המלחמה המלוכלכת (בספרדית: Guerra Sucia) הוא הכינוי שניתן על ידי הכת הצבאית ששלטה בארגנטינה (ספרדית: dictadura cívico-militar de Argentina) לתקופה של טרור מדינתי שהונהג בין השנים 1974 – 1983. הטרור הופעל בעיקר בתקופת שלטונו של גנרל חורחה רפאל וידלה (שהחל ב-24 במרץ 1976), אך למעשה בעשרות השנים שקדמו לעליית השלטון הצבאי הלך ועלה המתח הפוליטי בארגנטינה, שהתבטא בהתנגשויות אלימות מימין ומשמאל, הפיכות צבאיות, פעולות גרילה, מעצרים ועוד.

במהלך המבצע הופעלו יחידות צבאיות, כוחות ביטחון וחוליות מוות מן הימין הפוליטי, שגובשו במסגרת הברית האנטי-קומוניסטית הארגנטינאית (ספ') (ספרדית: Alianza Anticomunista Argentina, בקיצור: AAA או טריפל A). כל אלה רדפו גורמי שמאל אותם תפסו כסיכון, בהם לוחמי גרילה קומוניסטים ואוהדיהם, פעילים פוליטיים, פעילי ארגוני עובדים, דיסידנטים, פעילים שנחשדו כשייכים לזרם הפרוניסטי השמאלי, פעילים שנחשדו בקשר עם ארגון הגרילה המונטונרוס, מהפכנים, סופרים, אנשי רוח וגם אנשים מן השורה שנחשדו בקשר עם השמאל, ואף תלמידי תיכון.

המלחמה המלוכלכת הייתה חלק ממבצע קונדור, שהיה מאמץ משותף של משטרים דיקטטורים בדרום אמריקה במהלך בשנות השבעים והשמונים, שנועד לרדוף ולחסל מתנגדי משטר (בעיקר מן השמאל) בצ'ילה, בברזיל, בארגנטינה, באורוגוואי, בפרגוואי ובבוליביה. המבצע התרחש בידיעתה ואף בתמיכתה של ממשלת ארצות הברית, בשל החשש מאיום הסוציאליסטי והקומוניסטי מדרום אמריקה.

על פי הערכות שונות, מספר בני האדם שנרצחו או הועלמו בתקופה זו נע בין 9,000 ל-30,000. לא ניתן לקבוע מספר מדויק של כלל הנרצחים, בשל אופיו של המשטר באותה עת.

המלחמה המלוכלכת הסתיימה ב-1983 עם נפילת המשטר הצבאי בארגנטינה וחזרת המשטר הדמוקרטי. השפעותיה של המלחמה המלוכלכת נותרו עד היום בארגנטינה, והתבטאו בשורה ארוכה של משפטים, במהלכים פוליטיים, וגם בהשפעות תרבויות ואמנותיות.

המשטר הצבאי עשה שימוש במינוח "מלחמה מלוכלכת", שממנו נגזר כי אכן מדובר במלחמה, אם כי כזו המתבצעת באמצעים "אחרים" (כולל עינויים, זריקה מכלי טיס, ואף אונס בקנה מידה נרחב). מלחמה זו הייתה הכרחית, על פי תפיסת המשטר, כדי לשמור על הסדר החברתי וכדי למגר חתרנות פוליטית. ארגוני זכויות אדם שפנו לבתי משפט הטילו ספק במינוח זה, שכן ממנו נובע שהמדובר במלחמת אזרחים ומשתמע ממינוח זה שישנה הצדקה למעשי הרצח. במהלך משפטיהם של ראשי החונטה ב-1985, הציע התובע חוליו סטרסרה (אנ') שהמינוח "מלחמה מלוכלכת" היה "לשון נקייה שנועדה להסוות פעולות של כנופיות" כאילו היו פעולות צבאיות לגיטימיות.

ערך מורחב – היסטוריה של ארגנטינה

ערכים מורחבים – חואן פרון, פרוניזם

במחצית הראשונה של המאה ה-20 נעה ארגנטינה בין ממשלים רדיקליים שנטו לשמאל לבין כוחות הביטחון הארגנטינאיים, שייצגו כוחות שמרניים. אלו הדיחו את הממשלות הקיימות בהפיכות ותפסו את השלטון. במהלך מלחמת העולם השנייה, בעת שלטונה של כת צבאית ימנית ולאומנית, החל קצין לא ידוע עד אז בשם חואן פרון לצבור כוח פוליטי. פרון נתפס כאיום פוליטי מצד יריביו בצבא ומתוך המחנה השמרני, וב-1945 אולץ להתפטר מתפקידו כשר ההגנה ואף נעצר ונכלא, אך שוחרר בלחץ תומכיו ובלחץ בעלות בריתה של ארגנטינה. בבחירות ב-1946 נבחר פרון לנשיאות ברוב גדול.

פרון, בראש מפלגתו, מפלגת הלייבור (ששמה שונה מאוחר יותר למפלגה החוסטיסיאליסטית), החל במדיניות שנטתה לשמאל הפוליטי. הוא הלאים תעשיות ושירותים אסטרטגיים, שיפר את השכר ותנאי העבודה, שילם את החוב החיצוני וטען שהצליח להביא לתעסוקה כמעט מלאה. הוא דחף את הקונגרס לחוקק זכות בחירה לנשים ב-1947 ופיתח מערכת של סיוע סוציאלי למגזרים המוחלשים ביותר בחברה.

בצד הפעילות בתחום הכלכלי והחברתי, עסק פרון גם במסע דיכוי פוליטי. כל מי שנתפס כמתנגד פוליטי או יריב פוטנציאלי היה נתון לאיומים, אלימות פיזית והטרדה. האינטליגנציה הארגנטינאית, המעמד הבינוני, סטודנטים באוניברסיטאות והפרופסורים נתפסו כבעייתיות במיוחד. פרון פיטר למעלה מ-2,000 פרופסורים באוניברסיטאות וחברי סגל מכל מוסדות החינוך הציבוריים הגדולים. פרון ניסה להביא את רוב איגודי הסחר והעובדים לשליטתו תוך הפעלת אלימות באופן מתמשך, על פי הצורך.

בבחירות הכלליות שנערכו ב-1951 נבחר פרון שוב לנשיאות, אך כוחו הפוליטי החל להישחק. אשתו השנייה, אווה פרון, שהייתה דמות נערצת ופופולרית מאד ואחת מעודי התווך של שלטונו של בעלה, נפטרה מסרטן ב-1952, ומשבר כלכלי מתמשך החליש את בסיס התמיכה של פרון. המתח בין פרון לבין הכנסייה הקתולית וצבא ארגנטינה המשיך לגאות, וב-16 ביוני 1955 החל ניסיון הפיכה כושל, במהלכו הפציצו טייסים של הצי הארגנטינאי את כיכר פלאסה די מאז'ו בבואנוס איירס שבה התקבצו באותה עת מאות בני אדם שבאו להביע את תמיכתם בפרון. במתקפה נהרגו יותר מ-300 אזרחים.

כמה חודשים לאחר מכן, ב-16 בספטמבר, התחוללה בארגנטינה הפיכה צבאית נוספת כנגד הנשיא פרון, והפעם הצליחה ההפיכה להדיח את הנשיא מתפקידו. ההפיכה, שכונתה "המהפכה המשחררת" (Revolución Libertadora), סימנה את היחס העוין של צבא ארגנטינה כלפי הפרוניזם והפוליטיקה הפופוליסטית. יחס זה נמשך בשנים הבאות והיה דומיננטי בפוליטיקה הארגנטינאית. הגנרל פדרו אאוחניו ארמבורו, אחד מהאישים הבולטים בהפיכה הצבאית, פרסם את צו 4161/56 שאסר אפילו על הזכרת שמו של פרון. גם ב-1973, כאשר נשיא ארגנטינה הגנרל אלחנדרו אגוסטין לנוסה קרא לקיום בחירות חופשיות והתיר את קיומן של מפלגות פוליטיות, נאסר על פרון להתמודד בבחירות אלה.

ב-1959 התרחשה המהפכה הקובנית. דמותו הכריזמטית של צ'ה גווארה בפרט, והמהפכה בכלל, השפיעו רבות על דרום אמריקה כולה, במיוחד על אנשים צעירים. המהפכה הקובנית התבססה על תנועה עממית שנלחמה בטקטיקות של לוחמת גרילה, והצלחתה הביאה לתודעה של קבוצות רבות ברחבי אמריקה הדרומית את דרך הלוחמה הזו, שכונתה באותה תקופה "הדרך החמושה". באמצע אותה שנה הופיע כח הגרילה הראשון בארגנטינה, האוטרונקוס (Uturuncos)(ספ'), שפעלו במחוז טוקומאן במטרה להשיב לשלטון את חואן פרון, שכאמור הודח בספטמבר 1955.

ב-14 במרץ 1960 הורה הנשיא ארתורו פרונדיסי על ביצוע תוכנית CONINTES (ראשי תיבות של Conmoción Interna del Estado, בספרדית: "תוכנית זִעזוע המדינה מבפנים"), במסגרתה הופעל הצבא לדיכוי שביתות ומחאות חברתיות ולמעצר מאות ממתנגדי השלטון. העצורים נשפטו בבתי דין צבאיים וזכויותיהם האזרחיות, המובטחות על פי החוקה, הוגבלו על ידי אותם בתי דין.

מקרה ההיעלמות המתועד הראשון הוא של פליפה וז'סה (Felipe Vallese), איש ארגון העובדים המטלורגי, שנעצר ב-26 באוגוסט 1962 ומאז נעלמו עקבותיו. עם זאת, יש הרואים בד"ר חואן אינגאלינלה את הראשון: אינגאלינלה, איש המפלגה הקומוניסטית, הדפיס עלונים נגד הטבח בפלאסה די מאז'ו ונעצר על ידי משטרת רוסאריו ב-17 ביוני 1955. מאז נעלמו עקבותיו. שנים לאחר מכן הודו קציני משטרה שרצחו את השניים. ישנם חוקרים המזכירים מקרי היעלמות עוד בשנות ה-30 של המאה ה-20.

באפריל 1964 התחוללה בברזיל הפיכה צבאית, שהעלתה לשלטון משטר דיקטטורי צבאי. ההפיכה הייתה הראשונה בסדרת מהפכות צבאיות ברחבי היבשת שהיו בתמיכת ארצות הברית ואף ביוזמתה. למרות שהשליט הצבאי הראשון, גנרל אומברטו קסטלו ברנקו ניסה לשמור על מראית עין של דמוקרטיה, יורשיו, אנשי הקו הקיצוני של הצבא, הפכו בשלהי שנות ה-60 ובשנות ה-70 את ברזיל לדיקטטורה צבאית, שבה פועלת משטרה חשאית (המכונה שירות המידע הלאומי) בשיטות של טרור ועינויים. דגם זה היה המודל לשורה של הפיכות צבאיות ביבשת, בתמיכת ארצות הברית שראתה בהן חלק מהמלחמה הקרה.

ב-28 ביוני 1966 התחוללה בארגנטינה הפיכה צבאית, שלראשונה העלתה לשלטון דיקטטורה צבאית. ההפיכה התבצעה בסיוע ארצות הברית, שראתה בה חלק מהמלחמה הקרה כנגד ברית המועצות. במהלך קיומה של הדיקטטורה הצבאית פורקו מפלגות פוליטיות קיימות והאלימות הפוליטית גאתה. הפגנות לוו ברציחות פוליטיות של פעילי שמאל שהיו ממארגני ההפגנות, ושמותיהם של הנרצחים הפכו לחלק מהסיסמאות שליוו את המחאה, תחת הסיסמה "לא יהיה משא ומתן על דם שנשפך". ברחבי המדינה פרצו מרידות עירוניות ונוצרו ארגוני גרילה, ובהם צבאות המהפכה החמושים (FAR, ‏Fuerzas Armadas Revolucionarias) (ספ'), הארגונים החמושים הפרוניסטים (FAP,‏ Fuerzas Armadas Peronistas), צבא השחרור העממי (FAR,‏ Ejército Revolucionario del Pueblo) (ספ') והמונטונרוס. ארגונים אלה ביצעו פעולות טרור והתנקשויות באישים מדרג גבוה באיגודים המקצועיים, בצבא, בעסקים ובפוליטיקה. לפעולות אלו הייתה השפעה רבה על דעת הקהל, ובמהלכן - בין 1971 ל-1972 - נרצחו 95 שוטרים וחיילים. במקביל, באותן שנים אירעה ההיעלמות הראשונה, שבה נחטפו זוג פעילים של ה-FAR. גופתו של הגבר נמצאה באותו יום ואילו זו של חברתו לא נמצאה. ב-22 באוגוסט 1972 הוצאו להורג בסתר כמה אנשי גרילה שהיו במעצר. מעשה זה נחשב לאקט הברור הראשון של טרור מדינתי בארגנטינה.

המאבק החברתי לפעילות ארגוני הגרילה הכריחו את השלטון הצבאי לקיים בחירות כלליות ב-1973. נאסר על פרון להתמודד בבחירות אך הוא תמרן את הפוליטיקה הפנימית כך שהנשיא שנבחר, הקטור חוסה קמפורה, יהיה אחד מאנשיו, והיה ברור שקמפורה נבחר רק כדי להכין את הקרקע לשובו של פרון מגלותו. אחד מהצעדים הראשונים שעשתה הממשלה החדשה, לאחר שהושבעה ב-25 במאי 1973, היה הכרזה על תוספת חירום למשכורות וחנינה לכ-600 אסירים פוליטיים, מהלך שהושלם למחרת בחנינה כללית שניתנה על ידי הקונגרס הלאומי הארגנטינאי, בשם הפיוס הלאומי. עם זאת, בחודשים הראשונים לנשיאותו של קמפורה (מאי עד יוני 1973) אירעו במדינה כ-600 עימותים על רקע חברתי, שביתות והשתלטות על מפעלים על ידי הפועלים.

