ערך זה עוסק בממצא ארכאולוגי. אם התכוונתם למועצה אזורית בשם זה, ראו מועצה אזורית מגילות ים המלח.

מגילות מדבר יהודה, המכונות גם מגילות ים המלח, המגילות הגנוזות ומגילות קומראן, הן מגילות שהתגלו במערות קומראן, מורבעת, נחל חבר (מערת האימה ומערת האיגרות), נחל צאלים ועל המצדה שבמדבר יהודה ובאתרים נוספים באזור, בעיקר בין השנים 1947–1956. גילוי המגילות נחשב לאחד הממצאים הארכאולוגיים החשובים בארץ ישראל. למגילות חשיבות היסטורית ודתית רבה, מאחר שתקופת כתיבת חלק גדול מביניהן מתוארכת למאה השנייה והראשונה לפני הספירה — והמוקדמות ביותר אף למאה השלישית לפני הספירה — כך שאלו כתבי היד העבריים, כולם כתבי קודש והרחבות לכתבי הקודש, הקדומים ביותר הכוללים עד נוסח למקרא שנמצאו, למעט שתי לוחיות ברכת כהנים המתוארכות למאה ה-6 לפני הספירה. רוב המגילות הן קלף ומקצתן פפירוס. אף שקטעים מן הכתוב במגילות ניזוקו ללא תקנה, עדיין רבים מהקטעים, ואף מגילות בשלמותן, נשמרו היטב בשל האקלים הצחיח השורר בבקעת ים המלח. רוב המגילות כתובות בעברית, כשליש מהן בארמית ויתרתן ביוונית.

בין היתר שופכות המגילות אור על חייהם של אנשי "עדת היחד" או "כת מדבר יהודה", אחת הכתות היהודיות בתקופת בית שני. רוב החוקרים מצביעים עליהם כאיסיים המוזכרים בכתבי יוסף בן מתתיהו, אך חלקם נוטים לזהות בהם את הכוהנים בני צדוק (ראו בהמשך על הפולמוס בין החוקרים באשר לזהות כותבי המגילות).

חלק מהמגילות מוצגות בהיכל הספר שבמוזיאון ישראל בירושלים, וניתן לצפות בתוכנן באתר אינטרנט ייעודי.^[2] רוב המגילות מטופלות במעבדת המגילות של רשות העתיקות וניתן לצפות בהן בספרייה המקוונת של רשות העתיקות בשיתוף חברת גוגל,^[3] ובתערוכות בחוץ לארץ מעת לעת.

מספר גילויים קודמים נקשרו אל האזור. אוריגנס, עורך ההקספלה, מספר על התחקותו אחר נוסח עברי מהימן. הוא מספר על מציאת נוסח נוסף לספר תהילים: "הנוסח הששי נמצא יחד עם ספרים אחרים עבריים ויוונים אחרים בכד חרס ליד יריחו בימי שלטונו של אנטוניוס בן סורוס".^[4] אוסביוס כתב על כך בספרו "היסטוריה כנסייתית": "(אוריגנס) רכש כתבים מקוריים באותיות עבריות שרווחו בין היהודים. כן התחקה על עקבות התרגומים האחרים של כתבי הקודש, מחוץ לשבעים, וגילה אחדים השונים מן המקובל... והעלה אותם מחדש לאור העולם לאחר שהיו גנוזים ימים רבים במקומות סתר בלתי ידועים".^[5]

ידיעה נוספת מתקופה מאוחרת יותר מתוארת במכתבו של טימותיאוס הראשון, הפטריארך של סלאוקיה (726–819 לספירה),^[4] שנכתב בשנת 815 בערך,^[6] בו הוא מספר ששמע מפי יהודים מומרים על מספר ספרים שנתגלו כעשר שנים לפני כן "בתוך מבנה חצוב בסלע ליד יריחו", ובהם ספרי תנ"ך וספרים אחרים הכתובים בעברית. היהודים המומרים סיפרו לו כיצד נתגלו הספרים: כלבו של צייד ערבי נקלע למערה ולא יצא ממנה. בעליו נכנס אליה וגילה חדר, שבסלעי קירותיו טמונים ספרים רבים. הצייד חזר לירושלים וסיפר על כך ליהודים "והללו נהרו למקום בהמוניהם ומצאו ספרי תנ"ך וספרים אחרים, הכתובים בכתב העברי". הפטריארך חקר את המומרים "על מספר רב של פסוקים המיוחסים לתנ"ך ומצוטטים בברית החדשה, אלא שאינם מצויים בנוסח המקרא, לא בהעתקים שבידי היהודים ואף לא באלה שבידי הנוצרים". לטענתו תשובתם על כך הייתה חיובית ואחד היהודים, שהיה "מלומד הבקי בספרות", אף הוסיף שמצא בספרים "למעלה ממאתיים מזמורי תהילים לדוד". הפטריארך כתב על כך למטרופוליט של דמשק, אולם לא קיבל תשובה. ידיעה זו משמשת ראיה לכך שספרים שנתגלו במערות הללו כבר בסוף המאה ה-8, הגיעו לידי יהודים באותה תקופה והשפיעו על הספרות של המאה ה-9 ואילך. ייתכן שהעותקים של "ברית דמשק" שנתגלו בגניזת קהיר מוצאם בעותקים שנמצאו בתקופה זו. ייתכן וגילוי המגילות השפיע גם על הספרות הקראית, בשל הדמיון בין המגילות לבין כמה ספרים קראיים מאותה התקופה. זמן לא רב לאחר מכתבו של טימותיאוס במאה ה-9, פירט הפרשן הקראי קירקיסאני באחד מספריו את הכיתות השונות שביהדות הקדומה וביניהן כת הנקראת "כת המערות", המכונה כך "מפני שספריהם נמצאו במערה". קרקסאני מציין שכת זו נבדלה מיתר הכיתות בכך שיש לה לוח שנה מיוחד וספריה עוסקים בין השאר גם בפירושים שונים ומוזרים על כתבי הקודש. לדעת יגאל ידין, הידיעות על הגילויים המוקדמים הללו מסבירות את העובדה שכמה מן המערות נמצאו ריקות ממגילות, אף על פי שנתגלו בהן שרידי כדים רבים.^[4]

