срба који је покривао Славонију, Барању и западни Срем. Дана 25. и 26. јуна 1991. године, СНВ је трансформисан у Владу Српске аутономне области Источне Славоније, Барање и Западног Срема. Истовремено, Горан Хаџић је постављен за вршиоца дужности председника Владе самопроглашене САО СБЗС. Дужност председника Владе вршио је од 25. јуна до 25. септембра исте године. Хаџић је 25. септембра 1991. званично именован за председника Владе самопроглашене САО СБЗС, како је објављено у Службеном листу. На овој функцији је остао до интегрисања САО СБЗС у Републику Српску Крајину19. децембра 1991.
Против Хаџића Хашки трибунал је подигао оптужницу за ратне злочине, а ухапшен је 20. јула 2011. године. Војислав Шешељ је 4. децембра 2014. обелоданио да Хаџић болује од астроцитома - једног облика тумора мозга.[4]
Преминуо је 12. јула 2016. године у Ургентном центру у Новом Саду у 58. години живота.[5] Сахрањен је на новосадском Градском гробљу.[6]