אוליבר קרומוול המנצח במלחמת האזרחים האנגלית שלט באנגליה ובאירלנד עד מותו ב-3 בספטמבר1658. באופן אירוני מת קרומוול ביום השנה לטבח דרוידה. את החלל שנוצר לאחר מות "הלורד הפטרון" לא הצליח איש למלא. לא בנו הכושל, ריצ'רד קרומוול, ולא הגנרל ג'ורג' מונק אשר החזיק לידיו לתקופה קצרה את השלטון במדינה. העם האנגלי שבע ממלחמות וממאבקים, וכך הוחזר בית סטיוארט לשלטון, והמלך הגולה, צ'ארלס השני הוחזר אל האיים, והוכרז ברוב עם כמלכה של אנגליה, ב-6 במאי1660. כשישה ימים לאחר מכן הוכרז צ'ארלס כמלך אירלנד, בעצרת שנערכה בדבלין. אם היו תקוות כי המלך החדש, שעקב הקורות אותו היה בעל נטייה לאמונה הקתולית, יסייע משהו לבני אמונה זו אשר "ההסדר של קרומוול" נישל אותם מנכסיהם, ודן אותם לחיי עוני במחוז קונוט, תקוות אלו נכזבו עד מהרה.
היו אלו כידוניהם של הפרוטסטנטים אשר החזירו את צ'ארלס לכס המלוכה, והחזיקו אותו שם (במלכות ראוותנית, קלת דעת, ומושחתת), וצ'ארלס לא יכל לפעול כנגד האינטרס הפרוטסטנטי. במשך רוב התקופה שלט באירלנד הדוכס מאורמונד, ותיק התמיכה במטרה המלוכנית, אשר כוחותיו היו אלו שנטבחו בטבח של קרומוול בעיר דרוידה. התקנות כנגד הקתולים לא הוקלו, ו"קשר" בשנת 1678 כנגד המלך (אשר הסתבר כעלילה) הביא למאסרם ולהוצאתם להורג של עשרות כמרים קתולים.
מלכותו של צ'ארלס לא הפכה את הגלגל ההיסטורי. הנישול של הקתולים מאדמותיהם לטובת מתיישבים אנגלים בחבל אלסטר הצפוני נמשך כמקודם. ממשלו של אורמונד היה פרוטסטנטי במוצהר, והצבא אשר הקים דרש מן הקצינים ומן החיילים להתפלל בציבור לפי ספר התפילות הפרוטסטנטי. הייתה זו תקופת ביניים שבאה לאחר ממשלו האכזרי של קרומוול, ולא הביאה עמה את משק כנפי השינוי, כי אם דריכה במקום.
דווקא בתקופה זו החלו היהודים להתיישב באירלנד, וזאת לאחר שבימי קרומוול הותר להם לחזור לאנגליה לאחר שגורשו משם בימי הביניים על ידי המלך אדוארד הראשון. בין השנים 1660 עד 1685 החלו היהודים להתגורר באירלנד, וביולי 1690 הוקם בית הכנסת הראשון בעיר דבלין.
ג'יימס השני
עם מותו של צ'ארלס השני בשנת 1685 עלה על כס המלוכה באנגליה המלך ג'יימס השני הקתולי. מלכתחילה חששו האנגלים מן המלך הקתולי, ונעשו מאמצים למנוע את עלייתו אל כס המלוכה, אך העובדה כי בנותיו (ויורשותיו) הן פרוטסטנטיות אדוקות שאחת מהן אף נשואה למנהיג הפרוטסטנטים בכל אירופה ויליאם מאוראנז', הרגיעה את הרוחות, והוחלט לכבד את סדר הירושה הקיים, על מנת למנוע סכסוכים וזעזועים זמן כה קצר לאחר מלחמת האזרחים.