בשנת 1883 פרסם סוחר העתיקות מוזס וילהלם שפירא כי בידיו 15 מגילות קלף קדומות שרכש מבדואים שמצאו אותן במערה בנחל ארנון. הוא תיארך את המגילות למאה השביעית לפנה"ס. המגילות כללו שלושה עותקים של גרסה שונה במקצת מזו המוכרת לנו של ספר דברים, שכללה גם את עשרת הדיברות בשינויים קלים וחסרים בה חלקים גדולים מספר דברים, בעיקר קובץ החוקים שבמרכזו של ספר דברים. גם באזורים המשותפים לשני הספרים ישנם הבדלים משמעותיים, כאשר בדרך כלל ספר דברים מוסיף שיכבה נוספת, סיפורית יותר, על מגילות שפירא. שפירא הציע למכור את המגילות למוזיאון הבריטי תמורת מיליון ליש"ט. החוקר הצרפתי שארל קלרמון גנו פרסם, לאחר בדיקה שטחית מאוד, כי המגילות מזויפות, ודעתו התקבלה על דעת החוקרים החשובים בתקופתו. העסקה נפלה, שפירא התאבד כעבור חודשים מעטים, והמגילות נמכרו במכירה פומבית ואבדו. לאור גילוי מגילות ים המלח יש חוקרים שטענו שיש יסוד להאמין כי מדובר במגילות אותנטיות. אחת הטענות שפסלו את מגילות שפירא הייתה שלא ייתכן שמגילות קלף ישתמרו במשך אלפי שנים, אולם בהמשך התברר כי בתנאי האקלים של מדבר יהודה הדבר אפשרי. גם התיאור של מגילות שפירא, עטופות בבד פישתן ומוכתמות בחומר שומני שחור דומה מאוד לתיאור מגילות קומראן.^[7]

רוב מגילות ים המלח נמצאו ב-11 מערות מוסתרות בסמוך לשרידי היישוב קומראן. בקירות חלק מהמערות חצובים מעין מדפים, מה שמחזק את ההשערה שהן שימשו ספריות-קבע לחכמי הקהילה, והוסתרו שם בזמן המרד הגדול.

את המגילות הראשונות גילה מוחמד א-דיב, רועה צאן בדואי, שזרק אבן לתוך מערה בניסיון להוציא ממנה עז שהתחבאה בה. האבן פגעה בכד חרס שנמצא במערה והכיל שלוש מגילות. המגילות נלקחו למאהלו, חלקן שימשו כחומר בערה^{[דרוש מקור]} והיתר נמכרו לאיברהים איג'חה, סוחר עתיקות מבית לחם - אולם הוא השיב את המגילות לאחר שחשד שהן נגנבו מבית כנסת. א-דיב מכר את המגילות לחליל אסקנדר שאהין, אשר ביקש לבקר באתר גילוי המגילות וגילה מגילה נוספת. המגילות נמכרו לגאורג ישעיה, כומר סורי, וזה מכרן לבישוף מאר סמואל (בין המגילות שנמכרו לו היו מגילת ישעיהו, סרך היחד, פשר חבקוק והמגילה החיצונית לבראשית). בעקבות מכירת המגילות הגיע שמען לפרופסור אלעזר ליפא סוקניק מהאוניברסיטה העברית.

בנובמבר 1947 פנה אל סוקניק מכרו, סוחר עתיקות ארמני, ובפגישתם משני עברי גדר התיל שהפרידה בין אזורים אסורים לכניסה בירושלים, הראה לו הסוחר "חתיכת עור ועליה אותיות עבריות". ב-28 בנובמבר נסעו יחד באוטובוס לבית לחם ונפגשו עם סוחר העתיקות פאידי צלאחי בעליית הגג בביתו, וזה הראה לו קטעים נוספים ואת שני הכדים הגליליים שבהם המגילות נמצאו. סוקניק רכש את קטעי המגילות בכסף שקיבל מנשיא האוניבסיטה ד"ר יהודה לייב מאגנס.^[8]

סוקניק רכש בעצמו את מגילת מלחמת בני אור בבני חושך, מגילת ההודיות והעתק נוסף של ספר ישעיהו. הוא ביקש לרכוש ממאר סמואל את המגילות שבידיו, אולם זה הראה אותן ב-21 בפברואר 1948 לד"ר ג'ון טרוור מבית הספר האמריקאי לחקר המזרח אשר צילם את המגילות והשווה את מגילת ישעיהו לפפירוס נאש. בעקבות פרוץ מלחמת העצמאות העביר הבישוף סמואל את המגילות לביירות.

בעקבות גילוי המערה הראשונה, החלו בדואים שהתגוררו באזור לחקור מערות נוספות. במערה השנייה התגלו 300 מקטעי מגילות ובהם ספר היובלים וספר בן סירא; במערה השלישית התגלתה במרץ 1952 "מגילת הנחושת" על ידי משלחת משותפת של מוזיאון רוקפלר, בית הספר האמריקאי לחקר המזרח ובית הספר הצרפתי למקרא ולארכאולוגיה^{[דרוש מקור]}; במערה הרביעית התגלו כ-90% מהמגילות הידועות - המערה הכילה 15,000 קטעי מגילות מ-500 ספרים שונים. במערות 5–10 התגלו מקטעים מועטים שחלקם בשפה היוונית; במערה ה-11 התגלו מגילת המקדש, מגילת התהילים הגדולה וקטעים נוספים.