ב-20 ביוני 1973 שב פרון מגלותו, לאחר כשני עשורים. הוא מצא עם שובו מדינה שהייתה שקועה באי סדר כלכלי, חברתי ופוליטי. כאשר נחת פרון בנמל התעופה בבואנוס איירס התקבץ קהל גדול כדי לקבל את פניו. הפרוניזם כלל בתוכו סיעות שמאל וימין, והמתח ביניהן הלך וגדל. במהלך קבלת הפנים החל קרב של ממש בין הסיעות השונות, וצלפים פתחו באש על תומכיו של פרון מן השמאל. האירוע שהתפתח נקרא טבח אזייזה ובמהלכו נרצחו לפחות 13 איש ונפצעו לפחות 365. הירי הביא לקרע בתוך התנועה הפרוניסטית בין שמאל לימין. ראשי האיגודים המקצועיים וחוסה לופז רגה, מקורבו של פרון, פתחו במערכה אלימה כנגד האגף השמאלי במפלגה, בתמיכתו השקטה של פרון עצמו. ביולי 1973 התפטרו הנשיא קמפורה וסגנו ויסנטה סולנו לימה(ספ') והדרך לבחירה מחדש לנשיאות נפתחה בפני פרון. ב-23 בספטמבר התקיימו הבחירות, בהן זכה פרון ל-62% מקולות הבוחרים. הוא שב לנשיאות עם קואליציה נרחבת שכללה ארגוני עובדים, שהיו במרכז המפה הפוליטית וארגונים פשיסטיים בימין. ארגון הגרילה ERP הודיע שימשיך להיות פעיל צבאית, לעומת המונטונרוס שהודיעו על השעיית פעילותם הצבאית.

במקביל לחזרתו של פרון עלתה לשלטון באורוגוואי דיקטטורה צבאית-אזרחית, ששלטה במדינה עד 1985. ב-11 בספטמבר באותה שנה אירעה הפיכה צבאית עקובה מדם בצ'ילה, שהעלתה לשלטון את גנרל אוגוסטו פינושה, שלטון שנמשך עד 1990. לאחר הפיכה זו נותרה ארגנטינה המדינה היחידה בחרוט הדרומי - חלקה הדרומי של דרום אמריקה - שבה התקיימו מוסדות דמוקרטיים.

באוקטובר 1973 החלה לפעול קבוצה משטרתית למחצה, שנודעה בשם הברית האנטי-קומוניסטית הארגנטינאית (ספרדית: Alianza Anticomunista Argentina, בקיצור: AAA, או טריפל A). קבוצה זו רצחה מיליטנטים שמאליים, פרוניסטים ולא פרוניסטים. הקבוצה מונה על ידי הממשלה ובראשה עמד השר לרווחה חברתית, חוזה לופז רגה (José López Rega). בשנתיים הבאות רצחו אנשי הקבוצה 683 בני אדם. חוקרים חלוקים בשאלה עד כמה ידע פרון על פעילות הקבוצה.

פרון הוקיע "אידיאליסטים מזוקנים ולא בוגרים", ברמזו לאנשי השמאל. טבח אזייזה והתבטאויות מעין אלה הביאו את פרון לתמוך בסיעה הפרוניסטית הימנית, בביורוקרטיה של איגודי העובדים ובסיעות מרכז. כמה מושלים פרוניסטים שהיו שייכים לשמאל פוטרו, ובהם ריקרדו אוברגון קאנו(ספ'), שהודח בפוטש משטרתי בפברואר 1974. פרון גיבה את הפוטש מאוחר יותר. על פי היסטוריונים, בכך הניע הימין הפרוניסטי את התערבותם של כוחות הביטחון בפתרון בעיות פנימיות של הפרוניזם.

ב-19 בינואר 1974 תקפה יחידה מהפלג הטרוצקיסטי של הצבא המהפכני העממי, תנועת מחתרת שהייתה הזרוע הצבאית של מפלגת הפועלים המהפכנית, את חיל המצב באזול, כ-300 ק"מ מדרום לבואנוס איירס. זו הייתה ההתקפה החריפה ביותר עד אז על הצבא, והנשיא פרון הגיב עליה בקשיחות. ההתקפה גרמה לפרון להישען עוד יותר על הפלג הימני במפלגה החוסטיסיאליסטית, מפלגת השלטון הפרוניסטית. גופים משטרתיים מחצה מן הימין הקיצוני, שהיו קשורים לטריפל A המשיכו במעשי רצח של ראשי איגודים ואישים בכירים בשמאל.

קבוצה של לוחמי גרילה צעירים, מיחידה שנקראה שנקרא קומפנייה דל מונטה רמון רוזה חימנז של ה-ERP — שמרכז הפעולות שלה היה במחוז טוקומאן, בפיקודו של הוגו איררזון שכונה "קפטן סנטיאגו", פחה ב-9 באוגוסט בהתקפה על רגימנט חיל הרגלים המוטס ה-17 של הצבא הארגנטינאי בסן פרננדו דל וז'ה דה קטמרקה, בירת הפרובינציה קטמרקה. במקביל, קבוצה אחרת התכוננה להשתלט על מפעל הנשק בוויז'ה מריה בפרובינציית קורדובה. 16 לוחמי גרילה שהשתייכו לקבוצת התקיפה הראשונה נלכדו במהלך התקיפה והוצאו להורג לאחריה, בטבח שכונה "טבח קפלת רוזריו" (Masacre de Capilla del Rosario). כתגובה לטבח הודיע ארגון ה-ERP כי יהרוג 16 קציני צבא כנקמה. עד 10 בדצמבר נרצחו 10 קצינים נרצחו אך אז החליט הארגון להפסיק את המערכה עקב מותה של בתו בת השלוש של קפטן הומברטו ויולה, שנקלעה לירי במהלך רצח אביה, בעיר סן מיגל דה טוקומאן.

חואן פרון נפטר ב-1 ביולי 1974. את מקומו תפסה סגניתו ואשתו השלישית, איסבל פרון. היא שלטה בארגנטינה עד מרץ 1976, אז הודחה בהפיכה צבאית. שנות שלטונה התאפיינו במספר רב של התנקשויות פוליטיות: הוועדה הלאומית על היעלמותם של אנשים (ספרדית: Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas, בראשית תיבות: CONADEP) (ספ') מנתה 19 התנקשויות ב-1973, 50 ב-1974 ו-375 ב-1975, ובסך הכל 458 התנקשויות, שבוצעו על ידי קבוצות פארא-צבאיות, רובן חלק ממה שנקרא טריפל A בפיקודו של חוסה לופס רגה. האירוע החשוב ביותר בתחום זה, שהיה במהלך שלטונה של פרון, היה "מבצע העצמאות" (Operativo Independencia) (ספ') שאושר על ידי הנשיאה בהסכמת כל שרי הממשלה. הצו הנשיאותי הורה לצבא להתערב ו"להכחיד את פעולותיהם של גורמים חתרניים הפועלים במחוז טוקומאן". הדגש על מחוז טוקומאן היה בשל השליטה שהשיג בו ארגון ה-ERP; מריו סנטוצ'ו, מנהיג הארגון, הכריז על המחוז כ"שטח משוחרר" וביקש תמיכה והכרה בכך מהמדינות הסוציאליסטיות. העימותים ופעולות הדיכוי במחוז זה הביאו למותם של חיילים ולוחמי גרילה, כמו גם של אזרחים שאינם לוחמים. בהמשך - באוקטובר 1975 - הורחב הצו לכל רחבי המדינה. ב-28 באוקטובר קבע המפקד הכללי של הצבא, על פי צו המאבק בחתרנות, את חלוקת המדינה לחמישה אזורים צבאיים, שחולקו לתת-אזורים.

הדיכוי הופעל גם כנגד מנהיגי איגודים מקצועיים, והחל עוד ב-1973. שורה של מנהיגי איגודים נרצחו במהלך השנה וההתנקשויות באנשי האיגודים המקצועיים, בעורכי דין ועוד נמשכו והתגברו בשנים 1974 ו-1975. האיגודים המקצועיים המיליטנטיים ביותר נסגרו ומנהיגיהם נעצרו. באוגוסט 1974 נטלה ממשלתה של איזבל פרון את זכויות הייצוג האיגוד המקצועי של הפדרציה גרפיקה בונארנסה, שהמזכ"ל שלה נעצר באוקטובר 1974; במהלך אוגוסט 1974 נסגר האיגוד המקצועי SMATA קורדובה, שהיה בסכסוך עם חברת איקה רנו (IKA-Renault Motor Company), על ידי הדירקטוריון הלאומי של האיגודים המקצועיים ורוב מנהיגיו ופעיליו נעצרו. רובם נרצחו במהלך השנים 1976 – 1983. אטיליו לופז, המזכיר הכללי של ה-CGT‏ (Confederación General del Trabajo, הקונפדרציה הכללית של העובדים, ארגון גג של איגודי עובדים) של קורדובה וסגן מושל המחוז לשעבר, נרצח בבואנוס איירס ב-16 בספטמבר 1974.

במרץ 1974 נפגשו נציגי כוחות המשטרה של צ'ילה, אורוגוואי ובוליביה עם אלברטו ויז'אר, סגן מפקד המשטרה הפדרלית בארגנטינה ואחד ממקימי חוליית המוות טריפל A, כדי לגבש הנחיות לשיתוף פעולה. מטרתם הייתה להשמיד את האיום החתרני, להשקפתם, אותו ייצגו אלפי גולים פוליטיים מארצותיהם ששהו בארגנטינה. ב-25 בנובמבר 1975 הוחלט באופן רשמי על הפעלת מבצע קונדור, פעולה משותפת של שליטי מדינות בדרום אמריקה, בגיבוי חשאי של ה־CIA, סוכנות הביון המרכזית של ארצות הברית, כנגד תנועות גרילה שמאליות בדרום אמריקה.

לוחמי גרילה פרוניסטים מתנועת המונטונרוס, שמספרם בשנת 1977 הוערך ב-300 עד 400 חברים פעילים (בשיאה, ב-1975, מנתה התנועה כ-2000 לוחמים), ביצעו מספר התקפות במהלך תקופה זו. הם תקפו חברות שהפיצו מוצרים של גודייר ופיירסטון, את מעבדות חברת התרופות רייקר ואיליי, מפעלים של חברת זירוקס וחברות הביקבוק של פפסי. מנכ"ל חברת פיאט קונקורד בארגנטינה נחטף על ידי לוחמי הגרילה של תנועת ERP בבואנוס איירס ב-21 במרץ 1972, וגופתו נמצאה ב-10 באפריל. בשנת 1973 נהרג בכיר בחברת פורד במהלך בניסיון חטיפה; נציג של חברת פז'ו נחטף ושוחרר מאוחר יותר תמורת כופר בסך 200,000 דולר ארצות הברית. אנשי גרילה של תנועת FAP הרגו את ג'ון סווינט, המנהל הכללי האמריקאי של פורד חברת רכב ובדצמבר נחטף מנהל פיג'ו בארגנטינה.

בשנת 1974 הרגו לוחמי הגרילה של ה-FAP את מנהל יחסי העבודה של חברת חברת איקה רנו בקורדובה. בשנת 1975 חטפו לוחמי גרילה של המונטונרוס מנהל מפעל חלקי רכב ומנהל ייצור של מרצדס-בנץ. בכיר בתאגיד קרייזלר האמריקאי ומנהל מפעל רנו בקורדובה נהרגו. ב-1976 נהרגו אנריקה ארוזה גארי ממפעל הרכב בורגורד, בבעלות גרמנית, ובכיר בקרייזלר. בסך הכל נהרגו 83 אנשי שירות ושוטרים בתקריות גרילה של השמאל.

תנועה בשם "הצבא המהפכני העממי" (Ejército Revolucionario del Pueblo, ERP) (ספ'), שהושפעה מתורתו של צ'ה גווארה, פתחה בשנת 1975 במרד כפרי קטן במחוז טוקומאן עם לא יותר מ-100 איש ואישה, אך במהרה הובסו על ידי צבא ארגנטינה. בפברואר 1975 חתמה איזבל פרון על הצו הנשיאותי החשאי 261, אשר הורה לצבא לנטרל ו/או "להכחיד" באופן בלתי חוקי את המרד בטוקומאן. הצו העניק לכוחות המזוינים את הסמכות "לבצע את כל הפעולות הצבאיות הנחוצות להשפעות של נטרול או השמדה של פעולתם של גורמים חתרניים הפועלים במחוז טוקומאן". חוליות המוות של הימין הקיצוני, שרדפו אחרי לוחמי הגרילה מן השמאל הקיצוני, ניצלו את הצו כעילה להשמדת כל היריבים האידאולוגיים בשמאל וככיסוי לפשעים נפוצים.

ביולי הוכרזה שביתה כללית. הממשלה, בראשותו הזמנית של נשיא הסנאט, איטלו לודר (ספ') מהמפלגה הפרוניסטית, במקום איזבל (שהייתה חולה לתקופה קצרה), הוציאה שלושה צווים, 2770, 2771 ו-2772. אלה יצרו מועצת הגנה בראשות הנשיא, שרי הממשלה וראשי הכוחות המזוינים. המועצה קיבלה את הפיקוד על מתקני המשטרה והכלא הארציים והמחוזיים ומשימתה הייתה "השמדת [...] גורמים חתרניים ברחבי הארץ".

ב-1975 מינתה הנשיאה איזבל פרון, בלחץ הממסד הצבאי, את חורחה רפאל וידלה למפקד העליון של צבא ארגנטינה. וידלה הכריז ב-1975, בנאום תמיכה בחוליות המוות, כי "אנשים צריכים למות בארגנטינה ככל שיידרש, כדי שהמדינה תהיה בטוחה שוב". ב-24 במרץ 1976 הודחה פרון בהפיכה צבאית, שאחד ממוביליה היה וידלה. וידלה גם היה אחד משלישיית ראשי הכת הצבאית (החונטה) ששלטה במדינה לאחר ההפיכה; עמו היו האדמירל אמיליו אדוארדו מסרה והגנרל אורלנדו אגוסטי.