ג'יימס השני, מצדו, לא פעל במתינות, ועם עלייתו לשלטון החל לקדם את מטרת הקתולים בכל תחומי שלטונו. עד מהרה הוחלף הרוזן מאורמונד ברוזן מטירקונל (ריצ'רד טלבוט), קתולי קיצוני, כמשנה למלך באירלנד. טירקונל לקח על עצמו להפוך את גלגל ההיסטוריה, ולהחזיר את האירים לימים שלפני הרפורמציה. עד מהרה נחקקו חוקים רבים מכוחם הפכו הקתולים לרוב בבתי המשפט, בצבא, בכוחות אכיפת החוק, וברשויות המקומיות. בשנת 1687 החל הפרלמנט האירי בחקיקת חוק אשר יחזיר לבעלי האדמות הקתולים המקוריים את אדמותיהם שנלקחו מהם במסגרת "ההסדר של קרומוול".
ביוני 1688 נולד למלך ג'יימס בן זכר, והבטיח את הירושה הקתולית לכס המלוכה של אנגליה. העם האנגלי לא יכל לשאת זאת, ובאירוע שיכונה לימים "המהפכה המהוללת" הודח המלך ג'יימס בדצמבר של אותה שנה והוחלף בחתנו, בעלה של בתו הפרוטסטנטית של ג'יימס מרי השנייה, הוא ויליאם השלישי, דוכס אורנז', המנהיג הפרוטסטנטי ההולנדי הבולט, אשר קיבל את כס המלוכה באנגליה מתוך התקווה המפורשת שינהיג את העם האנגלי במלחמתו כנגד הקתולים באי וביבשת. ויליאם הצליח לדכא את תומכיו של ג'יימס באנגליה, אך בפריפריה - בסקוטלנד ובאירלנד היה כוחו של ג'יימס חזק, ושם נמצאו לו תומכים אשר לא היססו למרוד בכתר בשמו.
המלחמות הוויליאמיות
המלחמות באירלנד בתחילת שנות התשעים של המאה ה-17 לא היו בגדר סכסוך פנימי באירלנד, או אף באיים הבריטיים. "המלחמות הויליאמיות באירלנד" כפי שהן נקראות היו חלק מסכסוך כלל אירופי, אשר השתתפו בו אנגליה, הולנד, הקיסרות ההבסבורגית, ספרד וצרפת של לואי ה-14.
לאחר הדחתו של ג'יימס דאג טירקונל לכך שכל הערים המבוצרות באירלנד תהיינה בשליטה קתולית. הוא כמעט והצליח בכך, אך בעת שהתקרב הצבא הקתולי לעיר דרי, בדצמבר 1688 נעלו האזרחים הפרוטסטנטים את שערי העיר, והחל המצור על דרי.
במרץ 1689 נחת ג'יימס בקינסייל בראש צבא צרפתי גדול, בן 6,000 חיילים וצעד אל דבלין. צבא פרוטסטנטי מקומי ניסה להתנגד לו בראשו של הלורד מאונט-אלכסנדר, אך נוצח. היעקוביטים (כפי שכונו תומכי המלך ג'יימס, הוא יעקב) עלו לפגוש את כוחותיהם של הפרוטסטנטים באלסטר, וניצחו בקרב בדרומור ב-14 במרץ1689. בינתיים כונס הפרלמנט האירי בדבלין, והכריז ב-7 במאי (בהסכמתו של המלך ג'יימס) כי אין לפרלמנט באנגליה כל סמכות לחוקק חוקים המחייבים את תושבי אירלנד.
בעוד ג'יימס משתתף במצור על העיר דרי, הכו הפרוטסטנטים באיניסקילן צבא קתולי שיצא לעזור למלך ג'יימס, וקתולים רבים ממחוז מנסטר נהרגו. עורפו של ג'יימס, מחוז אלסטר, היה עתה שוב בידי הפרוטסטנטים.
המצור על דרי הוסר ביולי 1689 לאחר התערבות ספינות מלחמה בריטיות. כוחות בריטיים נחתו ב-13 באוגוסט1689, אך לאחר מצעד ארוך הותשו מרעב ומחלות. הכוחות יצרו מגע עם כוחותיו של טירקונל, אך הכוחות נפרדו ללא קרב, על מנת לאסוף כוחות בחורף.
