Assecondò sempre il fratello Azzo VIII nel governo della città sino al 1305 quando questi prese in sposa Beatrice, figlia di Carlo II d'Angiò. Da quel momento Francesco osteggiò il matrimonio che non condivideva per le conseguenze nella successione e, con l'aiuto dei padovani, occupò militarmente Lendinara, che fu cinta d'assedio per un anno. Tradito in seguito da alcuni sostenitori fu costretto alla fuga ma continuò a combattere contro Azzo, aderendo nel 1306 ad una lega formata da Modena e Reggio Emilia. Alla morte di Azzo nel 1308, il suo figlio naturale Fresco occupò Ferrara rivendicandone la signoria. Francesco si rivolse a papa Clemente V che, desideroso di riappropriarsi della città, mandò suoi uomini ad occuparla. Fresco cedette la città ai veneziani e Francesco venne abbandonato. Iniziò così per Ferrara un breve periodo di dominazione da parte dello Stato Pontificio[2]. Nel 1312 si schierò col papa contro l'imperatore Enrico VII, ma venne assassinato il 23 agosto dello stesso anno alle porte della città da alcuni fedeli del re di NapoliRoberto d'Angiò.
Discendenza
Francesco sposò Orsina Orsini dalla quale ebbe quattro figli:
Claudio Maria Goldoni, Atlante estense - Mille anni nella storia d'Europa - Gli Estensi a Ferrara, Modena, Reggio, Garfagnana e Massa Carrara, Modena, Edizioni Artestampa, 2011, ISBN978-88-6462-005-3.