עם עלייתה לשלטון, פרסמה החונטה מספר קומוניקטים, הודעות, שבהן אפיינו ראשי הכת הצבאית את מדיניותם. החונטה קבעה כי כי החוקים, שהתפרסמו בקומוניקטים, הם החוקים העליונים שכל שאר החוקים כפופים להם. קומוניקט מס' 1 הודיע:

האוכלוסייה מתבשרת כי, נכון לתאריך זה, המדינה נמצאת בשליטה מבצעית של החונטה דה קומנדנטס חנרלס... מומלץ כי כל התושבים ימלאו בקפדנות את ההוראות וההנחיות הנובעות מרשויות הצבא, הביטחון או המשטרה, וכן [יגלו] זהירות יתרה וימנעו מפעולות ואידאולוגיות של יחידים או קבוצות, העלולות לדרוש התערבות דרסטית....

קומוניקט מס' 19 קבע כי

...כל אדם אשר בכל דרך שהיא מפיץ, חושף או מפיץ תקשורת או תמונות שמקורן או מיוחס להתאגדויות אסורות או לאנשים או קבוצות המוקדשות לפעילות חתרנית או לטרור. מי שיפיץ, חושף או מפיץ בכל דרך שהיא חדשות, תקשורת או תמונות, במטרה להפריע, לפגוע או להכפיש את את פעילותם של הכוחות המזויינים, הביטחון או המשטרה, ייענש במאסר של עד עשר שנים.

קומוניקטים נוספים שפורסמו באותו יום, הראשון לשליטתה של החונטה, כללו עונשים על מעשים שונים כמו הסתה (מאסר עד עשר שנים), חבלה בתשתית הציבורית (מאסר או עונש מוות), ועוד. לאנשי כוחות הביטחון ניתנה סמכות להשתמש בנשק כנגד מי שיפרו את הצווים. הממשל הצבאי הקים בתי דין צבאיים מיוחדים שהוסמכו לדון בעבירות על הצווים שפורסמו. הצווים חיזקו את מצב המצור שהוכרז כבר על ידי איזבל פרון, והשעו את הזכות החוקתית לעזוב את הארץ. החונטה הצבאית הוציאה חוקים וצווים לפי שיקול דעתה, שכללו הוראה על מעצרים או פיטורים נרחבים, ללא מתן סיבה או הנמקה לכך. עוד נקבע שהצווים חלים על כל אדם מגיל 16 ומעלה.

הדיקטטורה יצרה מבנה ארגוני חשאי לדיכוי המתנגדים לשלטון. מבנה זה כלל "קבוצות משימה", חטיפות והיעלמויות כפויות, מרכזים חשאיים שבהם התבצעו מעצר ועינויים, מנגנונים בלתי חוקיים להרג אנשים ולהעלמת גופותיהם, מתקנים רפואיים סודיים שנועדו לבצע לידות של נשים שנחטפו ולהעלים את זהותם של הילדים שנולדו בשבי, יצירת דיסאינפורמציה באמצעות כלי התקשורת, תיאום עם ניהול משאבי האנוש של חברות גדולות להוקעת יריבים, ועוד. בפקודות חשאיות שהוציא ראש המטה הכללי של הצבא, הגנרל רוברטו ויולה, ב-17 בדצמבר 1976, הדגש הוא לא על השמדת "מעשיהם" של החתרנים, אלא על השמדת יחידים:

הפעל כוח לחימה באלימות מרבית כדי לחסל חתרנים פליליים באשר הם. פעולה צבאית היא תמיד אלימה ועקובה מדם. יש להשמיד את הפושע החתרני שמפעיל נשק ואין לקבל את כניעתו. ההתקפה תבוצע באמצעות איתור והשמדת הפעילים החתרניים. על ההוראות להבהיר האם כולם או חלקם עצורים, האם במקרה של התנגדות פסיבית הם מושמדים או עצורים, האם רכוש הושמד או נעשה ניסיון לשמר אותו.

בתגובה לתלונות על הפרות זכויות אדם בוועדה הבין-אמריקאית לזכויות אדם של ארגון מדינות אמריקה, ניסתה הדיקטטורה האזרחית-צבאית להצדיק את פעולותיה החשאיות בטענה שיש צורך לקשר את "נושא זכויות האדם עם הצורך בדיכוי הטרור", וכן בצורך ל"...חתרנות כאמצעי לשמירה על הביטחון הלאומי". בריגדיר גנרל איבריקו סן ז'אן (ספ'), המושל הצבאי של מחוז בואנוס איירס, הצהיר בראיון לעיתון הבריטי הגארדיאן ב-6 במאי 1977: ”ראשית נחסל את החתרנים; אחר כך את שותפיהם; אחר כך את תומכיהם; ולבסוף את האדישים והפושרים.”

במברק פנימי של שגרירות ארצות הברית בארגנטינה ב-14 במאי 1980, נאמר:

בדיון על המשך ההקפדה על טקטיקות חוץ-משפטיות נגד מונטונרוס... (נשאל) מדוע הצבא לא חש שניתן להביא את האנשים האלה בפני בתי משפט רשמיים, כולל בתי משפט צבאיים. המודיע שלנו נתן שתי סיבות. ראשית, כוחות הביטחון אינם סומכים ואינם יודעים כיצד להשתמש בפתרונות משפטיים. השיטות של היום קלות ומוכרות יותר. שנית, אין איש צבא חשוב ש'יש לו את האומץ' לקחת על עצמו אחריות פורמלית להרשעתו והוצאה להורג של מונטונרו. לפי הכללים הנוכחיים "אף אחד" אינו אחראי ברישומים להוצאות להורג.

מערכת הדיכוי שהוקמה על ידי השלטון הצבאי הייתה מערכת מבוזרת, שחילקה את המדינה לאזורים ולאזורים צבאיים. לכל מפקד אזור הייתה יד חופשית לביצוע מדיניות הדיכוי, על פי שיקול דעתו.

ההפיכה הצבאית בצ'ילה ב-1973 סיפקה לעיתונות ולדעת הקהל העולמית תמונות של ההפצצה האווירית על ארמון הנשיאות, של מותו של הנשיא סלבדור איינדה, ושל כליאת מתנגדי המשטר באצטדיון של סנטיאגו דה צ'ילה. תמונות אלו זכו לתפוצה עולמית והביאו עמותות להגנה על זכויות אדם לעקוב אחר הנעשה בדרום אמריקה ולפעול כנגד אירועים דומים.

הכת הצבאית בארגנטינה למדה מניסיון ההפיכה בצ'ילה והתכוונה לבצע את פעילות הדיכוי שלה תחת מעטה של סודיות. השלטון הצבאי רצה לשמור על התדמית הבינלאומית של ארגנטינה, גם ובעיקר לקראת המונדיאל שהיה אמור להתקיים בארגנטינה כעבור שנתיים (ואכן התקיים). גורם נוסף לשמירה על הסודיות היה הרצון להעצים את גל הטרור: היעדר המידע על יריבי החונטה ומתנגדיה, שנחטפו ונעלמו, החריף בהרבה את תחושת הטרור.

חטיפת החשודים התרחשו בדרך כלל בלילה אך לא חסרו מעצרים במהלך היום, בפרט כאלה שבוצעו כנגד אנשים שנהגו לנוע בתדירות גבוהה, מה שהקשה על מציאתם בשעות הלילה. הנוהל כלל בדרך כלל הובלה של אנשים שנתפסו למרכזי מעצר חשאיים (ראו להלן). מעצרים אלו גררו אחריהם חקירות, עינויים, מעצרים ארוכים ללא משפט ולעיתים קרובות גם מוות.

בעקבות ההיעלמויות לא נודע לקרובי הנעלמים על גורל קרוביהם. העצורים לא נרשמו בדרך כלל בתחנות המשטרה, ונוהל זה איפשר חופש פעולה רחב מאוד כלפי העצורים. בזכות הסודיות הרבה של המבצעים ניתן היה להעלים ולרצוח גם אזרחים זרים.

כדי ליישם את הטקטיקה של היעלמות מאולצת של אנשים, יצר הממשל הצבאי מאות מרכזי מעצר חשאיים (Centro clandestino de detención,‏ CCD) (ספ'). הכוחות המזוינים סיווגו את מרכזי המעצר לשני סוגים:

• אתר לאיסוף עצירים (Lugar de Reunión de Detenidos,‏ LRD) - אתרים שהיו מאורגנים יחסית, ובהם תשית מתאימה לאחזקת מספר רב של עצירים, לעינויים ולהוצאות להורג;
• אתר זמני (Lugar Transitorio,‏ LT) - אתרים בעלי תשתית מצומצמת, שנועדו לשכן עצורים בשלב הראשון.

מרכזי המעצר הראשונים הוקמו ב-1975, עוד לפני ההפיכה הצבאית ב-24 במרץ 1976. לאחר ההפיכה הוקמו עוד 610 מרכזי מעצר, רובם זמניים. בחודשים הבאים התייצב מספר המרכזים על 364. ב-1977 צומצם מספרם ל-60, ב-1978 ל-45 וב-1979 פעלו 7 מרכזי מעצר. ב-1980 נותרו שניים, וב-1982 ו-1983 נותר מרכז מעצר יחיד שעדיין היה בשימוש. 60 מהמרכזים היו בבואנוס איירס, 59 במחוז קורדובה ו-22 בסנטה פה. חמישה מרכזים גדולים היו הציר של המערכת כולה: בית הספר למכונאות של הצי הארגנטינאי, שכונה La ESMA (ספ')‏ (Escuela de Mecánica de la Armada) ואל קלאב אתלטיקו (ספ') (מועדון האתלטיקה) בעיר בואנוס איירס; אל קמפיטו (קמפו דה מאיו) (ספ') ואל וסוביו (ספ') (וזוב) במחוז בואנוס איירס; ולה פרלה (ספ') בקורדובה.

למרות ההבדלים ביניהם היו מרכזי המעצר מאורגנים באופן דומה, עם מבנה ומשטר פעולה דומים. בכל מרכזי המעצר היה חדר עינויים אחד או יותר, חללים גדולים כדי לשמור על העצורים, תמיד בתנאים קשים ביותר, ומרכז מגורים לצוות המרכז. כמעט לכולם היה סוג של שירות רפואי, ובחלק מהמקרים היו שירותי דת קבועים לאנשי צבא.

כוחות המשימה (Grupo de tareas,‏ GT) (ספ') היו אחראים על ביצוע החטיפות, בדרך כלל בלילה. העצורים שנעלמו נלקחו מיד למרכז המעצר, שם נותרו אזוקים וראשיהם מכוסים בברדסים. הם עונו קשות ונחקרו על ידי אנשי כוחות המשימה. משך תקופת העינויים הראשונית הזו השתנה במידה ניכרת, אך באופן כללי ניתן לומר שהיא נעה בין חודש לחודשיים. במהלך שהותם במרכזי המעצר עברו העצורים דה-הומניזציה באופן שיטתי באמצעות הליכים שונים: החלפת השם במספר, אונס, השפלה, צפיפות ותנאי דיור בלתי נסבלים, עירום כפוי, גזענות, אנטישמיות, הומופוביה, ועוד. לאחר אותה תקופה ראשונית של עינויים וחקירה היו כמה אפשרויות.

• רצח: בכל מרכזי המעצר נקרא רצח האסיר בלשון נקיה "העברה". השיטות ששימשו לרצח ולהיעלמותן של הגופות היו שונות, וכללו טיסות מוות, הוצאות להורג המוניות, קברי אחים, קברים לא מזוהים, שריפת גופות וכו';
• "הלבנה": העצור שנעלם עבר לגליזציה והועבר לסמכות רשות המבצעת. החל משנת 1980 הביא מצב זה לגירוש וגלות, תוך שימוש באפשרות לצאת מהמדינה שנקבעה על פי החוקה (סעיף 23), או להעמדה לדין בפני בתי משפט צבאיים ועונשי מאסר;
• שחרור;
• המשך כעציר שנעלם, מסיבות שונות - שימוש כעבדים, משתפי פעולה, בני ערובה וכו';

הייתה גם מדיניות ונוהל משותפים לנשים בהריון שנעצרו והועלמו. במקרה כזה נדחה הרצח, ולאחר הלידה - שנעשתה בחשאיות - הועלמה זהותו של התינוק והוא נמסר לאנשים שהיו קשורים בקשר הדוק למערכת הדיכוי, לעיתים אנשים שהיו שותפים ברצח האבות או האמהות הביולוגיים.

עינויים היו מרכיב מרכזי בתוכנית הדיכוי של השלטון הצבאי. מרכזי המעצר נוצרו ותוכננו כדי שיוכלו לבצע את העינויים ללא הגבלה. חברי הוועדה הלאומית על אנשים שנעלמו (Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas,‏ CONADEP) (ספ'), שפרסמו את הדין וחשבון שלהם שנקרא לעולם לא עוד (Nunca Más) ב-1984, תיארו את "המדגם העצום של הסטיות החמורות והבלתי ניתנות לתיאור" אותו חשפו, והתלבטו כיצד למנוע מצב שבו הפרק בדו"ח המתאר את העינויים יהפוך ל"אנציקלופדיה של אימה". השפעתם של העינויים, שהיו ציר מרכזי במשטר הטרור שהפעיל השלטון המרכזי, נותרה משמעותית ביותר, מעבר לקורבנות הישירים גם לקרוביהם, מכריהם, לאוכלוסייה הכללית, וגם - עשרות שנים מאוחר יותר - לדורות הבאים.