ב-14 ביוני1690 הגיע ויליאם באופן אישי לאדמת אירלנד, בראשן של שלוש מאות ספינות עמוסות חיילים. צבאו של ויליאם היה מיקרוקוסמוס של אירופה הפרוטסטנטית של אותה התקופה - 36,000 חיילים אנגלים, גרמנים, הולנדים, דנים והוגנוטים. הצבא צעד מבלפסט לדבלין. לאחר התכתשויות מצאו הצדדים עצמם, ב-1 ביולי1690 כאשר היעקוביטים (אנשיו של ג'יימס) בגדה הדרומית של הנהר בוין, ואילו אנשיו של ויליאם בגדה הצפונית. בקרב שהתפתח נאלץ הצבא היעקוביטי לסגת, וג'יימס נמלט לצרפת. ג'יימס היה המלך הקתולי האחרון של אנגליה. צאצאיו לבית סטיוארט ניסו עוד פעמים מספר לחזור לכס המלוכה (כאשר הניסיון האחרון היה בשנת 1745 בקרב קלודן) אך מויליאם השלישי ואילך היו כל מלכי אנגליה פרוטסטנטים. חוק מיוחד שקיבל הפרלמנט קבע כי אסור למלך להיות קתולי או נשוי לבן הדת הקתולית.
הסכם לימריק
הקתולים האירים, כשגבם אל הקיר, המשיכו בלחימה, עד שהוכנעו על ידי הגנרל ההולנדי גינקל, לאחר שהסתיים המצור על העיר לימריק ב-3 באוקטובר1691.
עם כניעתה של העיר נוהל משא ומתן בין נציגיו של ויליאם ובין המפקדים הקתולים של צבאו של ג'יימס בעיר לימריק. התוצאה הייתה הסכם אשר התיימר להסדיר שני עניינים: עניינים צבאיים דחופים, והסדר שיאפשר לקתולים להמשיך ולחיות באירלנד תחת מלכותו של ויליאם השלישי.
הצבא הקתולי, אשר היה עדיין צבאו של ג'יימס, החליט להמשיך ולהילחם את מלחמות הקתולים מחוץ לגבולותיה של אירלנד. על פי ההסכם, כל איש צבא שרצה בכך, יכל להפליג אל צרפת ולהמשיך שם בלחימה. 12,000 אנשים (אנשי צבא, משפחותיהם וקרוביהם) ניצלו אפשרות זו. הגירה המונית זו כונתה "מעוף אווזי הבר" Flight of the wild geese. היוצאים המשיכו מסורת של הגירה וגלות, ושירותם של שכירי חרב אירים, שכונו "אווזי הבר" בצבאות זרים.
על הסעיפים האזרחיים בהסכם נאמר כי האנגלים החלו בהפרתם עוד בטרם יבשה הדיו על ההסכם, והם שהקנו ללימריק את כינויה עד היום "עיר ההסכם המופר". הסעיפים הבטיחו את חופש הפולחן הקתולי "במידה שחופש זה ניתן במהלך כהונת המלך צ'ארלס השני", וכן חנינה כללית והחזרת הזכויות בקרקע לתושבים בלימריק ובאירלנד שיסכימו להישבע אמונים למלך ויליאם. ויליאם, הדחוק להמשיך את מלחמותיו ביבשת אשרר את ההסכם, אך הפרלמנט האירי הפרוטסטנטי אישר את ההסכם רק ב-1697 וגם אז רק בשינויים אשר עיקרו אותו מכל תוכן. לרשימת הקובלנות של הקתולים באירלנד נוספה עתה קובלנה נוספת "בגידת לימריק".
המאה השמונה עשרה
אירלנד לאחר קרב בוין
"לנסטר האוס" בדבלין. נבנה ב-1744 על ידי הארכיטקט ריצ'רד קאסל. משמש כיום כמושב הפרלמנט האירי
שלטונו של ויליאם השלישי התחלף עד מהרה בבית הנובר הפרוטסטנטי הגרמני (לאחר תקופת ביניים קצרה של שלטון המלכה אן ידועת החולי). בתקופה זו, בעשורים הראשונים של המאה השמונה עשרה ידעה אירלנד מספר מגמות עיקריות:
חוסר סובלנות דתית - כל ההבטחות היפות שהובטחו לקתולים בהסכם לימריק לא בוצעו, והאיסור על הפולחן הדתי, על רכישת קרקע על ידי קתולים ועל קבלת משרות ממשלתיות נמשך, אך הקתולים לא היו היחידים שסבלו מרדיפות דתיות. הפרסבטריאנים (ברובם סקוטים שהתיישבו באלסטר בתקופת "יישוב אלסטר") נרדפו אף הם. לא הותר להם להתחתן בכנסיותיהם, ולא הותר להם לשמש במשרה ממשלתית.
