Ukończył studia socjologii i filozofii na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Karola w Pradze, był uczniem Jana Patočki. Komunistyczne władze odmówiły mu prawa wykładów na uniwersytecie i został skierowany do pracy jako środowiskowy psychoterapeuta alkoholików i narkomanów.
21 października 1978 został tajnie wyświęcony przez biskupa w Erfurcie na katolickiego księdza, a do roku 1989 był jedną z ważniejszych postaci podziemnego Kościoła katolickiego i bliskim współpracownikiem kard. Františka Tomáška.
Od roku 1990 jest rektorem uniwersyteckiego kościoła pw. Najświętszego Salwatora w Pradze i przewodniczącym Czeskiej Akademii Chrześcijańskiej (po śmierci jej założyciela ks. Josefa Zvěřiny). W tym samym roku papieżJan Paweł II mianował Halíka konsultantem Papieskiej Rady do dialogu z niewierzącymi na okres dwóch lat. Od roku 1993 wykłada religioznawstwo na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Karola. Głosił również wykłady w Oxfordzie i Cambridge oraz był jednym z ekspertów czeskiego prezydenta Václava Havla.
Jest znany ze swego zaangażowania w życiu społecznym, publicznych wypowiedzi na temat problemów dyskryminacji rasowej, tematy polityczne i religijne oraz procesu sekularyzacji i integracji europejskiej. Jego myśli są często przywoływane na internetowych stronach nierzymskokatolickich biskupów czeskich np. Antonína Jelínka[4].
Halík w swoich publikacjach często przedstawia Boga dynamicznego, podobnie jak ogień płonącego krzewu, towarzyszącego wędrowcom i wędrującego razem z nimi, dlatego w „kryzysie religii” dopatruje się szansy dla rozwoju właśnie dynamicznej wiary.
Publikacje w języku polskim
Wyzwoleni, jeszcze nie wolni. Czeski katolicyzm przed i po 1989 roku, Poznań 1997. ISBN 83-7033-127-0
Radziłem się dróg. Z Tomášem Halíkiem rozmawia Jan Jandourek, Poznań 2001. ISBN 83-7033-349-4
Co nie jest chwiejne, jest nietrwałe. Labiryntem świata z wiarą i wątpliwościami, Kraków 2004. ISBN 83-7318-307-8
Cierpliwość wobec Boga. Spotkanie wiary z niewiarą. Wyd. drugie. Kraków: Wydawnictwo WAM, wrzesień 2011. ISBN 978-83-7505-913-7. Brak numerów stron w książce
Drzewo ma jeszcze nadzieję. Kryzys jako szansa, Wydawnictwo „Znak”, Kraków 2010. ISBN 978-83-240-1412-5