אמצעי העינוי העיקרי היה שוקר חשמלי, שסביבו תוכננו ונבנו חדרי העינויים. חדרים אלו נקראו בכל מרכזי המעצר "חדרי ניתוח". השוקר החשמלי נקרא "המכונה". במרכז המעצר בלה פרלה נקרא המכשיר "מרגריטה", ובכניסה לחדר העינויים נתלה שלט עליו היה כתוב "חדר טיפול נמרץ - אין כניסה לחולים". בכניסה לחדר העינויים במחנה המעצר וזוביו נתלה שלט ועליו נכתב "אם אתה יודע, תשיר, אם אינך יכול, סבול זאת" (Si lo sabe cante, si no aguante). הסדיזם של המענים הוא עובדה נפוצה. כל העצורים עונו: גברים, נשים, קשישים, זקנים, מתבגרים, נכים, נשים בהריון וילדים. בעינויים שולב לעיתים אונס, וכן נעשה שימוש במגוון שיטות עינויים אחרות: הוצאה להורג מדומה בפני כיתת יורים, דקירות באמצעות פגיון סטילטו ופינצטה, סמים, "הדלי" (טבילה ממושכת של רגליים במים חמים/קרים), כוויות, תלייה מסורגים או מהתקרה, שבירת עצמות, הצלפה בשרשראות, ובשוט, זריית מלח על פצעים, מניעת מזון ומים, תקיפה באמצעות כלבים, יצירת קרעים באיברים פנימיים, סירוס, עינויים בפני קרובי משפחה או צפייה בעינויים שלהם, כולל ילדים, הותרת פצעים פתוחים שיצרו זיהומים מסיביים, תפירת הפה, ועוד.

אחד מהמאפיינים הידועים לשמצה של המלחמה המלוכלכת היו טיסות המוות, שבהן הושלכו ממטוסים צבאיים אלפי עצורים, כשהם חיים ומסוממים, אל מותם.

כבר ב-1977 נשטפו כמה גופות בחופי אתרי הנופש האטלנטיים סנטה טרסיטה (ספ') ומאר דל טויו (ספ'), כ-200 ק"מ דרומית לעיר בואנוס איירס. הגופות נקברו במהירות כאלמונים, אך חוקרי המשטרה שבדקו את הגופות לפני קבורתן קבעו כי סיבת המוות הייתה מ"פגיעה בחפצים קשים לאחר נפילה מגובה רב". פרטים רבים לגבי טיסות אלו נודעו בשנת 1995, כאשר אחד מאנשי מרכז המעצר ESMA, איש הצי הארגנטינאי בשם אדולפו סילנגו (ספ'), הודה וסיפר בהרחבה על הטיסות. בעדותו תיאר סילנגו את ההליך לביצוע הטיסות, את אישור הכנסייה הקתולית, השימוש בזריקות לצורך סימום העצורים, סוג המטוס שממנו הושלכו, תפקידים המרכזי של הקצינים, השימוש בשדה התעופה הצבאי הממוקם בנמל התעופה חורחה ניוברי ליד בואנוס איירס, ועוד.

בשנת 2015 חשף חוויאר פנינו וינה, שהיה בנו של אחד מהעצורים שהועלמו ובעצמו נולד במרכז המעצר ESMA, כי קציון הצי שהחזיק בו, חורחה וילדוסה, אישר כי מדובר היה בהחלטה שהתקבלה ברמה הגבוהה ביותר של הממשלה האזרחית-צבאית, בהמלצת הכנסייה הקתולית, וכי אנשים הושלכו מן המטוסים כשהם חיים ועירומים.

אחת האוכלוסיות שבהן התמקד הדיכוי במהלך שלטון הדיקטטורה הצבאית הייתה קהילת הלהט"ב. אל הוועדה הלאומית על אנשים שנעלמו (CONDEP), שהוקמה על ידי הנשיא ראול אלפונסין כדי לחקור פשעים נגד האנושות בתקופת הדיקטטורה, הגיעו לפחות 400 מקרים של נעדרים להט"בים, אך הוועדה עצמה החליטה להסתיר אותם ולהוציאם מהארכיון.

דו"ח שהוכן בשנים 1980 - 1983 על ידי הוועדה המחתרתית לזכויות להט"ב גינה את מדיניות הדיכוי כ"אפיזודה נוספת בהפרה הכללית של זכויות האדם" במדינה. דיכוי הלהט"בים הסלים כבר בחודשים האחרונים של ממשלתה החוקתית של איסבל פרון, כאשר המגזין אל קאודיו, דובר קבוצת הטריפל A, קרא בפומבי "לעשות סוף להומוסקסואלים", תוך שהוא אומר במפורש שיהיה צורך "לכלוא אותם, או להרוג אותם". דו"ח הוועדה המחתרתית מדווח על 15,000 אנשים שנעצרו בין 1976 ל-1982 רק בכלא דבוטו, תוך שימוש בצווי המשטרה שהיו אז בתוקף כדי לדכא הומוסקסואליות וטרנסווסטיזם. הדו"ח מתאר עינויים, אונס והטרדה ובאופן כללי אקלים של טרור בקרב להט"בים, כמו גם יצירת אינדקס, רשימה כללית של להט"בים כדי להקל על פשיטות ומעצרים המוניים. הדיווח הושתק בעיתונות הארגנטינאית, אך הופץ על ידי כמה כלי תקשורת בברזיל, קנדה, צרפת ושוודיה.

בשנת 2021 פרסם העיתונאי כריסטיאן פרייטו את הרומן El maricón de los chilenos, סיפור דמיוני בהשראת אירועים אמיתיים, המספר על רדיפת קבוצת הומוסקסואלים מהעיר באיה בלנקה במהלך הדיקטטורה הארגנטינאית. הספר מבוסס על מחקר בתיקי מנהלת המודיעין לשעבר של משטרת מחוז בואנוס איירס (DIPBA), העוסקים ברדיפת הומוסקסואלים באותה תקופה.

הפיכת הטרור של המדינה למהלך כללי הוסברה בחלקה כתוצאה מן המידע שקיבל הצבא הארגנטינאי ב"בית הספר של האמריקות" הידוע לשמצה (כיום ידוע בשמו מכון חצי הכדור המערבי לשיתוף פעולה ביטחוני) של צבא ארצות הברית וגם ממדריכים צרפתיים מהשירותים החשאיים, שלימדו את הארגנטינאים טקטיקות למלחמה במרידות (Counter Insurgency), שבהם התנסו לראשונה במהלך מלחמת אלג'יריה, בשנים 1954 – 1962.

מדיניות הדיכוי והטרור בארגנטינה היה חלק ממבצע כלל יבשתי, שנקראה מבצע או תוכנית "קונדור". שם זה ניתן לתוכנית המודיעין והתיאום בין שירותי הביטחון של המשטרים הצבאיים של החרוט הדרומי (ארגנטינה, צ'ילה, אורוגוואי, ברזיל, פרגוואי ובוליביה), וצבאות פרו, אקוודור, קולומביה, וונצואלה, ושיתוף פעולה ותמיכה מבצעית של ארצות הברית.

ב-1976 היה מבצע קונדור בשיאו. גולים מצ'ילה שנמלטו לארגנטינה מאימת המשטר הצבאי בארצם אוימו שוב ונאלצו לחפש מקלט במדינה שלישית. הגנרל הצ'יליאני קרלוס פרטס (Carlos Prats)(אנ') נרצח על ידי המשטרה החשאית הצ'ילאנית (DINA) (אנ') בבואנוס איירס עוד ב-1974, ובאותה שנה נחטפו ונרצחו הסנאטור האורוגוואי זלמר מישלני (אנ') והפוליטיקאי הקטור גוטיירס רואיז (אנ'), גם הוא מאורוגוואי. ביוני 1976 התנקשו חוליות המוות (AAA) בנשיא בוליביה לשעבר, חואן חוסה טורס (אנ'), בבואנוס איירס. התנקשויות בוצעו גם מחוץ לתחומי החרוט הדרומי: ב-1976 נרצח בוושינגטון די. סי., ארצות הברית, אורלנדו לטלייר (אנ'), גולה מצ'ילה, שהיה שר בממשלתו של סלוודור איינדה. הוא נרצח בהוראתו הישירה של רודן צ'ילה, אוגוסטו פינושה, על ידי המשטרה החשאית של צ'ילה, ה-DINA. במרכז המעצר אוטומוטורס אורלטי (Automotores Orletti)(ספ') נרצחו דיפלומטים קובנים. אוטומוטורס אורלטי הייתה הבסיס העיקרי של שירותי הביון הזרים המעורבים במבצע קונדור. אחד מהניצולים, חוסה לואיס ברטאצו, שהיה עצור במקום במשך חודשיים, זיהה בין האסירים צ'יליאנים, אורוגוואיים, פרגוואיים ובוליביאנים. שבויים אלו נחקרו על ידי סוכנים מארצותיהם.

חיל האוויר של אורוגוואי היה שותף לביצוע "טיסות המוות", וכ-110 תושבי אורוגוואי נעצרו ונעלמו בארגנטינה בין השנים 1976 ל-1983. גם ממשלת ארצות הברית הייתה פעילה במבצע קונדור.

החל משנת 1979 עסק המשטר הצבאי הארגנטינאי באופן פעיל בהפצת שיטת הדיכוי והטרור הממלכתי במרכז אמריקה, באמצעות הכשרת כוחות למאבק נגד המרידות הצבאיות והצבאיות למחצה בניקרגואה, הונדורס, אל-סלבדור וגואטמלה. בנוסף החל הצבא הארגנטינאי לבצע פעולות חשאיות שה-CIA כבר לא יכול היה לבצע תחת הממשל הדמוקרטי של הנשיא ג'ימי קרטר. הצבא הארגנטינאי תפס עצמו כמי שממלא את מקומה של ארצות הברית, שכביכול עזבה את מדינות חצי הכדור הדרומי והותירה אותן חסרות הגנה נגד הקומוניזם.

ב-1979 הובילה החזית הסנדיניסטית הפיכה בניקרגואה. באותה שנה הציג נשיא החונטה הצבאית הארגנטינאית, גנרל רוברטו אדוארדו ויולה, את התכנית ליישום המודל הארגנטיניאני באמריקה הלטינית בפני ועידת ה-13 של צבאות אמריקה שהתקיימה בבוגוטה. מי שהוביל את התכנית בפועל היה הגנרל לאופולדו גלטיירי, שפעל בשיתוף פעולה אסטרטגי עם ארצות הברית תחת ממשל הנשיא רונלד רייגן. גלטיירי הציג כערך את יכולתו לקחת את הטרור הממלכתי לתוצאותיו הסופיות, הן צבאית, פוליטית ותרבותית.

בתחילת 1982 תכננו ארצות הברית והדיקטטורה הארגנטינאית הקמת צבא גדול של מדינות אמריקה הלטינית, שיובל על ידי הצבא הארגנטינאי, במטרה לפלוש לניקרגואה ולהשמיד את הסנדיניסטים. באופן פרדוקסלי, מלחמת פוקלנד עליה החליט גאלטירי שמה קץ להתערבות ארגנטינה במרכז אמריקה, אך הטרור הממלכתי באזור נמשך עד לשנות ה-90 של המאה ה-20.

האנשים שנרצחו, נעלמו, עונו והוגלו הגיעו מכל המגזרים ושכבות האוכלוסייה. השלטון הצבאי הכריז שמדיניות הדיכוי נועדה למניעת טרור, אך מדיניות זו פורשה באופן הנרחב ביותר, שיכול היה לכסות כמעט כל אדם. גנרל וידלה הכריז ב-1978 לטיימס הלונדוני כי ”טרוריסט הוא לא רק מישהו עם נשק חם או פצצה, אלא גם מישהו שמפיץ רעיונות מנוגדים לציוויליזציה המערבית והנוצרית.”

הדו"ח לעולם לא עוד (Nunca más) (ספ'), שפורסם על ידי הוועדה הלאומית על היעלמותם של אנשים (Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas,‏ CONADEP) (ספ') מביא פילוח של הנעדרים לפי קבוצת ההתייחסות שלהם. יותר ממחצית הנעדרים היו פועלים, ובפרט חברים באיגודים מקצועיים. בין הקורבנות היה מספר משמעותי של מתבגרים; אחד המקרים המפורסמים של חטיפת נערים ונערות בני עשרה מכונה ליל העפרונות שאירעה בספטמבר 1976, במהלכו נחטפו עשרה נערים ונערות שהביעו התנגדות למשטר. גם נכים, קשישים, כמרים ונזירות היו בין הקרבנות, וכן עיתונאים, אמנים, ספורטאים, עורכי דין ועוד. במקרים מסוימים נעצרו אנשים שהיו קרובי משפחה של העצורים, או כאלה ששמן ניתן על ידי המעונים. גם פקידים שהזדהו עם המשטר הצבאי נעצרו. במקרים אחרים היו המעצרים מקרים פשוטים של גניבה וסחיטה, או מעצרים של האנשים הלא נכונים, שהועלמו כדי להסתיר את הטעות. בין הקורבנות הבולטים נמנות גם מייסדות אגודת אמהות פלאסה דה מאז'ו. על פי ההערכות, לפחות 400 בני אדם נעצרו-נעלמו עקב נטייתם הלהט"בית. מקרים אלה לא הופיעו בדו"ח "לעולם לא עוד". בין העצורים-נעלמים היו יותר יותר ממאה חיילים שהיו במהלך שירות החובה הצבאי שלהם. מפקדיהם הכריזו עליהם כעריקים.