מגבלות על הפרלמנט – ב-1720 הכריז "חוק ההכרזה" שהתקבל בפרלמנט האנגלי כי הפרלמנט בלונדון יכול לחוקק חוקים אשר יחולו אף באירלנד. חוק זה עיקר למעשה את פעולתו של הפרלמנט האירי.
מגבלות על הסחר - באירלנד התפתחה מאוד תעשיית הצמר הטווי. הייתה זו תעשייה ביתית כפרית בעיקרה, המרוכזת במחוז אלסטר הצפוני. מכיוון שהיה מדובר בעיסוק ביתי כפרי היו העלויות והשכר נמוכים מאוד, ועד מהרה החלה התעשייה מתחרה בצמר האנגלי בשווקים ביבשת. הפרלמנט האירי עודד תעשייה זו ובשנת 1698 שילם להוגנוט לואי קרומלין, על מנת שיביא מצרפת מאגר של אורגים מומחים, ויקים מטוויה בעיר ליסבורן. ב-1699 חוקק הפרלמנט האנגלי את "חוק הצמר" שאסר על ייצואו של הצמר האירי לכל מקום פרט לאנגליה. הייתה זו מכה כלכלית מן המעלה הראשונה.
עוני והגירה - אירלנד של תחילת המאה השמונה עשרה הייתה ארץ עניה. האוכלוסייה האירית גדלה אומנם בתקופה זו (מ-2.5 מיליון נפש ב-1700 ל-5.5 מיליון נפש ב-1800), אך היה מדובר באוכלוסייה עניה, הנתונה למסגרת של כללים לוחצים הן מבפנים והן מבחוץ אשר לא איפשרו את פריצת המסגרת ואת הפיתוח הכלכלי של המדינה ושל תושביה. ברוח זו כתב הסאטיריקן העוקצני ג'ונתן סוויפט את המאמר "הצעה צנועה" בשנת 1726 לפיו תיפתר בעיית הרעב באירלנד על ידי גידולם באופן מסחרי של ילדים קטנים, אשר יישחטו ויימכרו כשהם "צלויים, מבושלים או מאודים". המאה השמונה עשרה ראתה את תחילת גל ההגירה הגדול מאירלנד לאמריקה, אשר החל, במספרים משמעותיים, עם יציאתן לבוסטון של עשר ספינות שעליהן אחד עשר כמרים פרסביטריאנים וצאן מרעיתם בשנת 1718. בשנות השלושים של המאה השמונה עשרה היה מדובר בהגירה של כשלושת אלפים עד ארבעת אלפים אנשים בשנה, והמספרים אך גדלו עם הזמן.
הפרלמנט של גרטן
המגבלות על הסחר, העוני, והשחיתות השלטונית, היו לרעתה של כל האוכלוסייה, קתולים ופרוטסטנטים כאחד. מתוך מעמד בעלי האחוזות הפרוטסטנטים ממחוז אלסטר, עלה עתה מנהיג לאומי בשם הנרי גרטן, אשר יוביל את אירלנד, באופן מתון וללא עימות צבאי, להקמת תנועה לאומית לעצמאות, ולהתקרבות בפועל אל העצמאות ככל שניתן, במידה הגדולה ביותר מאי פעם, ולמשך מאה וארבעים השנה שלאחר מכן.
גרטן היה מנהיג "המפלגה הלאומית" בפרלמנט האירי, אשר מטרתה העיקרית הייתה לשחרר את הפרלמנט האירי מן הכבלים החוקתיים שאסרו אותו. על פי "חוק פוינינגס" משנת 1494 אשר התקבל בימי המלך הנרי השמיני כל החקיקה של הפרלמנט האירי הייתה צריכה לקבל את אישור מועצת המלך בלונדון בטרם תידון בפרלמנט. יתרה מזאת, הפרלמנט האנגלי בוסטמינסטר ראה עצמו בעל סמכות חקיקה המשתרעת על תחומה של אירלנד, דבר שאיין, למעשה, את סמכותו של בית המחוקקים האירי, והפך אותו למועדון ויכוחים ללא תכלית של ממש.