ב-1 ביוני 1954, בזמן שהותו בארצות הברית, הובאה לתשומת לבו של יגאל ידין, בנו של אליעזר סוקניק, מודעה קטנה במדור "שונות למכירה" בעיתון הוול סטריט ג'ורנל: "ארבע מגילות ים-המלח... מתנה נפלאה למוסד חינוכי או דתי מטעם קבוצת אנשים או יחיד". ידין החל במשא ומתן ובסידורים לרכישת המגילות מידי המטרופוליט האשורי - ספר ישעיהו, פשר חבקוק, "מגילת סרך היחד" ו"מגילת למך" (המגילה החיצונית לבראשית). ב-13 בפברואר 1955 הודיע ראש הממשלה משה שרת כי מדינת ישראל רכשה את ארבע המגילות.^[9]

בעקבות הממצאים מסביבות קומראן הרחיבו הארכאולוגים את חיפושיהם באזור מדבר יהודה. במהלכם התגלו ממצאים, תעודות וקטעי מגילות לרוב. במערות מורבעת התגלו מגילות שונות, ובהן מגילות הנושאות לראשונה במפורש את שמו של "שמעון בן כוסבה נשיא ישראל".

בעקבות הגילויים של המשלחות הזרות, החלו גם משלחות ארכאולוגיות ישראליות לחקור את מערות מדבר יהודה הדרומיות שבשטחי מדינת ישראל, באופן שיטתי, והגיעו לממצאים רבים. במערה שבנחל צאלים נמצאו קטעי פפירוסים וקלף תפילין עתיק. בנחל משמר התגלה בידי פסח בר אדון מטמון כלי נחושת מן התקופה הכלקוליתית. בנחל חבר, במשלחת חיפושים של יגאל ידין בשנת 1960, נתגלו במערת האימה ממצאים ושלדים מתקופת מרד בר כוכבא, ובמערת האיגרות נחשפו בנוסף לשלדים ולרכוש רב גם הארכיון של בבתא בת שמעון ואוסף אגרות ששלח בר כוכבא באופן אישי למפקדי עין גדי מטעמו, יהונתן בן בעיה ומסבלה בן שמעון. במצדה נתגלו קטעי מגילות מהמקרא ומהספרים החיצוניים, ובהם חלקים מספרי בראשית, ויקרא, דברים, יחזקאל, תהילים, ספר בן סירא, ספר היובלים וספר שירות עולות השבת.

פרופ' אהרון בלר, נוירוכירורג מבית החולים הדסה סייע לפתיחת המגילות הגנוזות מקומראן באמצעות מכשירים ששימשו בניתוחי מוח.^[10]

בשנת 2016 נחשף פפירוס מהמאה השביעית לפני הספירה, המזכיר לראשונה את שמה של ירושלים בעברית, ואשר נשמר גם כן באחת ממערות מדבר יהודה.

בשנת 2017 התגלו במערה במצוק ההעתקים ממצאים שונים מתקופת בית שני, ביניהם פיסת עור ריקה המעידה על היותה מערת מגילות נוספת.^[11]

החל משנת 2002 הופיעו בשוק העתיקות העולמי קטעים קטנים שהוצגו כקטעים ממגילות ים המלח. 16 ממקטעים אלו נרכשו על ידי מוזיאון התנ"ך בוושינגטון אשר לאחר בדיקות מרובות של צוות מומחים בלתי תלוי קבע שכולן זיופים.^[12]

רוב המגילות נותרו במוזיאון רוקפלר בירושלים ועברו לידי מדינת ישראל במלחמת ששת הימים ב-1967. באותה שנה, הוטל על יחידה 504 לאתר מגילות נוספות ולהביאן לרשות מדינת ישראל. קציני היחידה, בראשות המפקד שמואל גורן, מפקד בסיס ירושלים רפי סיטון, סמי נחמיאס ויגאל סימון, פעלו בדרכים מתוחכמות, שבסיומן נלקחו המגילות מסוחר העתיקות בבית לחם כנדו, שהחזיק בהן למעלה מ-20 שנים.^[13]

בשנת 2010 תבעה ירדן בעלות על מגילות ים המלח. לדבריהם, המגילות נגנבו ב-1967 ממוזיאון שהיה בשטח ירדני במזרח ירושלים.^[14] בשנת 2017 תבעה הרשות הפלסטינית בעלות על מגילות ים המלח, וביקשה להכיר בהן כחלק מהמורשת הפלסטינית. לדבריהם, המגילות התגלו במערות קומראן בתקופת המנדט, וכיום שטח זה הוא חלק מהשטחים הפלסטיניים.^[15][16]

באמצעות בדיקת תיארוך פחמן^[17] וניתוח טקסטואלי של המגילות ניתן לתארך את כתיבת המגילות למאה השלישית לפני הספירה ועד המאה הראשונה לפני הספירה. המגילות הן מקטעים של כ-800 "ספרים" מתקופת הבית השני^[18].

כ-230 מהמגילות מהווים מקטעים של כל ספרי המקרא, למעט מגילת אסתר. למגילות המקראיות היה כבר בשלב זה מעמד מיוחד, וניכר שנחשבו כדברי אלוהים חיים, אולם ישנן עדויות לכך שבזמן העתקת הטקסטים לא היה קובץ אחד של יצירות הדתיות המחייב את כתיבתן בסדר מסוים או בניסוח דומה, ושהספרות המקראית הקנונית התגבשה בשלב מאוחר יותר לזמן כתיבת המגילות. בסך הכל הדמיון בין נוסחי הספרים המקראיים שבמגילות לנוסח המסורה המתוארך למאות השביעית והשמינית לספירה הוא עז, ומרשים בהתחשב בכך שבין הנוסחים ישנו פער של למעלה מאלף שנים. עם זאת, בחלק מהמגילות ניכרים הבדלים לשוניים לעומת נוסח המסורה, ואף תוספות וחוסרים של קטעים. ממצאים אלו מעידים לדעת החוקרים על החירות שחשו הסופרים שכתבו את תוכן המגילות^[18].