מקרה מיוחד של קורבנות הם הילדים החטופים הנעדרים, שנמסרו למשפחות אחרות. משפחות אלו, גם אם ידעו או לא ידעו על הנסיבות שבהן הובאו אליהן הילדים, היו חלק מגניבת והעלמת הזהות של הוריהם. בחלק מהמקרים אף היו בני המשפחות שותפים לרצח הוריהם. החוקרים מעריכים שיש ודאות שרוב הילדים הללו עדיין בחיים וכדי למצוא אותם, קבוצה של סבתות וסבים של אנשים עצורים-נעלמים הקימה את ארגון סבתות פלאסה דה מאז'ו (Asociación Civil Abuelas de Plaza de Mayo) (ספ'). מ-1983 ועד אוגוסט 2023 מצא הארגון 133 ילדים הנעדרים, מתוך כ-500 ילדים שנחטפו ושזהותם נשללה.

בתרבות הפופולרית התקבע מספר של 30,000 נעדרים. מספר זה נתמך בהערכותיהם של ארגוני זכויות אדם, גופים פוליטיים מן השמאל והמרכז, ארגוני סטודנטים ואיגודי עובדים; רוב הנעדרים השתייכו לגופים אלה. על פי הערכת המודיעין הצבאי הארגנטינאי היו 22,000 קורבנות בין השנים 1975 ל-1978. מזכירות זכויות האדם של ארגנטינה, בהתבסס על מספר בני האדם שהיו זכאים לפיצויים מהמדינה עד 2003, מעריכה את מספר הקורבנות ב-13,000. הוועדה הלאומית על אנשים שנעלמו (CONADEP) זיהתה בשנת 1984 9,089 מקרים של היעלמות כפויה. באנדרטה לקורבנות הטרור הממלכתי הממוקמת בפארק הזיכרון של העיר בואנוס איירס הוצבו שמותיהם של 8,805 בני אדם עד אפריל 2016. אינדיקטור נוסף למספר הנעלמים היה מספר צווי ההבאס קורפוס שהוצאו על ידי בתי המשפט כדי להשיג את חירותם של אנשים שנעצרו. בבירה הפדרלית לבדה, עם אוכלוסייה של כ-10% מכלל המדינה, הוצג מספר של 8,335 צווי הבאס קורפוס בין השנים 1976 ו-1983, בלי לספור צווים שהוצאו פעמיים לאותו אדם. הדו"ח של נסטור פרלונגר משנת 1983, על דיכוי אוכלוסיית הלהט"ב במהלך שלטון הממשל הצבאי, מדווח על 15,000 אנשים שנעצרו בין 1976 ל-1982, בכלא דבוטו בלבד. הדו"ח מציין עוד ש-CONADEP לא ספרה לפחות 400 נעדרים, מסיבות הקשורות לנטייתם הלהט"

נספרו גם כ-12,000 עצורים-נעלמים שהוחזקו במרכזים חשאיים של רשות ה-P.E.N (Poder Ejecutivo Nacional, הזרוע המבצעת הלאומית, גוף של הרשות המבצעת בארגנטינה שיכול היה להחזיק אנשים בבתי כלא ללא האשמה או משפט רשמי, למשך תקופה בלתי מוגבלת, וללא מתן מידע לגביהם) (ספ'), ששוחררו מאוחר יותר עקב לחץ בינלאומי.

ישנן עדויות רבות לכך שהממשל הצבאי שמר תיעוד מפורט של העצורים-נעלמים וגורלם. דו"ח של הסוכן החשאי הצ'יליאני אנריקה ארנסיביה קלבל (שהיה נציג המשטרה החשאית של צ'ילה בבואנוס איירס) נתגלה ב-2002 בין יותר מ-1,500 גיליונות שהוחרמו ממנו, על ידי שופטים פדרליים בארגנטינה ב-1978 ונשארו מאוחסנים בארכיון בית המשפט מאז. בסוף הדיווח שלו, שנערך ביולי 1978, דיווח קלבל שצבא ארגנטינה ספר עד אותו רגע 22,000 הרוגים ונעדרים.

הפרת זכויות האדם בארגנטינה בין 1976 ל-1983 הייתה חלק מתוכנית דיכוי שיטתית, עליה הוחלט בדרגים הגבוהים ביותר של הדיקטטורה האזרחית-צבאית. הביצוע הישיר של מדיניות הדיכוי היה מאורגן ביסודו באמצעות "קבוצות משימה", "מרכזי מעצר חשאיים", צוותי חקירה ועינויים וצוותים להשמדה והעלמה של גופות. לעיתים קרובות היו צוותים אלו מקושרים ופעלו בתוך אזורים צבאיים ותת-אזורים ותחת פקודות של מנהיגיהם. הצוותים הללו הורכבו מאנשי שלושת הכוחות המזוינים, המשטרה, המחוז, רופאים, כמרים. בנוסף, מנהלים בכירים של חברות פרטיות וסוכנויות ציבוריות, כמו גם דירקטורים ופרופסורים של בתי ספר ואוניברסיטאות, שיתפו פעולה באופן פעיל עם מנגנוני הדיכוי הבלתי חוקיים. בכמה אזורים ותת-אזורים צבאיים, כמו בקורדובה ובטוקומאן, הורו מפקדי הצבא שכל אנשי הצבא יהיו מעורבים ישירות בהפרת זכויות האדם.

לאחר נפילת המשטר הצבאי בארגנטינה התנהל ויכוח על היקף וחומרת האחריות הפלילית על המבצעים הישירים, ביחס למקום אותו תפס כל אחד מהם בשרשרת הפיקוד. בסך הכל, ההערכה היא כי בביצוע הפשעים השתתפו 1,180 שוטרים, אנשי צבא ואזרחים, שהיו המבצעים הישירים.

מי שהובילו את מדיניות הדיכוי היו ראשי החונטה הצבאית, שהיו גם ראשי הצבא. ארגנטינה חולקה לחמישה מחוזות, שהקבילו בהתאמה לחמשת הקורפוסים שמהם היה מורכב צבא ארגנטינה. כל מפקד גיס התמנה למפקד אחד המחוזות. כל מחוז חולק לתת-מחוזות, וכל תת-מחוז לאזורים. כך למשל, העיר בואנוס איירס הייתה תת-מחוז במחוז 1, וחולקה לשישה אזורים. לכל מפקד מחוז ותת מחוז הייתה אוטונומיה מלאה בביצוע מדיניות הדיכוי; הגנרל מרטין בלסה (ספ'), קצין בכיר בצבא ארגנטינה, כינה את מפקדי המחוזות "אדוני מלחמה... אדונים פיאודליים אמיתיים". לדבריו, "הם מהבודדים שהיו יכולים לדעת הכל".

מעבר לצבא ולמשטרה, היו גופים נוספים ששיתפו פעולה עם מדינות הדיכוי. הייתה השתתפות של מנהלים בכירים בחברות פורד, מרצדס-בנץ, אסינדר (ספ'), דאלמינה סידרקה (ספ'), קבוצת לדסמה (ספ') ואסטארסה (ספ'). ויקטוריה בסואלדו, מאוניברסיטת קולומביה, חקרה את השיתוף בין חברות גדולות לכוחות המזוינים הארגנטינאים. היא מצאה שש חברות שבהן נחטפו ועונו עשרות נציגי איגודי עובדים. אנשים אלה נעצרו לעיתים קרובות בתוך החברות והועברו למרכזי מעצר חשאיים (CDC) בכלי רכב שסופקו על ידי החברות. במקרה של חברת דאלמינה סידרקה הותקן מרכז מעצר כזה ליד המפעל, והיה מחובר אליו בדלת. בחברת אסינדר היה קיים מרכז מעצר וחקירה, מאויש ומופעל על ידי המשטרה הפדרלית, כבר בשנת 1975, עוד בתקופת שלטונה של פרון.

המגזר העסקי בארגנטינה שיתף פעולה עם המשטר בביצוע מדיניות הדיכוי, בשל החשש הרב האלימות מן הצד השמאלי של המפה הפוליטית שאיימה על הסדר החברתי הדרוש לביצוע פעילותם. במקרים מסוימים מעסיקים רבים פשוט ניצלו את היעדר שלטון החוק כדי להתעלם מזכויות עובדים. אנשי עסקים וחברות רבים שיתפו פעולה באופן פעיל יותר עם הדיקטטורה, הצדיקו והעניקו תמיכה טכנית לממשלה, והתעלמו מהפרות זכויות אדם, למרות שידעו על קיומן. שיתוף הפעולה העסקי עם ההפיכה אורגנה באמצעות האספה הקבועה של ישויות איגוד עסקים (Asamblea Permanente de Entidades Gremiales Empresarias‏, APEGE) (ספ'). APEGE נוסדה באוגוסט 1975, חודשים ספורים לפני ההפיכה, על ידי האיגודים העסקיים העיקריים, במטרה ברורה לערער את היציבות בממשלה הדמוקרטית וליצור מופע יחיד של דיאלוג עם הכוחות המזוינים. ב-16 בפברואר 1976 ארגן ה-APEGE שביתה, שיש הרואים בה את תחילת הספירה לאחור להפיכה. ה-APEGE הורכב ממועצת העסקים הארגנטינאית (Consejo Empresario Argentino,‏ CEA) (ספ'), החברה הכפרית הארגנטינאית (ספ'), לשכת המסחר הארגנטינאית (ספ'), איגוד הבנקים הארגנטינאי (ADEBA) (ספ'), ורוב ארגוני המעסיקים המגזריים. ארגונים אלו תמכו באופן גלוי ומפורש בממשל הצבאי: חוסה אלפרדו מרטינס דה הוז, נשיא מועצת העסקים הארגנטינאית (CEA), היה שר הכלכלה, והממשל הצבאי העביר תפקידים בממשל לפעילים של APEGE ואת הבנק המרכזי לידי איגוד הבנקים (ADEBA). התמיכה הרחבה שסיפק המגזר העסקי להפיכה ניכרה היטב בתגובת השוק הפיננסי. הבורסה פתחה מחדש את פעילותה ב-5 באפריל 1976 עם עלייה של 250% במניות ביום אחד. נשיא ארגון זה אמר בנאום לפני מועצת המנהלים של הבנק הבין-אמריקאי לפיתוח כי

התערבות הכוחות המזויינים ב-24 במרץ 1976 שמה סוף לתקופה בהיסטוריה של ארגנטינה. כך נפתח שלב של הזדמנויות מבטיחות שכן, יהיו אשר יהיו התפתחותו ותוצאותיו הסופיות, עצם העובדה שהמטרה היא (השבת) הסדר החברתי והכלכלי ועקרון הסמכות הושב על כנו, מהווה ללא עוררין מפנה חיובי.

שיתוף הפעולה בא גם מצידה של הפקידות האזרחית. עובדי מדינה אלו לא נטלו חלק ישיר במעשי הדיכוי, אך היו חלק מהמנגנון של השלטון הצבאי. כלי התקשורת המודפסים סבלו מצנזורה וגם מצנזורה עצמית במדיה כזו או אחרת, וחלקם שיתפו פעולה עם המשטר הצבאי על ידי הסתרה והצדקת מעשיו. אנשי טלוויזיה ורדיו ועיתונאים נוספים שיתפו פעולה אף הם. בספטמבר 1976 נסע הסופר חורחה לואיס בורחס לספרד שם הצהיר לעיתונות הבינלאומית:

אני לא מבקר את צ'ילה. אני מסכים עם הממשל הצבאי של צ'ילה וגם עם זה של ארגנטינה. אני לא מדבר על מדינות אחרות, אני מדבר על המדינה שלי, שבה היינו במדינה אנרכית. אני לא מסכים עם כל המדיניות שלהם, אבל עלינו להכיר בכך שהמשטר הצבאי הציל אותנו מחרפה. אנחנו יוצאים מכאוס, למרות הפשעים הרבים שבוצעו, וכמובן שכל ארגנטינאי צריך למחוא כפיים לממשלה.

בין היוצאים מן הכלל בולטת עמדתם האמיצה של שני עיתונים, לה פרנסה (La Prensa) (ספ') השמרני והבואנוס איירס הראלד (ספ'), שהוקיעו מעל דפיהם את הפרת זכויות אדם המסיבית.

במפלגות הפוליטיות היו מנהיגים ששיתפו פעולה בגלוי עם הממשל הצבאי ובמקרים רבים קיבלו תפקידי בכירים בממשל. ריקרדו בלבין (ספ'), אחד מהפעילים החשובים במפלגת האיחוד האזרחי הרדיקלי שהשתייכה למרכז הפוליטי, ביקש תמיכה בינלאומית במאי 1976 בקונגרס האינטרנציונל הסוציאליסטי בקראקס. הוא דחה את האלימות מצד ארגוני הגרילה השמאליים והתבטא בעד החזרת הדמוקרטיה לארגנטינה; לפי ההיסטוריון פליפה פיניה הייתה לבלבין גישה של "דבקות בשתיקה" עם המשטר הצבאי. בלבין אמר עוד שחורחה רפאל וידלה היה "גנרל של הדמוקרטיה" והצהיר ב-13 באפריל 1980: ”אני מאמין שאין נעדרים, אני מאמין שהם מתים, למרות שלא ראיתי את תעודת הפטירה של כל אחד מהם... מה שמדאיג אותי הוא להקל על הכאב, אבל גם להימנע מכאבים חדשים. אין תרופה. זה היה ככה. יום אחד ייכתב פרק האחריות.” המזכיר הכללי של המפלגה הסוציאליסטית הדמוקרטית, אמריקו גיולדי (ספ'), היה שגריר ארגנטינה בפורטוגל. המפלגה הקומוניסטית הארגנטינאית תמכה בממשלות וידלה וויולה והציעה להם ממשלה אזרחית-צבאית משותפת. המנהיג הפרוניסטי סנטיאגו דה אסטרדה (ספ') היה תת-השר לביטוח לאומי ואלברטו נטה (ספ'), סגן למזכ"ל המפלגה הדמוקרטית הפרוגרסיבית, היה ראש עיריית רוסאריו בין השנים 1981 - 1983, בעוד נשיא המפלגה, רפאל מרטינס ריימונדה (ספ'), נשיא ה-PDP, שימש כשגריר ארגנטינה באיטליה. מפלגת הכוח הפדרליסטי העממי (Fuerza Federalista Popular, FUFEPO) (ספ') אף ניסתה להציג את עצמה כמפלגה הנוטלת חלק בדיקטטורה הצבאית, עובדה שהובילה למינויו של הוראסיו גוסמן (ספ') כמושל הפרובינציה חוחוי. מנהיגי מפלגות רבים הסכימו להיות ראשי ערים מטעם הממשל הצבאי.