לאחר שהממשלה בלונדון ראתה כי עיקשות לשמה עלולה להוביל למלחמה שתוצאתה אינה ברורה מראש, לאחר אובדן המושבות במלחמת העצמאות של ארצות הברית, הגיעה לאירלנד עת קצרה של מתינות ושיתוף פעולה בין הבריטים ובין הפרלמנט האירי, ובין הזרמים האירים ובין עצמם. תחת איום הפלישה מצד צרפת או ספרד בימי המלחמה בארצות הברית, החלו גדודי "מתנדבים" להתחמש ולהתאמן, על מנת למנוע את איום הפלישה. משהוסר איום הפלישה, הפכו גדודים אלו לכלי פוליטי הדורש יתר עצמאות לאירלנד. אל מול דרישות אלו החלה הממשלה הבריטית להסיר את המגבלות אט אט. בתחילה הוסרו (עוד בשנים 1778 ו-1779) המגבלות על הסחר. לאחר מכן בוטל "חוק ההכרזה" משנת 1720, ולבסוף, ב-16 באפריל1782, מגובה בתמיכה עממית רחבה, הכריז גרטן על עצמאותו של הפרלמנט האירי. על פי ההסדר החוקתי החדש ישררו באירלנד רק חוקי הפרלמנט האירי ופסיקות בתי המשפט האיריים. "אירלנד היא עתה אומה!" הצהיר גרטן. לאחר חודש של משא ומתן קיבלו האנגלים את ההצהרה. תודתו של העם האירי הובעה בצורת מענק, שהפרלמנט העניק לגרטן, בסכום של מאה אלף לירות שטרלינג, אך גרטן הסכים לקבל רק חצי מסכום זה.
אחד מן החוקים הראשונים שהעביר הפרלמנט החדש היה כי על מנת להוכיח את הנאמנות לכתר הבריטי, יגויסו 20,000 מלחים אירים לצי הבריטי. גרטן הוביל קו נאמן לכתר, אך, על אף היותו שייך למיעוט הפרוטסטנטי, הייתה שאיפתו הגדולה מתן שוויון זכויות לקתולים, הרוב המדוכא והמושפל של תושבי אירלנד.
ללא רפורמה מקיפה, סבר גרטן, לא תוכל עצמאותו החדשה של בית המחוקקים לבוא לידי ביטוי. על אף שהפרלמנט היה עתה עצמאי לכאורה, עדיין היה נתון להשפעה בריטית חזקה, באמצעות מתן שוחד של הממשל הבריטי לבעלי אחוזות איריים, אשר שלטו, למעשה, במחוזות הבחירה, שהיוו את "אחוזתם הפרטית". יתרה מכך, הזרוע המבצעת הייתה נתונה לשליטתם הישירה של האנגלים, ולא סרה למשמעת הפרלמנט האירי. המשנה למלך, מושל אירלנד, ו"ראש ממשלתו", היו עדיין מינויים שמינתה הממשלה בלונדון, ואחיזתם במשרתם הייתה תלויה בפוליטיקה בווסטמינסטר ולא בדבלין, כאשר בפרלמנט בלונדון לא היה כל ייצוג לאירים. מחוזות הבחירה לפרלמנט האירי היו לעיתים מחוזות קטנים בשליטתם של יחידים שסרו למרות הבריטים, ושאת ציותם ניתן היה לקנות באמצעות מתן תארים וקצבות. והחמור ביותר, שני שלישים מן האוכלוסייה, הקתולים, היו מנועים על פי החוקים הקיימים מלהיבחר לפרלמנט.
בשנת 1785 תמך גרטן בצעדיו של ראש הממשלה האנגלי ויליאם פיט הבן שנועדו לשפר את הסחר עם אירלנד, ולתקופה מסוימת היה מתומכי הממשלה הבריטית, אך ככל שהזמן חלף ופיט לא סייע בידו לבצע את הרפורמה הדרושה במבנה הפרלמנט האירי, נסחף גרטן לאופוזיציה לממשלה הבריטית.
