2012년 6월 14일 인천과의 경기에서 데뷔하였으며, 2013년 4월 16일 강원 FC와의 경기에서 리그 데뷔골을 성공시켰다. 2013년에는 팀의 K리그 클래식, FA컵 우승, 즉 더블을 이루어내는 데 기여하였다.
2014 시즌부터 출장수를 조금씩 늘려갔다. 특히 2015 시즌에는 시즌 초 10경기에 나서 4골 2도움을 기록하는 등의 활약을 보였으나, 7월 1일 열린 전남과의 경기에서 오른쪽 무릎뼈에 금이 가는 부상을 당하며 시즌 잔여 경기 출전이 불투명해졌다.[2] 결국 5개월 가량이 지난 뒤인 서울과의 시즌 최종전에서야 후반 교체투입되며 그라운드에 복귀하였다.
2014년 1월 오만에서 열린 2013년 AFC U-22 챔피언십 참가를 위한 U-22 대표팀에 발탁되었고, 조별예선 미얀마와의 경기에서 교체투입된 직후, 후반 32분 쐐기골을 기록하며 팀의 승리에 기여하였다. 2015년 6월, 프랑스, 튀니지에서 열린 각 국가와의 U-23 친선경기에서 두 경기 연속 골을 기록하였다.
2016년 1월, 2016년 리우데자네이루 올림픽 예선을 겸하여 열리는 2016년 AFC U-23 챔피언십 대표팀에 발탁되었으며, 조별 예선 첫 경기인 우즈베키스탄전에서 두 골을 기록하며 대표팀의 첫 승을 이끌었다. 이후 8강 요르단전, 4강 카타르전에서도 골을 넣는 등 대회 4골을 기록하며 대한민국의 준우승에 기여하였다. 같은 해 3월, 알제리와의 친선 2연전에서 2경기 3골을 기록하였다. 같은 해 6월 27일 발표된 리우 올림픽 출전 U-23 대표팀 최종 명단에 포함되었다.[6] 리우올림픽 본선에서는 대표팀이 8강의 성적을 달성하였는데, 문창진은 예선전의 모습을 본선에서 이어가지 못한 채 부진한 경기력으로 일관하여 아시아용이라는 축구팬들의 뭇매를 맡기도 하였다.
2017년 8월 14일 2018년 월드컵 아시아 예선 경기에 나서는 대한민국 국가대표팀 예비 명단에 포함되었다.