נטען כי גם הכנסייה הקתולית הייתה שותפה בביצוע מדיניות הדיכוי. מרכז מעצר וחקירה אחד היה צמוד למרכז של הכנסייה, אם כי הכנסייה טענה שהמקום נמכר לצי ולא היה ידוע לראשיה על הנעשה בו. נשמעו עדים שראו אנשי כמורה במחנות הריכוז, ועד אחר העיד על כומר שתמך במדיניות חיסול העצורים באמצעות טיסות מוות. הכנסייה הקתולית הארגנטינאית סיפקה תמיכה חשובה לממשל הצבאי ולהכנת ההפיכה, ובחלק מהמקרים השתתפה ישירות בביצוע מדיניות הממשל. בשנת 2002 התנצלה הכנסייה הקתולית על מעשים שבוצעו במהלך הדיקטטורה הצבאית, בין השנים 1976 - 1983, אך עם זאת עד 2006 סירבה הכנסייה הקתולית לפתוח את הארכיון שלה, שבו ישנם גם דיווחים של כמרים צבאיים שיכולים לספק מידע על הנעדרים.

הכנסייה מילאה תפקיד חשוב במהלך הדיכוי, אך גם בשורותיה היו חטופים שנעלמו, למרות שהדבר הוכחש על ידי ראשי הכנסייה. הכוחות המזוינים התמקדו במגזרים המתקדמים יותר של הכנסייה הקתולית, וראו אותם כחתרניים. לפי ההיסטוריון אמיליו מיניונה, בין השנים 1974 ל-1983 נרצחו או נעלמו 19 כמרים קתולים ובישוף קתולי אחד, ועוד שני בישופים מתו בספק תאונות. לפחות שישים ושניים כמרים נעצרו, עונו, שוחררו וגורשו מהמדינה ואנשי דת רבים מן העולם השלישי נרדפו, נעצרו ורבים אחרים הוגלו מבלי שנעצרו. אזרחים רבים שעבדו עם כמרים אלה נעצרו-נעלמו.

באופן פרדוקסלי, גם ארגוני הגרילה השמאליים שהתנגדו לשלטון הצבאי ולממשלות הימניות שקדמו לו, גרמו לעלייתו של המשטר הצבאי ולמשטר הדיכוי שהנהיג. הפסיכואנליטיקאי הוגו וזטי טוען כי "ערב ההפיכה, כאשר פעולות הגרילה העירוניות הופנו בגלוי נגד הכוחות המזוינים וכוחות הביטחון, היה ברור שמטרתם של ארגוני הגרילה אינה הסבת נזק לצבא אלא בתגובה שבאופן הזוי נעדה להעמיק את ההסלמה לקראת עימות גדול עתידי. הקו שנמשך הניח, בקצרה, כי קריסת המערכת המוסדית תוביל לדיקטטורה אכזרית יותר מהקודמת, שלא תהיה מסוגלת להכיל התנגדות גוברת ונגדה, ותאפשר לארגוני הגרילה להופיע בעמדת מנהיגות". פילאר קלביירו (אנ'), מרצה למדע המדינה ועצירה-נעלמת לשעבר בעצמה, מבקרת את הארגונים החמושים בארגנטינה ומאשרת כי "הטקטיקה של טרור חסר הבחנה שיחק בסופו של דבר תפקיד לא קטן באָפנוּת ובהרחבה של נוהלי הדיכוי של הדיקטטורה". בהתייחסה להשלכות של מה שהיא מכנה "הנחת הניצחון הבלתי נמנע" של ארגוני הגרילה, אמרה פילאר קלביירו כי "תחת הרעיון הזה, ארגון מונטונרוס, כמו ארגון ה-ERP, סברו שההפיכה ב-1976 מועילה למטרותיהם מכיוון שהיא תחדד את הסתירות ותבהיר את העימות, שעד אז היה מעומעם יותר... קיוו שכל זה יאיץ את רגע הניצחון". מריו פירמניך (ספ'), ממנהיגי המונטונרוס, אמר על ההפיכה: "לא עשינו כלום למנוע את זה כי בקיצור, ההפיכה הייתה גם חלק מהמאבק הפנימי בתנועה הפרוניסטית".

הקהילה הבינלאומית לא הצליחה לעצור את ההפרה המסיבית של זכויות האדם בארגנטינה, צ'ילה, אורוגוואי ובוליביה, ואף לא הוחלט על גינויים בינלאומיים. חוסר יכולתה של הקהילה לעשות זאת נבע בעיקר מחסימה שיטתית של כל ניסיון להטיל סנקציות על ארגנטינה הן על ידי ארצות הברית והן על ידי ברית המועצות.

במהלך המלחמה הקרה חששה ארצות הברית מהתפשטות הקומוניזם בדרום אמריקה. הקבוצות החתרניות שתקפו את ממשלת ארגנטינה היו קבוצות שמאל וכמה קבוצות מרקסיסטיות, עובדה שלכאורה חיזקה את החשש. למרות שלפחות שישה אזרחי ארצות הברית "הועלמו" על ידי צבא ארגנטינה עד 1976, בכירים במחלקת המדינה של ארצות הברית, כולל מזכיר המדינה (ומאוחר יותר היועץ לביטחון לאומי), הנרי קיסינג'ר, גיבו בסתר את השליטים הצבאיים החדשים של ארגנטינה. לאחר שסיים את תפקידו בממשלת ארצות הברית, בירך קיסינג'ר את החונטה הצבאית של ארגנטינה על המלחמה בשמאל, וקבע כי לדעתו "ממשלת ארגנטינה עשתה עבודה יוצאת מן הכלל בחיסול כוחות הטרור". באוקטובר 1987 חשף השבועון The Nation, כי קיסינג'ר נתן בחשאי לחונטה "אור ירוק" למדיניותם, בין השאר על ידי הפעלת בית הספר של האמריקות (ראו לעיל).

שגריר ארצות הברית בארגנטינה, רוברט סי היל (אנ'), פעל מאחורי הקלעים כדי למנוע מהחונטה הצבאית של ארגנטינה לעסוק בהפרות מסיביות של זכויות אדם. גם לאחר שנודע כי קיסינג'ר נתן לגנרלים הארגנטינאים "אור ירוק", עשה היל מאמצים שקטים כדי לנסות ולבטל את הנחייתו של קיסינג'ר, גם לאחר שהוזהר על ידי עוזריו של מזכיר המדינה כי הוא עלול לפטר את היל.

ארצות הברית הייתה גם ספק מרכזי של סיוע כלכלי וצבאי למשטר וידלה במהלך השלב המוקדם והאינטנסיבי ביותר של הדיכוי. בתחילת אפריל 1976 אישר הקונגרס בקשה של ממשל הנשיא ג'רלד פורד, שנכתבה ונתמכה על ידי הנרי קיסינג'ר, להעניק סיוע ביטחוני בהיקף 50 מיליון דולר לחונטה. בסוף 1976 העניק הקונגרס סיוע צבאי נוסף של 30 מיליון דולר, ובשנה שלאחר מכן שקל הקונגרס את המלצת ממשל פורד להגדיל את הסיוע הצבאי ל-63.5 מיליון דולר. הסיוע, ההכשרה והמכירות הצבאיות של ארצות הברית למשטר וידלה נמשכו תחת ממשל הנשיא ג'ימי קרטר ברציפות עד ל-30 בספטמבר 1978 לפחות.

גישתה של ארצות הברית השתנתה לחלוטין עם עלייתו לשלטון של ג'ימי קרטר, איש המפלגה הדמוקרטית, במיוחד באמצעות פעולתה של פטרישיה דריאן (אנ'), תת-מזכירת זכויות האדם. ממשל קרטר הפעיל לחץ על השלטון בארגנטינה וצמצם את הסיוע הצבאי שניתן למדינה. מאידך, הנרי קיסינג'ר, באותה עת כבר לא בעל תפקיד ממלכתי, נסע לארגנטינה ב-1978 כדי לשבח את הצבא על "מאמציו" במה שהוא כינה "לחימה בטרור".

עם היבחרו של רונלד רייגן הרפובליקני ב-1981, שבה ארצות הברית למדיניות של תמיכה בדיקטטורה הצבאית, תוך ארגון משותף של המלחמה המלוכלכת במרכז אמריקה (מבצע צ'רלי, ראו לעיל), עד למלחמת פוקלנד. ממשל רייגן טען כי ממשל קרטר הקודם החליש את היחסים הדיפלומטיים של ארצות הברית עם בעלות ברית של המלחמה הקרה בארגנטינה והפך את הגינוי הרשמי של הממשל הקודם לנוהגי זכויות האדם של החונטה.

גם תאגידים אמריקאים, כמו החברה המוטורית פורד וסיטיבנק, שיתפו פעולה עם החונטה בדיכוי והיעלמות עובדים פעילים באיגודים.

ברית המועצות, מצידה, יצרה קשר מסחרי הדוק עם הדיקטטורה הצבאית בתקופת שלטונם של חורחה רפאל וידלה וממשיכו, רוברטו אדוארדו ויולה. כתוצאה מכך הגנה המפלגה הקומוניסטית הארגנטינאית על הרודנים וברית המועצות חסמה את הסנקציות שהתבקשו נגד ארגנטינה בפורומים בינלאומיים.

גם קובה שמרה על עמדה סובלנית ביחס להפרת זכויות האדם בארגנטינה, ופעלה כבת שיח של הממשל הצבאי, הן מול מדינות הגוש הסובייטי והן מול המדינות הבלתי-מזדהות. אלו האחרונות, יחד עם קובה ומדינות הגוש הסובייטי, מילאו תפקיד מפתח בעצירת כל החלטה המגנה את הדיקטטורה הארגנטינאית בוועדת האומות המאוחדות לזכויות אדם.

במספר מדינות באירופה, בעיקר בצרפת, הייתה פעילות במטרה להוקיע את הפרות זכויות אדם בארגנטינה. בשנת 1978, הודיע שחקן הכדורגל ההולנדי, יוהאן קרויף, כי לא ישתתף במונדיאל 1978 שנערך בארגנטינה, כמחאה. ב-1980 העניקה וועדת פרס נובל את פרס נובל לשלום לאדולפו פרס אסקיבל, לוחם למען זכויות אדם, צעד שהייתה בו מחאה על מצב זכויות האדם בארגנטינה. ב-1981 הופיעה להקת קווין בבואנוס איירס, במאר דל פלאטה וברוסאריו. במופעיה ביקרה הלהקה בגלוי את הדיקטטורה הצבאית וחזו את נפילתה. להופעות הייתה השפעה רבה על הנוער.

כמה מדינות קיבלו והגנו על גולים מארגנטינה. הבולטות בהן היו מקסיקו, קוסטה ריקה, ונצואלה, ספרד, צרפת ושוודיה.

הסודיות וחוסר האפשרות לקבל מידע מנעה גם היווצרות תנועה דמוקרטית או פציפיסטית שעלולה הייתה להוביל לפתיחת חקירות. עם זאת, למרות התנאים הקיצוניים של הדיכוי היו כמה קבוצות פוליטיות וארגונים לזכויות אדם שהצליחו לפעול כאופוזיציה לדיקטטורה הצבאית בתוך ארגנטינה.

ראשית, בלטו ארגוני זכויות אדם, ובהם הארגונים האמהות מכיכר דה מאז'ו, הסבתות של כיכר דה מאז'ו (ספ'), האספה הקבועה לזכויות אדם (APDH) (ספ'), ארגון קרובי המשפחה של הנעלמים והעצורים הפוליטיים (ספ'), שירות השלום והצדק (ספ'), המרכז ללימודי משפט וחברתיים (CELS) (ספ') והתנועה היהודית לזכויות אדם (ספ'), בין היתר. גם איגודים מקצועיים היו חלק מן ההתנגדות: הקונפדרציה הכללית של העובדים (CGT) (ספ') נותרה בעמדת אופוזיציה פעילה והכריזה על עשרות שביתות. ב-1979 הכריזה ועדת ה-25 - האגף בקונפדרציה שהיה אמון על ההתנגדות לשלטון - על השביתה הכללית הראשונה ובספטמבר 1981 קראה הקונפדרציה להפגנה הפתוחה הראשונה נגד הדיקטטורה הצבאית. לאחר שהשלטון הצבאי אסר על קיומן של הפגנות פעלו האיגודים המקצועיים בדרכים אחרות של מאבק, כמו עוד לפני כן, עם איסור השביתות, חיפשו צורות שונות של מאבק כמו "עבודה מתוך עצב" (trabajo a tristeza), האטה בעבודה, מעין "שביתה איטלקית".

כמה מפלגות פוליטיות שמרו על אופוזיציה פעילה. בשנת 1980 ארגנו בני הנוער של מפלגות אלו מחדש את הנוער הפוליטי כמופע של פעולה משותפת, בהשתתפות נוער רדיקלי, פרוניסטי, סוציאליסטי, קומוניסטי ובלתי מזדהה. ב-1981 ארגנו חמש מפלגות (האיחוד האזרחי הרדיקלי, המפלגה החוסטיסיאליסטית, הבלתי מזדהים, והתנועה לפיתוח ושילוב (ספ') והמפלגה הנוצרית דמוקרטית), בתמיכת המפלגה הסוציאליסטית העממית, את המולטיפארדידה (Multipartidaria), פעולה ארגונית משותפת לכל המפלגות הללו, כדי ללחוץ על הממשל הצבאי לסגת ולהקים משטר דמוקרטי.