גרטן לא האמין במתן זכות בחירה כללית, ורצה לשמור את הכוח החקיקתי בידי מיעוט בעלי הרכוש, שכן האמין כי על אף שעל אירלנד להישלט בידי האירים, הדמוקרטיה בצורתה הטהורה עלולה להוביל לאנרכיה. הצעותיו של גרטן לרפורמה מתונה נדחו על ידי הפרלמנט, אשר החל להיות מושפע מן המהפכה הצרפתית וממלחמת העצמאות של ארצות הברית ודחף להצעות קיצוניות. הבעיה הקתולית הייתה הבעיה הדחופה ביותר על סדר היום. גוף חדש, אשר הוקם בשנת 1791 על ידי הלאומן וולף טון, בשם אגודת "האירים החופשים" החל במסע תעמולה כנגד גרטן. הגוף הושפע מאוד מן המהפכה הצרפתית ועקרונותיה, ותמך ברפובליקהדמוקרטית, ובהפרדה מידית מאנגליה שניתן להשיגה אף באמצעים אלימים. באלסטר החלו הפרוטסטנטים לייסד אגודה משלהם, "אגודת אוראנז'", על שמו של "המלך ביל", הוא ויליאם השלישי שזכה עתה למעמד אגדי בעיני הפרוטסטנטים. לעומתם, הפרסביטריאנים ראו את ההזדמנות לעצמאות, וחלקם רצו לעשות אגודה אחת עם הקתולים בדרום.
בשנת 1793 הכריזה צרפת מלחמה על אנגליה. היו אלו ימי הדירקטוריון, ימי הדמדומים של המהפכה הצרפתית. עתה נשאו "האירים המאוחדים" את עיניהם לפריז. סבורים היו שפלישה צרפתית תקדם את מטרת העצמאות האירית. עד מהרה מצא עצמו וולף טון בפריז, כשהוא לבוש בבגדי גנרל צרפתי, ומפקד על כוח המתאמן לקראת הפלישה לאירלנד.
בשנת 1794 בעצה אחת עם המושל הכללי החדש, לורד פיצויליאם, הציע גרטן לפרלמנט הצעה לאמנציפציה של הקתולים, שפירושה הסרת האיסורים הפליליים על הפולחן הקתולי, ומתן שוויון זכויות אזרחי מלא. הוסכם כי החוק יקבל את הסכמת הממשלה הבריטית. כפי הנראה הייתה אי הבנה בין הגורמים השונים המעורבים במשא ומתן העדין, החוק לא הובא בפני הפרלמנט, ופיצויליאם הוחזר ללונדון. האירוע גרם לאכזבה כללית באירלנד. במרירות הכללית שהתהוותה ניסה גרטן לפעול במתינות ובשיתוף פעולה עם הממשלה הבריטית, אך נראה כי ממשלה זו הייתה נחושה להתעלם מדרישותיהם של האירים הקתולים. הארץ הלכה והידרדרה לקראת מרידה נוספת.
פלישתו של טון, בראשות ארמדה של 43 ספינות צרפתיות, וארבעה עשר אלף לוחמים יצאה לדרכה בשנת 1796, אך נתקלה במזג אוויר סוער. רק סירה אחת הגיעה אל החוף במפרץ בנטרי, והלוחמים שהיו עליה נעצרו על ידי האזרחים שיצאו מן הכנסייה והזעיקו את הצבא באמצעות פעמוני הכנסייה.
לא הייתה זו העת למתינות. גרטן איבד את הרוב שהיה לו בפרלמנט, ועתה היה ללא כל השפעה. הוא פרש מן הפרלמנט במאי 1797, ובמכתב לתושבי דבלין חרג ממתינותו והתקיף את הממשלה הבריטית במילים חריפות.
בעת ההיא, בשנת 1798 אנשים בעלי אמונות שונות היו מוכנים להתאחד למען מטרה משותפת. כך, הפרסבטריאנים (כת פרוטסטנטית) מן הצפון והקתולים, התאחדו לצורך המרד האירי של 1798. מרידה זו דוכאה ללא רחמים. האיכרים הקתולים העניים בצפון נלחמו כשקלשונים בידיהם, אל מול הצבא האנגלי המאורגן. הם ציפו לסיוע צרפתי, אך זה הגיע מעט מדי ומאוחר מדי. פיצג'רלד עצמו נהרג, וולף טון נעצר, ולאחר שנשפט למוות שיסף את גרונו שלו באולר ומת בייסורים לאחר כמה ימים.