לצד המגילות המקראיות, מגילות ים המלח מציגות מגוון של נושאים נוספים, ביניהם ספרים חיצוניים המוכרים ממקורות נוספים, כגון ספר חנוך א', מזמורים ותפילות, ספרות אפוקליפטית, וכן כתבים כיתתיים של אנשי כת מדבר יהודה, הייחודיים להם. המכנה המשותף למגילות הוא חשיבותה העליונה של הדת^[18].

חלק מהמגילות, כמו 4Q120, נכתבו ביוונית, וכן נמצאו שלושה קטעים בארמית, שניים מהם לספר איוב.

אחד הטקסטים החשובים שנמצאו הוא הטקסט השלם של ספר ישעיהו, שהתגלה בשנת 1947. טקסט זה נותח בשנת 2021 בטכניקה חדשנית של ניתוח כתב באמצעות למידת מכונה, ועל פי מסקנות הניתוח מגילה זו נכתבה על ידי שני סופרים עיקריים, שסגנון כתיבתם דומה אולם מכיל הבדלים קטנים וחוזרים על עצמם שמוינו על ידי האלגוריתם.^[19]

טקסט מרכזי נוסף הוא מגילת הנחושת שהתגלתה בשנת 1952 ומפרטת את תוכנו של אוצר שהוחבא באדמה (אך לא את מיקומו).

סוגה מרכזית בספרות של כת מדבר יהודה היא ספרות ה"פשרים". במגילות אלה מובאים פתרונות לנבואות קדומות של ספרי המקרא המפרשים את הנאמר בהן על תקופת הכותבים, הנתפסת בעיני הכותבים כתקופת אחרית הימים. היו שאמרו שספרות הפשרים היא הפירוש למקרא הקדום ביותר שנמצא, ועם זאת, זה אינו פירוש רגיל אלא שימוש בשיטות דרשניות ואחרות כדי "לפצח" את הצופן של הנביא, לפי אמונת הכותבים. חלק משיטות אלה מזכיר את הדרש של חז"ל, אך יש גם שיטות שונות שאינן מוכרות אצלם. בין הפשרים שנמצאו: פשר חבקוק, פשר נחום, פשר ישעיהו ועוד.

פרופסור יחזקאל קוטשר הצביע על כך שמגילת ישעיהו א' (מגילת ישעיהו השלמה), אשר יש בה שינויים רבים מנוסח המסורה, אינה נוסח עתיק יותר (על אף שנוסח המסורה התקבע רק סביב המאה השמינית), אלא להפך - נוסח "עממי" יותר של דברי הנביא, שנועד לשימוש הציבור הרחב, שהתרחק בינתיים מלשון הנביא. קוטשר מסתמך בקביעתו על ההידלדלות במספר המילים היחידאיות, כתיבה בכתיב מלא, ושימוש נרחב בצורות ארמיות כתופעות המאפיינות כתבים עממיים מאוחרים לעומת הכתבים המקוריים. אפשר לראות זאת גם בהשוואה לנוסח מגילת ישעיהו ב', הזהה בעיקרה לנוסח המסורה. סברה זו עומדת בניגוד לתפיסה של חוקרים אחרים כי נוסח המסורה נקבע בידי רבי עקיבא או אחרים בתקופתו. ההזדקקות לנוסח עממי נבעה מכך שעם הארץ בתקופה המדוברת איבד את היכולת לקרוא בעברית מקראית לאחר שכבר חדלו לדבר בה.

המגילות שימשו לחוקרים נוצרים מקור לתובנה לגבי שיטות הפצת הנצרות לאחר מותו של ישוע. אמנם ישוע אינו מוזכר בטקסטים, אך כפי שציין חוקר אוניברסיטת פלורידה אריק לארסון, המגילות "עזרו לנו להבין טוב יותר באילו דרכים המסרים של ישו ייצגו רעיונות שהיו עדכניים ביהדות תקופתו ובאילו דרכים הם היו ייחודיים". מגילה אחת (4Q246), למשל, מזכירה דמות משיחית המכונה "בנו של אל" ו"בן עליון". תאולוגים רבים העלו השערה כי הביטוי "בן אלוהים" אומץ על ידי נוצרים קדומים לאחר צליבתו של ישו, אולם הופעת הביטוי במגילות מעידה על כך שהמונח כבר היה בשימוש כאשר ישוע הטיף את בשורתו.^[20]

בעוד זהותם של כותבי המגילות שנמצאו במערות מורבעת, מערת האיגרות ואתרים נוספים היא ברורה ושייכת בעיקרה לתקופת מרד בר כוכבא, זהות כותבי המגילות שנמצאו במערות קומראן שנויה במחלוקת. השיטה המרכזית במחקר מזהה את המגילות עם אתר קומראן הסמוך, ורואה בהן את מפעלם של יושבי האתר, בעוד יש חוקרים שטענו כי המגילות הוטמנו במערות לשמירה או הובאו על ידי פליטים, בדומה למערות המפלט של מרד בר כוכבא, ומוצאם העיקרי הוא מירושלים.

עד שנות ה-90 של המאה ה-20 הדעה המקובלת הייתה שהמגילות נכתבו בידי אנשי כת האיסיים שהתגוררו באזור קומראן, והחביאו את המגילות במערות הקרובות לקומראן בזמן המרד הגדול. הראשון שהציג השערה זו, עם הפרסום הראשון של המגילות, היה סוקניק, שזמן קצר לאחר קריאת קטעי המגילות הראשונים שכללו מספר פסקאות ממגילת סרך היחד, ראה בהם דמיון לתיאורי יוסף בן מתתיהו.^[21] תמכו בדעתו בין השאר האב רולאן דה וו, כומר דומיניקני שהיה אחראי על הצוות הראשון של חוקרי המגילות, והאפיגרפים ז'וזף מיליק ופרנק מור קרוס, דוד פלוסר, ואחרים. תאוריה זו נתמכת בכמה טענות:

• קיים דמיון רב בין תיאור טקסי החניכה לחברים חדשים בקהילה בסרך היחד, ובין התיאור של יוסף בן מתתיהו לטקסי חניכה של האיסיים.
• בן מתתיהו מציין כי לאיסיים היה רכוש משותף, וגם סרך היחד מדבר על כך (אמנם, ישנם הבדלים בנושא זה בין המגילות לבין התיאור של בן מתתיהו).
• בחפירות בקומראן נמצאו שתי קסתות דיו, ומתחם במכלול המבנים הקומראני זוהה כחדר כתיבת ספרים.
• פליניוס (גאוגרף רומי שכתב לאחר כישלון המרד) מתאר קבוצה של איסיים שחיה בקהילה במדבר ליד עין גדי. יש הרואים בכך תמיכה לטענה שח'רבת קומראן אכן הייתה יישוב איסיי.
• מחקרים המוכיחים כי הדיו שבה השתמשו לכתיבת חלק מהמגילות מכיל מים בעלי רמת מליחות והרכב מינרלי הדומה למי ים המלח.

אך ישנן גם ראיות הסותרות השערה זו: ח'רבת קומראן היא יישוב קטן, בו לא יכלו להתגורר יותר מ-150 איש בזמן נתון. מאחר שעל פי כתבי היד במגילות זוהו כמה מאות סופרים שונים, אין האוכלוסייה האפשרית גדולה דיה כדי להסביר את מגוון הסגנונות בכתבי היד. בקומראן קבורים גם נשים וילדים, ונמצאו בה עדויות לרמת חיים גבוהה - בסתירה לתיאוריו של יוסף בן מתתיהו.^[22] בנוסף, קשה לקשור באופן ברור בין תיאורו של פליניוס לבין קומראן; התיאורים של בן מתתיהו אינם מתאימים לחלוטין למתואר בסרך היחד; אין עדות בכתבים יהודיים על קיומם של האיסיים. בשל בעיות אלה, יש הטוענים כי כותבי המגילות לא היו האיסיים שמתאר בן מתתיהו, אלא קבוצה אחרת קדומה שהאיסיים התפצלו מהם.

לפי תאוריה אחרת, המגילות נכתבו בידי כוהנים צדוקיים. תאוריה זו מסתמכת על מגילת מקצת מעשי התורה, בה מפורטים חוקי טומאה וטהרה הזהים בהשקפותיהם לאלה של הצדוקים. במגילה זו אף מופיע לוח שנה הקובע את מועדי החגים בהתאם להשקפות הצדוקים. בשנת 1951 פרסם חוקר הלשונות השמיות משה גושן-גוטשטיין את דעתו כי אין שום הוכחות לקשר בין האיסיים לבין המגילות, וכי למגילות זיקה הדוקה לכהנים בני צדוק.

גם חוקר לשון המקרא חיים רבין גרס כי אין לראות במגילות שיוך איסיי, אך הוא טען כי המגילות מעידות על קרבה לפרושים,^[23] בעקבות תיאור דרכי קבלת חברים חדשים.^[24]

בשנת 1963 הציע פרופסור קרל היינריך רנגסטורף מאוניברסיטת מינסטר שבגרמניה תאוריה ולפיה המגילות הן חלק מספריית בית המקדש השני בירושלים. חוקרים אחרים באותה עת דחו את התאוריה, אולם בשנות ה-80 של המאה ה-20 הציגו חוקרים אחרים (ביניהם נורמן גולב, יזהר הירשפלד, יצחק מגן, יובל פלג ורחל אליאור) ראיות חדשות התומכות בתאוריה זו. הראיות של גולב ואחרים לתאוריה זאת הן:

1. מגילת הנחושת שנמצאה במערה 3, כוללת רשימה של אוצרות. החוקרים טוענים שמגילה זו יכלה להיכתב רק בירושלים, בשל אופי המקומות והאוצרות הרשומים בה.
2. במגילות יש מגוון רב של רעיונות סותרים, מה שמראה שהן נכתבו בידי קבוצות שונות.
3. מלבד מגילת הנחושת אין כל מסמכים היסטוריים או מכתבים בין המגילות, אלא רק העתקי סופרים של טקסטים דתיים שונים, דבר המעיד על כך שמדובר בשאריות מספריות, ושהן לא נכתבו קרוב למקום שנמצאו בו.

גולב טוען כי מגוון כזה של מגילות יכול היה להגיע רק מהמרכז האינטלקטואלי והדתי הראשי בתקופה זו - ירושלים, וכי מדובר בהעתקים שהוחבאו כהכנה למרד הגדול או במהלכו. הוא דוחה את דעותיו של רנגסטורף, שכן לדעתו גיוון רב של דעות, כפי שרואים במגילות, לא יכול היה להגיע כולו מהמקדש. הירשפלד טוען כי קומראן הייתה אחוזה של עשיר ירושלמי. גולב עצמו טוען שהמקום היה מבצר צבאי, חלק משורה של מבצרים שהגנו על ירושלים. לפי גולב, לאחר נפילת הגליל במהלך המרד הגדול, אזרחי ירושלים ידעו שכיבוש עירם היה בלתי נמנע, לכן הם אספו טקסטים מספריות ואוספים אישיים והסתירו אותם ברחבי מדבר יהודה, כולל במערות הסמוכות לים המלח. אם זה המקרה, ככל הנראה קומראן היה אתר חילוני ולא דתי, והמגילות משקפות לא רק את השקפותיהם של אנשי כת בודדת, אלא מגוון רחב של דעות יהודיות.^[20]

לפי סברה של החוקרים האמריקנים מייקל באיג'נט וריצ'רד לי, המגילות שנכתבו בידי הנוצרים הראשונים.

