Рођен је у Београду, где му је отац (пореклом из Босанске Крајине) радио као учитељ. Завршио је 12. класу Војне академије у Београду, курс за команданта батаљона, Командно-штабну академију и Ратну школу. Касније је такође завршио Штабну школу француске војске. Предавао је на војној школи у Сарајеву. Рат га је затекао на дужности официра у штабу Територијалне одбране Босне и Херцеговине (ТО БиХ). Војни суд га је 1991. осудио на 9 месеци затвора због неовлашћеног издавања оружја ТО, односно продаје оружја за личну корист (који ће ускоро прерасти у Хрватско вијеће одбране) у Кисељаку. Казну је избегао тако што је дезертирао из ЈНА[3] и придружио се АРБиХ.
Дивјак је 1991. године за оружје Територијалне одбране СР БиХ, које је било на чувању у касарнама ЈНА, неовлаштено дао налог да се испоручи ТО Кисељак и због тога га је Војни суд у Сарајеву осудио на осам или девет мјесеци затвора.
— Петар Симовић, потпуковник Службе безбједности Друге војне области ЈНА у Сарајеву[3]
Постао је бригадни генерал и помоћник начелника ГШ Армије Републике Босне и Херцеговине. Оштро се супротстављао исламизацији АРБиХ и злочинима над Србима и у том циљу је у два писма (једно од маја 1992. и друго од маја 1993) молио Алију Изетбеговића да заштити Србе. Покушао је да спречи масакр у Добровољачкој улици.[4]
Када се 1998. сазнало за јамуКазане у коју су припадници 10. брдске бригаде АРБиХ бацали убијене сарајевске Србе, из протеста је вратио свој чин бригадног генерала.[5]
За њега је везана једна анегдота: када је 1992. обилазио линије које су држале јединице АРБиХ, један припадник АРБиХ не знајући да је Дивјак пореклом Србин рекао му је: „Пуковниче, немате шта да бринете, овдје српска нога крочити неће”.[6]
Јован Дивјак је ухапшен 3. марта 2011. на аеродрому у Бечу на основу Интерполове потернице коју је расписала Србија. Потерница за 19 лица која су одговорна за масакр у Добровољачкој улици, а између осталих и Јована Дивјака је расписана 1992. године.[8][9] Дивјаку је 4. марта 2011. суд у аустријском граду Корнбургу одредио екстрадициони притвор у трајању од 14 дана.[10] Дивјак је пуштен из затвора 8. марта 2011. са условом останка у Аустрији и уз кауцију од 500.000 евра.[11]
Суд у аустријском граду Корнојбургу је 29. јула 2011. одбио захтјев Србије за изручење након чега је Дивјак истог дана отпутовао за Сарајево.[12][13] Као разлог одбијања захтјева Србије за изручење, аустријски суд је образложио да се „не би могло очекивати поштено суђење у Београду”.[14] Одлука аустријског суда је наишла на многе критике у Српској и у Србији.[12][14][15]