גם תנועת הסטודנטים קיימה ארגון חשאי רעוע, בעיקר באמצעות פדרציית האוניברסיטה הארגנטינאית. מחקרים מעמיקים של התקופה מגלים מאמצים חשובים מצד בתי הספר העל-יסודיים בשנים הראשונות להפיכה, בעיקר בהפצת כתבי עת אסורים לתלמידים. היו יותר ממאה כתבי עת כאלה ברחבי המדינה, והם היוו את הבסיס לארגון מחדש של מרכזי הסטודנטים האסורים.

רשויות הכנסייה הקתולית הארגנטינאית גילו, באופן כללי, פסיביות. עם זאת, היו בכנסייה כמה קבוצות ואישים שאימצו עמדה פעילה בהגנה על זכויות האדם. בין אלו נמנו הנזירות הצרפתיות לאוני דוקה (אנ') ואליס דומון (אנ'), שנעלמו ב-1977; אנשי המסדר הפלוטיני בבלגראנו, שנרצחו ב-1976; הבישוף של לה ריוחה, מונסיניור אנריקה אנג'לי (אנ'), שנרצח גם הוא ב-1976, ורבים אחרים. מחוץ לארגנטינה התארגנו קבוצות גולים, ביניהן בלטו קבוצות ה"קאזה ארגנטינה" במקסיקו ובמדריד, וכן הקבוצות שאורגנו בפריז.

נוכחותם של ארגוני הגרילה, המונטונרוס ו-ERP, נחלשה מאד ואף אבדה. ב-30 במרץ 1982 ארגנו כוחות האופוזיציה הפגנה עממית גדולה נגד הדיקטטורה, הפגנה שהיוותה את הסדק הגדול הראשון במשטר.

עם זאת, ארגונים אלו ביצעו כמה פעולת עד 1979. לאחר ההפיכה ביצע המונטונרוס שורה של התקפות באמצעות פצצות שהטמין. ב-2 ביוני 1976 התפוצץ מטען חבלה בחדר האוכל של המשטרה הפדרלית; בין עשרים וחמישה לשלושים נהרגו וקרוב לששים נפצעו. ב-18 ביוני 1976 נהרג הגנרל סזארו קרדוזו, מפקד המשטרה הפדרלית מפצצה שהוטמנה בביתו. ב-12 בספטמבר התפוצצה מכונית תופת שהופעלה בשלט רחוק כאשר עבר לידה אוטובוס ובו אנשי משטרה. תשעה שוטרים ושני אזרחים נהרגו. ב-9 בנובמבר התפוצץ מטען חבלה שהטמין מונטונרוס במטה המשטרה של מחוז בואנוס איירס, והביא למותו של אחד ולפציעת אחד עשר שוטרים. ב-18 בפברואר 1977 ביצע ה-ERP מתקפה כושלת נגד המטוס הנשיאותי של ראש החונטה הצבאית, חורחה רפאל וידלה. ב-5 באפריל פוצצה קבוצת גרילה פצצה במפקדה של פיקוד חיל האוויר הארגנטינאי וגרם נזק מבני לבניין קונדור בבואנוס איירס שם היה ממוקם. ב-7 במאי ביצע מונטונרוס פיגוע נגד סגן אדמירל סזאר אוגוסטו גוזטי, שר החוץ. גוזטי נפצע קשה ומת כמה שנים לאחר מכן. באותה שנה נהרגו בבואנוס איירס 36 שוטרים בהתקפות קבוצות גרילה או בעימותים עמן. ב-1 באוגוסט 1978 תקף מונטונרוס את סגן האדמירל דאז ארמנדו למברושיני בבואנוס איירס. בהתקפה זו היו שלושה הרוגים ו-10 פצועים. בתחילת 1979 החליטה הנהגת המונטונרוס הגולה, בראשות רוברטו פרדיה, לפתוח ב"מתקפה נגדית עממית כדי לחזור לארץ". המתקפה הנגדית פותחה בשני שלבים, שבוצעה ב-1979 וב-1980, ובמסגרתה ביצע מונטונרוס כמה התקפות נגד פקידים אזרחיים בממשל הצבאי, שהיו שייכים לצוות הכלכלי, או אנשי עסקים קשורים. בחודש אוקטובר 1979 דיווח המודיעין של השלטון הדיקטטורי כי מונטונרוס נמצא במצב של משבר פנימי עקב "תמרון התקפות הנגד" שבוצע במדינה באותה שנה.

ב-1981 הודח גנרל חורחה רפאל וידלה, מחולל ההפיכה הצבאית ושליטה הראשון, בהפיכה שהונהגה על ידי הגנרל רוברטו אדוארדו ויולה. ויולה מינה את עצמו לנשיא לכל החיים והרחיק את האנשים הנאמנים לגנרל המודח ממרכזי הכוח. עם זאת, השינוי בהנהגה של המדינה לא שינה את האסטרטגיה המבוססת על טרור. לאחר תשעה חודשים בלבד של הודח הגנרל ויולה ב-22 בדצמבר 1981 על ידי הגנרל לאופולדו גלטיירי, שגם הוא ומשטרו המשיכו במדיניות המלחמה המלוכלכת.

לאחר כשבע וחצי שנים של שלטון צבאי הייתה ארגנטינה במשבר כלכלי ושלטוני. המשכורות במשק היו נמוכות ב-40% מאלו שהיו בתקופת פרון, והאינפלציה עמדה על 130%. במשק שרר חוסר שקט ולמרות מדיניות הטרור רבו ההפגנות והמחאות כנגד השלטון הצבאי. כדי להסיח את דעת הקהל פתחה החונטה במלחמת פוקלנד. ההשתלטות הארגנטינאית על איי פוקלנד, שהיו בשליטה בריטית ובמשך שנים נתבעו על ידי ארגנטינה, הביאה בתחילה לעלייה בתמיכה בחונטה, אך תבוסתה החד משמעית של ארגנטינה בידי בריטניה במלחמה קצרה (2 באפריל עד 14 ביוני 1982) זעזעה את ארגנטינה והכריחה את גלטיירי לפרוש.

את מקומו של גלטיירי תפס ב-1 ביולי 1982 הגנרל ריינלדו ביניונה, סגן מפקד הקמפיטו לשעבר, מרכז מעצר חשאי ליד בואנוס איירס. לנוכח ההתנגדות ההולכת וגוברת לדיקטטורה הצבאית, מפנים ומצד הקהיליה הבינלאומית, נאלץ ביניונה לאפשר מחדש את חופש הדיבור וחופש ההתאספות, שכלל גם זכות השביתה. צעד זה הוביל לחוסר שקט גדול עוד יותר, שביתות רבות והפגנות, שהכריחו את ביניונה לקרוא לבחירות חופשיות. אלו התקיימו ב-10 בדצמבר 1983 ובהן זכה ראול ריקרדו אלפונסין. בכך הושם הקץ לדיקטטורה בת שבע השנים.

בדצמבר 1983 הקים אלפונסין את הוועדה הלאומית על היעלמותם של אנשים (ספרדית: Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas, בראשית תיבות: CONADEP), בראשות הסופר ארנסטו סאבטו. תפקיד הוועדה היה לאסוף ראיות לפשעי מלחמה שנעשו במהלך המלחמה המלוכלכת. הוועדה נעזרה ב-APDH (La Asamblea Permanente por los Derechos Humanos, הוועדה הקבועה לזכויות אדם), שהיא גוף לא ממשלתי לזכויות אדם, את כל הדיווחים על ההיעלמויות שנאספו על ידם במהלך המלחמה המלוכלכת, ובמקביל ביקשה מארגוני זכויות אדם אחרים את סיועם. CONADEP החלה לשתף פעולה עם ארגונים רבים אחרים. נציגות אבולאס דה פלאזה דה מאיו (הסבתות של פלאזה דה מאיו) נפגשו עם הוועדה על מנת לתאם חיפוש אחר הילדים שעדיין נעדרים, וארגונים אחרים ביקשו מחבריהם להעיד בפני הוועדה.

הדו"ח שפרסמה הוועדה נקרא Nunca Más ("לעולם לא שוב"). הדו"ח כולל 50,000 עמודי תצהירים של ניצולי ההיעלמויות, ובהם תיאורים מפורטים של הטיפול בעצורים, או "הנעלמים", ומכיל תיאורי מקרים של עינויים או רצח. הדו"ח כולל זיהוי של 300 מרכזי מעצר חשאיים שהיו קיימים ברחבי ארגנטינה, שהופעלו ונוהלו במהלך המלחמה המלוכלכת על ידי הצבא. הדו"ח תיעד 8,961 מקרי מוות והיעלמויות בין השנים 1976 - 1977, וחקירות הוועדה סייעו למצוא רבים מאתרי הקבורה ההמוניים ברחבי ארגנטינה, ששימשו לקבורת "הנעלמים". הדו"ח הכיל ניתוח של הרקע החברתי והמעמדי של "הנעלמים", תוך מתן נתונים סטטיסטיים על האנשים שנחטפו. כך למשל, הדו"ח הגיע למסקנה שכ-30% מה"נעלמים" היו נשים וכי לא פחות מ-200 ילדים מתחת לגיל 15 נחטפו. דו"ח Nunca Más הוא רב מכר בארגנטינה והוא מודפס ברציפות מאז 1984.

הפרטים שנחשפו, כולל תיאורי הזוועות ומספר האנשים והנשים שהועלמו זעזעו את דעת הקהל העולמית. הנשיא אלפונסין הורה ב-1985 על העמדת תשעת חברי החונטה הצבאית לדין, ומשפטם כונה משפט החונטות (Juicio a las Juntas). בנוסף לראשי החונטה נפתחו למעלה מ-2000 משפטים נגד קצינים וחיילים שהיו אחראים להתעללות, עינויים והיעלמויות.

עם זאת, זמן קצר לאחר הגשת דו"ח הוועדה ופתיחת המשפטים, העבירה הממשלה שני חוקים: חוק הנקודה הסופית (Ley de Punto Final) (ספ') וחוק הציות הראוי (Ley de la obediencia debida) (ספ'). שני החוקים הללו חסמו למעשה את האפשרות לתבוע את מי שהיו מעורבים בפשעי המלחמה המלוכלכת, והפסיקו את ההליכים המשפטיים שהתנהלו. החוקים עברו ברוב גדול בקונגרס, ביוזמתו של אלפונסין, שחשש מהפיכה צבאית חדשה (ראו להלן). בשנת 1989 הוציא הנשיא קרלוס מנם שני צווים שהעניקו חנינה, בין היתר, לכל מבצעי הפשעים נגד האנושות שלא נהנו מחוק הנקודה הסופית ומחוק הציות הראוי, לרבות חברי הדירקטוריון הנידונים ושר הכלכלה, חוסה אלפרדו מרטינס דה הוז. שני החוקים האמורים וצווי החנינה של מנם נודעו כ"חוקי החסינות".

חוקים אלו עוררו מחאה רחבה ובתי המשפט החלו להכריז על כך שאינם חוקתיים. ב-14 ביוני 2005, בעת נשיאותו של נסטור קירשנר, קבע בית המשפט העליון בארגנטינה כי חוקי החסינות אינם חוקתיים, וכך התאפשרה פתיחת המשפטים מחדש.

נשיאי השלטון הצבאי ושרים:

• חורחה רפאל וידלה, נשיא ארגנטינה בין ה-24 במרץ 1976 ל-28 במרץ 1981, נשפט ב-1985 בגין אחריותו להיעלמותם של כ-30,000 בני אדם, ונידון למאסר עולם. בשנת 1990 שוחרר, כחלק מהחנינה שהעניק הנשיא, קרלוס מנם. לאחר ההכרזה על חוקי החסינות כבלתי חוקתיים, נידון וידלה שוב, יחד עם 29 נאשמים נוספים, ושוב נגזר עליו ב-22 בדצמבר 2010 מאסר עולם. נפטר בשנת 2013 בגיל 87.
• רוברטו אדוארדו ויולה, מחליפו של וידלה מ-29 במרץ 1981, נשפט ב-1984 וב-1985 נידון למאסר עולם לביצוע במאסר בית. הוא ריצה את עונשו בווילה מפוארת עד ששוחרר ב-1990 בחנינה שנתן הנשיא מנם. נפטר ב-1994 בגיל 70.
• לאופולדו גלטיירי היה יורשו של ויולה וכיהן כנשיא ארגנטינה מ-22 בדצמבר 1981 עד 18 ביוני 1982. במהלך כהונתו הקצרה נעלמו כ-9,000 איש. ב-1985 נשפט ובשנת 1986 נידון למאסר עולם. הוא שוחרר מכלאו ב-1991 בזכות החנינה שהעניק הנשיא מנם. בשנת 2000 נשפט שוב על חטיפת ילדים והושם במעצר בית. נפטר ב-12 בינואר 2003, בן 76.
• ריינלדו ביניונה היה הנשיא הרביעי והאחרון של הממשל הצבאי לאחר התפטרותו של לאופולדו גלטיירי. הוא הוציא צו סודי שהורה על השמדת כל התיעוד הנוגע לעצורים והנעלמים. משפטו התקיים רק ב-2009, וב-2013 הוא נידון למאסר עולם.
• אלבנו הרגונדיגוי היה שר הפנים בתקופת הדיקטטורה. הוא היה אחראי על פירוק מערכת המשפט בארגנטינה, החלפת שופטים בקציני צבא או באוהדי המשטר, והותיר את משפחות הנעלמים ללא כל אפשרות לדעת את גורל יקיריהם. לאחר ריצוי עונש מאסר קצר הוא נהנה מחנינתו של מנם, אך בעקבות סירובו להעיד על פעילותו בתקופת הדיקטטורה הוא הוכנס למעצר בית ב-2004. הוא נפטר בעודו במעצר בית ב-2012, בגיל 85.