הנזיר הישועי הספרדי גוזה אוקלהאן טען שקטע מגילה המסומן 7Q5 הוא פסקה מהבשורה על פי מרקוס מתוך הברית החדשה. אם עובדה זו תוכח כנכונה, מדובר בטקסט הקדום ביותר של הברית החדשה שהתגלה, והוא נכתב כנראה בין השנים 30 עד 60 לספירה. קטע זה, הכתוב ביוונית, הוא זעיר ומקוטע (המילה היחידה המופיעה בשלמותה היא המילה היוונית "קאי" שמשמעה ו' החיבור), ועל כן קשה להבין את הכתוב בו. כמו כן, רוב החוקרים מאחרים את חיבור הבשורה על פי מרקוס לתקופת חורבן הבית, מה שמקשה עוד יותר על סבירותה של השערה זו.

(רשימה חלקית)

• ספר היובלים
• ספר טוביה
• צוואות השבטים (מקור ארמי)
• ספר חנוך החבשי (מקור ארמי)
• ספר בן סירא

• מגילת ישעיהו א'
• מגילת ישעיהו ב'
• ספר ברית דמשק
• צוואת לוי

החוקרת רחל אליאור מחלקת את המגילות על פי נושא המגילה:

• ספרות מקראית. כאמור לעיל, נמצאו קטעים מכל ספרי התנ"ך, פרט למגילת אסתר. המגילות מתוארכות לתקופה שבין המאה השלישית לפנה"ס ועד 70 לפנה"ס. רוב המגילות קרובות בנוסחיהן לנוסח המסורה, אם כי ישנם שינויים רבים. נראה כי המגילות הן משלבים שקדמו להתקבעות נוסח המסורה.
• מגילות פסאודו-מקראיות השונות מנוסח המסורה. בין מגילות אלו ניתן למצוא את המגילות החיצוניות לבראשית, אפוקריפון יהושע, מזמורי תהילים, מגילת המזמורים, ועוד.
• מגילות ובהן סיפורים המרחיבים את המקרא. במגילות אלו מופיעות דמויות הידועות לנו מן המקרא, המשולבות בסיפורים ובמסורות שלא נודעו עד לגילוי. בין דמויות אלו - לוי, חנוך בן ירד, למך, מתושלח, נח, עמרם, קהת, פנחס ובניו, ועוד. המשותף לרבים מקטעים אלו הוא הפירוט הניתן לשרשרת הכהונה העוברת מחנוך בן ירד, דרך האבות, ועד לכהנים בני צדוק.
• מגילות ליטורגיות ומיסטיות. מגילות אלו מתארות את עבודת הכוהנים כנציגי המלאכים שבשמיים. בין מגילות אלו כוללת אליאור את מגילת ההודיות, מגילות המזמורים, עולת השבת, מגילת הברכות, וכן שירים מתוך מגילות אחרות.
• מגילות פולמוסיות. כאן ניתן למצוא את סרך היחד, סרך המלחמה, מגילת המלחמה, רוב ספרות הפשרים, ועוד.

מסקנתה של אליאור מתוך ניתוח החלוקה לעיל היא שכותבי המגילות התעניינו בשלושה נושאים עיקריים:

• המקום המקודש - מבנהו, תבניתו הארצית והשמיימית, המרכבה וגן העדן, ועוד. מקום מיוחד יוחס לירושלים ולמקדש על הר ציון שתואר כשוכן מול גן עדן. לירושלים ולהר ציון או ציון הוקדשו המנוני תהילה נשגבים במגילות כמקום שבו בחר ה' לשכון וכמקום המקדש מול גן עדן. על נושאים אלו ניתן לקרוא בעיקר מתוך מגילת תהילים מקומראן מהמערה ה-11; מגילת המקדש, שירות עולת השבת, סרך הברכות, ספר היובלים, ספר חנוך-א, אפוקריפון יהושע, פסידו-יחזקאל, ועוד.
• הזמן המקודש - הוא לוח השנה השמשי בן 364 הימים ו-52 השבתות/שבועות, שראשיתו בחודש האביב, שכל תאריכיו קבועים מראש, הוא הלוח שעמד בבסיס עבודת הכהנים במקדש. על הלוח ניתן ללמוד בפירוט מספר מהלך המאורות, מספר היובלים פרקים ד-ו, ממגילות משמרות הכהונה, ממגילת המקדש, מסיפור המבול ומהקדמת מגילת מקצת מעשי תורה, ועוד.
• הזיכרון המקודש - הקשור בהשתלשלות מסורת הכהונה - כותבי המגילות פירטו במגילות רבות את מסורת הכהונה העוברת מחנוך בן ירד ומלכיצדק 'כהן לעולם', דרך האבות אל לוי בן יעקב, סבו של אהרון הכהן, אביהם של כל הכהנים בני צדוק, שושלת הכהונה הגדולה, וכ"ד משמרות הכהונה, ועד ל"מורה הצדק" או "כהן הצדק", שהם ראו כממשיך המסורת.

ערך מורחב – לוח השנה במגילות קומראן

חברי "עדת היחד" השתמשו בלוח שנה משלהם - שתיאם בין מחזור השבוע למחזור השמש והתעלם ממחזור הירח.^[25] בלוח זה, השנה כללה 364 ימים (מספר המתחלק ב-7), ולפיכך החלה תמיד ביום רביעי ולכל חג היה יום קבוע בשבוע. השנה החדשה החלה באחד בניסן, שאמור היה לחול תמיד בתחילת האביב, קרוב למועד שוויון היום והלילה, אבל השיטה האסטרונומית בספר מהלך המאורות אינה מדויקת וקצרה ביום ורבע מהשנה הטרופית. כנראה לא היו מעברים את השנה כי תלו את הפער בחטאי בני האדם שעיוותו את הזמן האלוהי.^[26][27] חלק מהמועדים של לוח האיסיים חלו בהפרשים של שבעה שבועות (ספירת העומר) ובהם כמה שאינם נוהגים בזמננו: מועד ביכורי התירוש ומועד ביכורי היצהר. מועדי הלוח מתוארים בפירוט רב בספר היובלים ובמגילת המקדש.

