Il 4 gennaio 2017, viene ufficializzato il suo passaggio a titolo definitivo alla Sampdoria, dove sceglie la maglia numero 24[2], per due milioni di euro, con un contratto fino al 30 giugno 2021.[1]
Esordisce con la maglia della Sampdoria in occasione degli ottavi di finale di Coppa Italia nella partita persa 4-0 contro la Roma, giocando dal primo minuto.[3] Trova spazio sin da subito da terzino destro divenendo titolare,[4] e il 27 aprile 2018 prolunga con il club ligure fino al 2023.[5] Trova il suo primo gol con i blucerchiati alla centoventesima presenza in Serie A il 7 marzo 2021 in occasione del pareggio per 2-2 contro il Cagliari,[6] tornando anche al gol dopo quasi 7 anni di astinenza.[7]
Il 7 gennaio 2023, Bereszyński si trasferisce in prestito semestrale al Napoli, con diritto di riscatto fissato a 1,8 milioni di euro, nell'ambito di un'operazione di mercato che vede Alessandro Zanoli compiere il percorso opposto (ma in prestito secco).[8][9] Esordisce con la maglia del Napoli il 17 gennaio 2023, nella partita di Coppa Italia persa 6-7 (dtr) contro la Cremonese.[10] Pur rimanendo riserva di Giovanni Di Lorenzo per il resto del campionato, il terzino fa parte della rosa partenopea che conquista lo scudetto, terzo titolo nazionale nella storia della società.[11][12] Il 14 maggio invece esordisce in Serie A con gli azzurri nella sconfitta per 2-0 contro il Monza.[13]
A fine prestito fa ritorno alla Samp, con cui, il 19 agosto 2023, esordisce in Serie B nel successo per 1-2 contro la Ternana, indossando la fascia da capitano.[14] Tre giorni dopo viene ceduto in prestito in Serie A all'Empoli.[15][16]
Fa il suo esordio con i toscani il 3 settembre successivo, nella partita di Serie A, persa per 2-0, contro la Juventus.[17]
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