לאחר מרידת 1798 עלה מחדש נושא איחוד הפרלמנט האירי והפרלמנט האנגלי על ידי ממשלת ויליאם פיט בלונדון. גרטן הודיע מדבלין על התנגדותו החריפה לאיחוד.
בשלב זה עמדה בריטניה בפני סכנה חריפה מבחוץ. הייתה זו תחילתה של תקופת נפוליאון ונראה כי שאיפות ההתפשטות הצרפתיות, והנטיות המהפכניות שנשבו משם מסכנות את עצם קיום האימפריה הבריטית. המצב בו פרלמנט אירי עוין פעיל בעורפה של האימפריה, באירלנד, נראה מסוכן יותר מאי פעם. חוקתו של גרטן משנת 1782 נראתה בלתי בטוחה ומסוכנת לאינטרס של אנגליה. מרידת 1798 סיכלה את הפיוס שהתהווה והלך בין הפרוטסטנטים והקתולים באירלנד, ושאיפות לאומיות פרוטסטנטיות החלו מרימות את ראשן. אירוני הוא הדבר, לאור ההיסטוריה של האי לאחר מכן, כי היו אלו הפרוטסטנטים שהתנגדו להצעת האיחוד. הקתולים האמינו כי אם תתקבל הצעת האיחוד, יעביר פיט את חוק האמנציפציה הקתולית בפרלמנט בווסטמינסטר, וכך תיפתר בעייתם באופן שבו לא הצליחה להיפתר בימי העצמאות של הפרלמנט האירי בתקופת גרטן.
למרבה האירוניה לא הצליח פיט עצמו לשכנע את המלך האנגלי ג'ורג' השלישי שהיה בשלבים מתקדמים של מחלת נפש שערערה את שיקול דעתו, לתמוך באמנציפציה של הקתולים, וכך, למרות שנרמז לקתולים כי אם יסכימו לאיחוד יקדם הדבר את ביטול המגבלות עליהם, בפועל היה הדבר למכת מוות לשאיפותיהם.
כאשר הובאה הצעת האיחוד אל הפרלמנט האירי בשנת 1799 דחה אותה הפרלמנט. גרטן עדיין היה בפרישה, וקולו לא נשמע. רבים ראו בו אחראי לאירועי המרידה של 1798, בכך שהצעותיו לאמנציפציה של הקתולים הובילו את אלו לאי ציות ולמרידה. אך הסכנה שהייתה להסדר החקיקתי של 1782 החזירה אותו עד מהרה למעמדו הקודם, כמנהיג אהוד. אך בזמן פגרת הפרלמנט פעלה הממשלה הבריטית בקרב בעלי האדמות המושחתים, והצליחה להשיג רוב להצעת החוק. ב-15 בינואר1800 התכנס הפרלמנט האירי למושבו האחרון. באותו היום הצליח גרטן לקבל מושב בפרלמנט כנציג מחוז ויקלאו. הוא נאם למשך שעתיים, לקול תשואות הקהל מן היציע, והצליח לעכב את קבלת החוק עד ל-26 במאי1800. הפרלמנט האירי קיבל את הצעת החוק ברוב משמעותי.
לתקופה קצרה ניסה עוד פיט להביא בפני המלך את הצעות האמנציפציה לקתולים, אך משלא הצליח לקבל את הסכמת המלך, התפטר במרץ 1801. היה זה סופן של שאיפות האמנציפציה הקתוליות, עד ימי דניאל או'קונל כשלושים שנה לאחר מכן.
אירלנד הייתה עתה לחלק בלתי נפרד מ"הממלכה המאוחדת של בריטניה הגדולה ואירלנד" שהייתה מורכבת מאנגליה, סקוטלנד, ויילס ואירלנד. מאה אירים פרוטסטנטים הורשו להצטרף לבית הנבחרים בווסטמינסטר. הייתה זו תמורה דלת ערך לעומת אובדנן המוחלט של שאיפות העצמאות, ושל הניסיון להביא לאמנציפציה של הקתולים.
.svg)