לפורטל ארכאולוגיה של המזרח הקרוב

• ביקורת נוסח המקרא
• גניזת קהיר
• לוחיות ברכת כהנים
• מורה הצדק

פרסומים של המגילות

• אלישע קימרון, מגילות מדבר יהודה: החיבורים העבריים, סדרת "בין מקרא למשנה", הוצאת יד יצחק בן-צבי, תש"ע 2010. (xlv + 267 עמודים) ISBN 9789652173058
• בלהה ניצן, הגות ומעשה במגילות קומראן, תאולוגיה, חכמה, חוק ופרשנות המקרא, הוצאת יד בן צבי, 2014

מחקרים

• חנן אשל, מגילות קומראן והמדינה החשמונאית, יד בן-צבי, תשס"ד מסת"ב 9789652172310
• גרשון ברין, סוגיות במקרא ובמגילות, חלק שלישי: מגילות ים המלח ויחסן למקרא, אוניברסיטת תל אביב, הוצאת הקיבוץ המאוחד, תשנ"ד
• יגאל ידין, המגילות הגנוזות ממדבר יהודה, הוצאת שוקן, תשי"ח
  • מגן ברושי, גילוין של מגילות מדבר יהודה וזיהוי בעליהן, באתר הספרייה הווירטואלית של מטח (מאמר נבחר)
  • עמנואל טוב, המגילות המקראיות ממדבר יהודה, באתר הספרייה הווירטואלית של מטח (מאמר נבחר)
• לאה מזור (עורכת), על מגילת ספר: מאמרים על מגילות מדבר יהודה, הוצאת מאגנס, 1997
• מנחם זהרי, גניזה וספר – פרקי עיון במגילות מדבר יהודה, ארבעה מאמרים, הוצאת כרמל, 2000
• גרשון ברין, בלהה ניצן (עורכים), יובל לחקר מגילות ים המלח, שמונה-עשר מחקרים, הוצאת יד בן צבי, 2001
• מאיר בר-אילן, '(ביקורת על) מגילות מדבר יהודה א', קתדרה, 117 (תשס"ו), עמ' 151–156
• מאיר בר-אילן, תהליך כתיבתה של מגילת הנחושת, George J. Brooke and Philip R. Davies (eds.), Copper Scroll Studies, Sheffield: Sheffield Academic Press, 2002, pp. 198-209
• דוד פלוסר, יהדות בית שני - קומראן ואפוקליפטיקה, אסופת מחקרים, הוצאת הספרים ע"ש י"ל מאגנס, 2002
• מגילות: מחקרים במגילות מדבר יהודה, שנתון בהוצאת אוניברסיטת חיפה, 2003
• מיכאל חיוטין, מגילת ירושלים מקומראן, הוצאת בבל, 2003
• רחל אליאור, זיכרון ונשייה: סודן של מגילות מדבר יהודה, מכון ון ליר והוצאת הקיבוץ המאוחד, 2009
• מגילות קומראן: מבואות ומחקרים, בעריכת מנחם קיסטר, הוצאת יד בן-צבי, 2009
• דבורה דימנט, כלים שלובים: מגילות מדבר יהודה וספרות ימי הבית השני, אסופת מחקרים, מוסד ביאליק, תש"ע 2010
• מגן ברושי, המגילות הגנוזות, קומראן והאיסיים, הוצאת יד בן צבי, 2010

מיזמי קרן ויקימדיה
טקסט בוויקיטקסט: מגילות ים המלח
תמונות ומדיה בוויקישיתוף: מגילות מדבר יהודה

• "במרחק נגיעה" – הספרייה המקוונת של מגילות מדבר יהודה ע"ש ליאון לוי, באתר רשות העתיקות
• מגילות ים המלח – המיזם הדיגיטלי, אתר היכל הספר, מוזיאון ישראל
• מידע על מגילות ים המלח בקטלוג הספרייה הלאומית
• אדולפו רויטמן, מנהל היכל הספר ואוצר המגילות, דברים לרגל פרסום המגילות באינטרנט, בתוך: ד"ר לאה מזור, על מקרא הוראה וחינוך
• "היכל הספר" מוזיאון ישראל בירושלים, מקום התצוגה של חלק מהמגילות (חיפוש באוסף)
• תצוגת ספריית הקונגרס
• שימור המגילות הגנוזות ומאמרים שונים, באתר רשות העתיקות
• יום בקומראן, תערוכה במוזיאון ישראל
• "מכון אוריון" לחקר מגילות ים המלח שעל ידי האוניברסיטה העברית
• אינדקס של המגילות שנמצאו ומידע מורחב, באתר Biblical Archaeology Review
• מגילות ים המלח, בארכיון הסרטים של British Pathé (באנגלית)
• תערוכת המגילות הגנוזות בירושלים. יומני כרמל, אפריל 1955
• נעה שפיגל, אחת משתי המגילות הגנוזות שמעולם לא פוענחו שוחזרה וסודותיה נחשפו, באתר הארץ, 21 בינואר 2018
• דור סער-מן, כת בני האור הקיצונית שמאחורי מגילות קומראן, בלוג אנו – מוזיאון העם היהודי, מאי 2018
• רן לוי, כת המגילות הגנוזות – מלחמת בני האור בבני החושך, חלק א', חלק ב', בפודקאסט "עושים היסטוריה", אוקטובר 2016
• אלישע קימרון, מגילות מדבר יהודה - החיבורים העבריים, בהוצאת יד בן-צבי, תש"ע/ 2010
• הסודות הגנוזים של מגילות ים המלח, באתר מכון דוידסון לחינוך מדעי

מאמרים:

• עמנואל טוב, המגילות המקראיות ממדבר יהודה
• רחל אליאור, על חשיבותן העצומה של מגילות מדבר יהודה, בתוך: ד"ר לאה מזור, על מקרא הוראה וחינוך
• לוחות זמנים של גילוי המגילות ומחלוקות אודות המגילות
• המגילות הגנוזות
• אתר מגילות קומראן/ים המלח - תובנות מתומצתות על מגילות קומראן
• שלמה שבא, דרמה גדולה ודרמה קטנה, באתר הספרייה הווירטואלית של מטח, מתוך: עת־מול, גיליון כ"ב 6 (134), ספטמבר 1997 (על גילוין של המגילות הגנוזות)
• יהודה שיפמן, ‏'מלחמת המגילות' – התפתחויות בחקר המגילות הגנוזות, קתדרה 61, ספטמבר 1991, עמ' 23-3
• מגן ברושי, ‏קומראן ומגילותיה – ספירת מצאי, קתדרה 100, אוגוסט 2001, עמ' 182-165
• אביטל להב, מגילות מדבר יהודה נחשפות, באתר ynet, 27 באוגוסט 2008
• יוסף יהלום, בטרם ייגנזו מגילות קומראן פעם נוספת, באתר הארץ, 28 באוגוסט 2008
• עפרי אילני, חוקרי המגילות הגנוזות: משתיקים את קול המיעוט, באתר הארץ, 11 במרץ 2009
• עדנה אולמן-מרגלית, ‏תעלומות המגילות הגנוזות, אודיסאה 4, יולי 2009
• עדנה אולמן-מרגלית, הקסם הנצחי של המגילות הגנוזות, באתר הארץ, 25 בנובמבר 2009
• אלי אשד, המגילות הגנוזות - 60 שנה, באתר e-Mago,‏ 26 בדצמבר 2007
• אלכסיי יודיצקי, פיענוח קטע של מגילה לא ידועה, באתר האקדמיה ללשון העברית, 14 באוגוסט 2017
• יהודה יפרח, ‏בעקבות המגילות האבודות, בעיתון מקור ראשון, 18 באפריל 2019
• רחל אליאור, מי כתב את מגילות מדבר יהודה
• הערות למאמר על המגילות
• פרופ' רחל אליאור, מי כתב את המגילות הגנוזות?, הרצאה מתוך סדרת "מדוע" (תשס"ח), המרכז לפיתוח קשרי אוניברסיטה-קהילה, האוניברסיטה העברית בירושלים, 27 באפריל 2008.
• פרופ' רחל אליאור, זיכרון ונשייה; מי דחק את מגילות מדבר יהודה לתהום הנשייה ומדוע?, הרצאה מתוך סדרת "מדוע" (תש"ס), המרכז לפיתוח קשרי אוניברסיטה-קהילה, האוניברסיטה העברית בירושלים, 8 במרץ 2009.
• דבורה דימנט, ‏על זכר המחקר ועל שכחתו, קתרסיס 13, אביב תש"ע 2010
• פרופ' עדנה אולמן-מרגלית, מעגלים פרשניים: המקרה של חקר קומראן ומגילות ים המלח, הרצאה מתוך סדרת "מדוע" (תש"ע), המרכז לפיתוח קשרי אוניברסיטה-קהילה, האוניברסיטה העברית בירושלים, 29 בנובמבר 2009.(כתבה)
• מגילות מדבר יהודה, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית)
• מגילות מדבר יהודה, באתר אנציקלופדיית ההיסטוריה העולמית (באנגלית)

ים המלח
מיקום	בקעת הירדן (בשטח ישראל וירדן) חלק מהבקע הסורי-אפריקני
גוף קודם	ימת הלשון
נחלים באגן הניקוז	מצפון נהר הירדן ממערב (ישראל) נחל אוג • נחל בוקק • נחל דוד • נחל דרגה • נחל הערבה • נחל זוהר • נחל חבר • נחל חימר • נחל חצצון • נחל טור • נחל יעלים • נחל מפלט • נחל משמר • נחל סלוודורה • נחל סמר • נחל ערוגות • נחל פרצים • נחל צין • נחל צאלים • נחל קדם • נחל קדרון • נחל קומראן • נחל קנה • נחל רחף ממזרח (ירדן) נחל ארנון (ואדי אל מוג'יב) • ואדי חסה • נחל זרד • ואדי זרקא-מעין • נחל חשבון • ואדי עיון מוסא
גאולוגיה	הר סדום • חבורת ים המלח • תצורת הלשון • מערת מלח"ם
מחקר מדעי	בקע ים המלח • חקר ים המלח • מרכז מדע ים המלח והערבה • הקידוח העמוק בים המלח
תעשייה	חברת אשלג ארץ-ישראלית • מפעל המלח בסדום • מפעלי ים המלח (כיל - זיכיון עד 2030) • תעשיות מלח לישראל • AHAVA
אוצרות טבע	מי ים המלח (אשלג • מגנזיום • ברום) • בוץ ים המלח
סביבה	ירידת מפלס ים המלח • בולען • החברה הממשלתית להגנות ים המלח
שמורות טבע ואתרי מורשת עולמית	עין גדי • עינות צוקים (עין פשחה) • קנה וסמר • הארמון הצפוני במצדה • נחל ארנון (ואדי אל מוג'יב) • ואדי זרקא-מעין
גנים לאומים	מצדה • עין גדי • קומראן
תיירות	חוף לידו • תיירות מרפא בים המלח • מצוקי דרגות • עין בוקק • חמי זוהר • המרכז הפנורמי בים המלח (ירדן)
פרויקטים לאומיים	קציר המלח • תעלת הימים
יהדות וארכאולוגיה	מהפכת סדום ועמורה • מלחמת ארבעת המלכים את החמישה • כיכר הירדן • מלח סדומית • איסיים • מגילות מדבר יהודה • מעגנית המלח • מצד קדרון • בית הכנסת העתיק בעין גדי • נחל זרד
שונות	מועצה אזורית מגילות ים המלח • מועצה אזורית תמר • בית ספר שדה עין גדי • בלקא • מידבא • כרכ
אירועים היסטוריים	אסון נאות הכיכר • רצח קודחי באר המים בים המלח