Nobelprisen i fysiologi eller medisin (
2012) (sammen med:
John Gurdon)
[5][6]Breakthrough Prize in Life Sciences (
2013) (tilknytning:
Universitetet i Kyoto, Gladstone Institutes,
University of California, San Francisco)
[7]Albert Lasker Basic Medical Research Award (
2009)
[8]Den japanske Kulturordenen (
2012)
Wolfprisen i medisin (
2011) (sammen med: Rudolf Jaenisch)
[9]Balzanprisen (
2010) (arbeidsområde:
biologi, statsborgerskap:
Japan)
[10]Gairdner Foundation International-prisen (
2009)
[11]Kong Faisals internasjonale medisinpris (
2011) (sammen med:
James Thomson)
[12]Albany Medical Center Prize (
2011)
[13]March of Dimes Prize in Developmental Biology (
2010) (tilknytning:
University of California, San Francisco)
[14]Massry-prisen (
2008) (tilknytning:
Universitetet i Kyoto,
University of California, San Francisco)
[15]Rosenstiel-prisen (
2008) (tilknytning:
Universitetet i Kyoto,
University of California, San Francisco)
[16]Meyenburg-Preis (
2007)
[17]Person med spesielle fortjenester innen kultur (
2010)
Kyotoprisen for avansert teknologi (
2010)
[18]Asahi-prisen (
2007)
[19]ShawprisenBBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award (
2010)
[20]Millenniumprisen for teknologi (
2012) (sammen med:
Linus Torvalds)
[21]Robert-Koch-prisen (
2008) (statsborgerskap:
Japan)
[22][23]The Shaw Prize in Life Science and Medicine (
2008) (sammen med: Ian Wilmut,
Keith Campbell, statsborgerskap:
Japan)
[24]Yamazaki-Teiichi Prize (
2008)
[25]Æresdoktor ved Hong Kong-universitetet
Det japanske akademis keiserlige pris (
2010)
[26]Clarivate Citation Laureates (
2010) (arbeidsområde:
medisin)
[27]