1996년 1월 4일 서울지방검찰청은 김태년을 국가보안법위반 등의 죄로 기소했다.[4] 본래 1995년 11월 15일 간첩 김동식으로부터 무전기를 받은 혐의[5]를 받았으나 조사 후 변경되었다.
1996년 8월 6일 서울지방법원 형사합의23부는 김태년에게 징역 1년, 집행유예 2년을 선고했다.[6]
17대 총선
17대 총선을 앞두고 성남지역 최초로 열린 국민경선을 통해 김태년 후보는 총 1083명의 선거인단 중 511명이 참여한 투표결과(투표율 47.28%) 263표를 얻어 2위인 김재갑 후보(207표)를 누르고 국회의원 후보로 선출됐다.[7] 총선레이스 도중 열린우리당 김태년 후보는 단식에 돌입하기도 했다.[8] 17대 총선의 결과는 열린우리당의 김태년후보가 47,478표(43.9%)를 얻어 당선이 확정됐으며, 그 뒤를 이어 김을동(한나라당) 32,665표(30.2%)로 나타났다.[9] 4.15총선 최연소(40세) 당선자 김태년 국회의원은 당선소감과 인터뷰를 했다.[10]
18대 총선
17대 총선 때 성남수정 지역구에서 당선되어 국회의원으로 활동하였으나, 18대 총선 때는 2만9천962표와 2만9천833표로써 129표차로 신영수 국회의원에게 패배하였다.[11]
19대 총선
19대 총선에서는 총 51,142(54.76%)표를 득표해 새누리당 신영수 후보(37,569표, 40.23%)를 13,573표라는 압도적인 표차로 누르고 당선되었다. 당선자 신분으로 비대위원에 선임되어 당대표 선출을 위한 임시지도부 활동을 하였고, 이해찬 당대표 선출 이후에는 당대표 비서실장으로 임명되었다.[12]
김태년은 1995년 6월 27일 실시된 경기도 성남시장 선거에 후보자로 출마한 A의 선거를 위한 기초조사 등을 하여 주는 과정에서 정식 용역대금 이외의 금원을 교부받고, A의 선거운동을 돕고 있는 한숙자로부터 식사를 제공받았다. 이로써 김태년은 A로부터 성남시장 선거에 관한 기부를 받았다(공직선거및선거부정방지법위반).[31]
김태년은 반국가단체인 북한(조선민주주의인민공화국) 공산집단의 활동을 찬양·고무[4]·선전·동조하여 국가의 존립·안전이나 자유민주주의적 기본질서를 위협하는 내용이 담겨 있는 서적 등 표현물을 취득·소지하였다. 김태년은 위 서적등 표현물이 이적성을 담고 있는 인지하면서도 이를 취득 및 소지하였고, 학생운동을 같이하던 친구들이 수사기관에 연행되었다는 소식을 듣고 1995년 11월 15일 자택에서 <민족과 철학> 등 표현물을 서둘러 소각하였다(국가보안법위반).[32][31]
1997년 2월 18일 서울고등법원[31]은 김태년에게 국가보안법위반(기타), 공직선거및선거부정방지법위반 죄로 징역 1년 6월, 집행유예 3년을 선고하고 보호관찰을 받을 것을 명하였다.[33]