קצינים ומפקדים:

• אמיליו אדוארדו מסרה, שהיה מפקד בית הספר למכונאות של הצי (ESMA), נידון למאסר עולם ב-1985, הוא נהנה מהחנינה כשעזב את הכלא ב-1990 ומטעמים בריאותיים נחסמו בקשות ההסגרה של ממשלות איטליה, ספרד, גרמניה וצרפת; הוא נפטר בשנת 2010 בגיל 85.
• חורחה אדוארדו אקוסטה (ידוע בכינויו El Tigre) היה מפקד מדור GT332‏ (Grupo de Tareas 332) צוות שהיה אחראי על ריגול, לכידה, עינויים והוצאה להורג של מתנגדי השלטון. בסיס פעילות הצוות היה ב-ESMA. הוא היה אחראי למותם של כ-5,000 בני אדם, אך זכה לחנינה לאחר תום הדיקטטורה. הוא נידון למאסר עולם ב-2011 בארגנטינה.
• אלפרדו איגנסיו אסטיז השתייך לצוות GT332, ועליו הוטל להסתנן לפגישות החשאיות של קרובי הנעלמים כדי לזהות חשודים אפשריים. הוא היה אחראי לחטיפה ולהיעלמות של מייסדת אמהות פלאסה דה מאז'ו אסוסנה ויז'פלור, של שתי נזירות צרפתיות וכן למותה של אזרחית שוודית בת 17, דגמר הגלין. אסטיז נפל בשבי הבריטי במהלך מלחמת פוקלנד אך הוחזר לארגנטינה בהתערבותה האישית של ראש ממשלת הממלכה המאוחדת, מרגרט תאצ'ר. את הסגרתו ביקשו גם ממשלות ספרד, איטליה ושוודיה, ללא הצלחה. ב-2008 הוא נידון בארגנטינה למאסר עולם בגין פשעים נגד האנושות.
• אנטוניו דומינגו בוסי היה המושל צבאי של מחוז טוקומאן בשנים 1976 - 1977. הוא היה אחראי להיעלמותם של למעלה מ-500 איש. ב-1991 נבחר למושל באותו מחוז וב-1999 נבחר כסגן המושל. ב-2008 נידון בוסי למאסר עולם בגין פשעים נגד האנושות, גזר דין שהומר למעצר בית.
• מיגל אצ'קולס היה מפקד משטרת בואנוס איירס ואחראי על 21 מרכזי מעצר. הוא הוביל את המבצע שנודע בשם ליל העפרונות, במהלכו נעצרו עשרה תלמידי תיכון, שרובם נרצחו. אצ'קולס נמצא אשם ב-91 מקרים של עינויים ונידון ל-23 שנות מאסר. הוא שוחרר לאחר זמן קצר, ולאחר מכן נידון שוב ושוב למאסר עולם בגין רצח, עינויים וחטיפת ילדים.
• רמון קמפס היה קולונל שהיה על 20 מרכזי מעצר בלתי חוקיים במחוז בואנוס איירס. לאחר תום הדיקטטורה הוא נמצא אחראי ל-214 חטיפות, 20 מקרי עינויים ו-32 רציחות. קמפס נשפט ונידון, בדצמבר 1986, לעונש של 25 שנות מאסר. הוא נהנה מהחנינה של הנשיא מנם, ומת ב-1994 מבלי שריצה יום בכלא.

בתגובה למשפטים שנערכו למבצעי המלחמה המלוכלכת, התרחשו מספר התקוממויות בצבא ארגנטינה נגד ממשלת אלפונסין. המורדים התבצרו בכמה קסרקטיני צבא ודרשו להפסיק את המשפטים. במהלך השבוע הקדוש (Semana Santa) באפריל 1987 התבצרו לוטננט קולונל אלדו ריקו (מפקד גדוד חיל הרגלים ה-18 בפרובינציית מיסיונס) וכמה קציני צבא זוטרים במחנה קמפו די מאיו(אנ'). המורדים, שנקראו קאראפינטאדאס (ספרדית: carapintadas, צבועי פנים)(ספ'), דרשו את הפסקת המשפטים ואת התפטרותו של ראש מטה הצבא, הגנרל הקטור ריוס ארניו (אנ'). ריקו האמין שממשלת אלפונסין לא תרצה או לא תוכל להפסיק את המרד. הוא צדק חלקית: פקודותיו של מפקד הקורפוס השני לכתר את הקרסקטינים שבהם התבצרו המורדים זכו להתעלמות מצד פקודיו. אלפונסין קרא לעם להגיע לפלאזה דה מאיו כדי להגן על הדמוקרטיה; מאות אלפים נענו לקריאתו. אלפונסין הגיע לקמפו דה מאיו ושכנע את המורדים להיכנע.

בינואר 1988 התרחש מרד צבאי שני כאשר ריקו סירב לקבל את צווי המעצר שהוציא נגדו בית משפט צבאי, באשמה שהוביל את המרד הקודם. הפעם התבצר ריקו בגדוד חיל הרגלים הרביעי במונטה קאסרוס ודחה את קריאותיו של ראש מטה הצבא, קארידי (שהחליף את ארניו) להסגיר את עצמו. ריקו דרש שוב להפסיק את המשפטים וטען שהבטחותיו של אלפונסין למורדים לא קוימו. קארידי הורה לכמה יחידות צבא לדכא את המרד. התקדמותם לקסרקטין מונטה קזרוס הואטה בשל גשם ובשל דיווחים שחיילי המורדים הניחו מוקשים, אך למרות זאת הובסו כוחותיו של ריקו לאחר קרב של שלוש שעות. הם נכנעו ב-17 בינואר 1988. 300 מורדים נעצרו ונידונו לעונשי מאסר.

התקוממות שלישית התרחשה בדצמבר 1988. הפעם הובל המרד על ידי לוטננט-קולונל מוחמד עלי סיינלדין, שהנהיג 1,000 חיילים מורדים. מרידה זו הצליחה, וכמה מהדרישות של סיינלדין ואנשיו התקבלו. קארידי נאלץ לפרוש ובמקומו התמנה הגנרל פרנסיסקו גאסינו, ששירת במלחמת פוקלנד וזכה להערכה רבה על ידי הקרפינטאדים. ב-5 באוקטובר 1989, כחלק מרפורמות גורפות, חנן הנשיא הנבחר החדש קרלוס מנם את המורשעים במשפטי זכויות האדם ואת מנהיגי המורדים שנכלאו בשל השתתפות בהתקוממויות הצבאיות.

הצבא, שייצג את הימין הארגנטינאי, גילה אהדה לגרמניה הנאצית ולאיטליה הפשיסטית, והיה נגוע באנטישמיות. הימצאותם של לא מעט יהודים בשורות השמאל בארגנטינה חיזקה תחושה זו בעיני אנשי הצבא. בהתאם, התייחס הצבא בחומרה יתרה ליהודים במהלך הרדיפות של המשטר הצבאי. על פי הערכות, בין 1,900 ל-3,000 יהודים נחטפו ונרצחו במהלך המלחמה המלוכלכת. על פי הערכות אלה, בין 6% ל-10% מכלל הנרצחים היו יהודים, זאת לעומת שיעורם באוכלוסייה שעמד על 1% בלבד. על פי עדויות של חטופים יהודים, היו גילויים אנטישמיים בולטים כלפי היהודים שנעצרו, דרכי התעללות ייחודיות לעצירים יהודים, וסממנים נאציים, כמו צלבי קרס, אותם חוו במרכזי המעצר. עם זאת, יחסי ישראל-ארגנטינה באותה תקופה היו בשיאם, וישראל מכרה לארגנטינה אמצעי לחימה וכלי נשק שונים, בהם מטוסי נשר, ספינות סיור מדגם דבור, ועוד. כאמור לעיל, המשטר הדיקטטורי הקפיד מאד של חשאיות ולא ברור מה ידע השלטון בישראל על הנעשה בארגנטינה.^[1]

מקרה מפורסם של התערבות ישראל לטובת אחד העצורים היה מקרהו של הסופר והעיתונאי חקובו טימרמן, שנעצר על ידי השלטון הצבאי ב-1977. הוא סבל עינויים והואשם בכך שהוא חלק ממזימה ציונית להשתלט על חלק מארגנטינה וצ'ילה ולהקים בהן מדינה יהודית (תוכנית אנדיניה). טימרמן שוחרר לאחר כשנה, בין השאר בלחץ דיפלומטי ישראלי.

עמותת ממוריה ("זיכרון" בספרדית) הוקמה בישראל בשנת 1990, במטרה לאסוף מידע על הנעדרים ולהנציח את זכרם. ב-1992 ניטעה ביער בן שמן חורשת עצי אורן לזכר 84 נעדרים יהודים.

סביב הבנת תקופת המלחמה המלוכלכת מתנהל דיון ער, וישנן גישות שונות בהבנת ובפרשנות של התקופה.

• דיכוי באמצעות טרור מדינתי - ארגוני זכויות אדם ומפלגות פרוגרסיביות, שמאל ומרכז-שמאל, רואים במלחמה המלוכלכת תהליך של דיכוי מתנגדים, שבוצע באמצעות תוכנית שיטתית ומתוכננת מראש של טרור מדינתי.
• רצח עם - ישנם ארגוני זכויות אדם ומפלגות שמאל ומרכז-שמאל, כמו גם משפטנים ופסקי דין שונים, הרואים במעשים שבוצעו על ידי הטרור המדינתי רצח עם. בית המשפט הראשון שקבע כי בוצע רצח עם בארגנטינה היה בספרד. ב-4 בנובמבר 1998 הרשיע בית המשפט את אדולפו סילינגו (אנ'), קצין הצי הארגנטינאי שנטל חלק בפשעי המלחמה המלוכלכת. בית המשפט הספרדי קבע אז כי:

בעובדות הנטענות... קיים באופן בלתי נמנע רעיון השמדת קבוצה מאוכלוסיית ארגנטינה... זו הייתה פעולת השמדה, שלא נעשתה באקראי, ללא הבחנה, אלא מתוך רצון להשמיד מגזר מסוים באוכלוסייה, קבוצה הטרוגנית ביותר, אך מובחנת...

גם בתי משפט בארגנטינה פסקו באופן דומה.

• התיאוריה של שני השדים - פרשנים אחרים טוענים כי הצבא, מצד אחד, וארגוני הגרילה, מצד שני, ביצעו פעולות אלימות טרור, שלא השפיעו רק על הצד שלטענתם הם נלחמים בו, אלא גם על עשרות אלפי אזרחים, שלא השתמשו באלימות. פרשנות זו, שהוצעה במקור על ידי נשיא ארגנטינה לשעבר ראול אלפונסין, כונתה על ידי מבקריה "התיאוריה של שני השדים". בפרולוג המקורי לדו"ח Nunca Más", פותח הסופר הארגנטינאי ארנסטו סבאטו באמירה: ”במהלך שנות ה-70 הייתה ארגנטינה מטולטלת מהטרור שהגיע מהימין הקיצוני וגם מהשמאל הקיצוני...” יש הרואים בפרשנות זו טעות, וכי המושג הנכון הוא "הסלמה של האלימות", כלומר אלימות מצד תנועות הגרילה שגררה דיכוי אכזרי הרבה יותר מצד הממסד.
• לוחמה נגד מרד - מגזרים המגינים על פעולות הכוחות המזוינים מ-1976 עד 1983, גם לאחר שחבריו הורשעו בפשע של רצח עם, טוענים כי מדובר היה במלחמה שלא צייתה לכללי המלחמה המסורתית. על פי תפיסה, הפרות זכויות האדם שאירעו במלחמה המלוכלכת אינן יוצאות דופן, והן מתרחשות בכל מלחמה. תומכיה של פרשנות זו טוענים כי הכוחות המזוינים של ארגנטינה נלחמו בתוקפנות מרקסיסטית-לניניסטית שיש לראות אותה בהקשר הרחב יותר של המלחמה הקרה, ואילו חלק אחר של תומכי תפיסה זו מציגים את המלחמה המלוכלכת כמלחמה בטרור.
• מלחמת אזרחים מהפכנית - מגזרים הקשורים לארגוני הגרילה נוטים לטעון שהמלחמה המלוכלכת הייתה למעשה מלחמת אזרחים מהפכנית. גם הם מפקפקים, במקרים רבים, בהנחה שאכן בוצעו פשעי מלחמה על ידי הכוחות המזוינים, ופשעים נגד האנושות נגד לוחמים ושאינם לוחמים. מריו פירמניץ' (אנ'), שהיה מנהיג ארגון הגרילה מונטונרוס, אמר בראיון רדיו ב-6 באוגוסט 2001 כי המדובר היה במלחמת אזרחים, וכי ”במדינה שחוותה מלחמת אזרחים, לכולם יש דם על הידיים.”

השפעתה התרבותית של המלחמה המלוכלכת הייתה ניכרת, הן בתוך המדינה והן מחוצה לה.

האוכלוסייה בכלל והנוער בפרט, חשה מושפעת מאוד מהזוועות שחשפו מהחקירות שבוצעו עם נפילת הממשל הצבאי. זכויות אדם, שלום ודמוקרטיה, כאידיאלים חברתיים, הפכו לערכים מרכזיים בחברה הארגנטינאית. התוכניות החינוכיות בבתי הספר, במכללות ובאוניברסיטאות כוללות תוכניות לימודים על הפרות זכויות אדם בתקופת הדיקטטורה הצבאית.

בין האומנים הבולטים שהמלחמה המלוכלכת השפיעה עליהם עמוקות ועיצבה את יצירתם ניתן למנות את מרסדס סוסה, לאון חייקו, ויקטור הרדיה, צ'ארלי גרסיה, ליטו נביה, חואן קרלוס דיסטפניה, חואן חלמן, לאון פרארי, מריה אלנה וולש, ועוד.

בין היצירות שהושפעו מהמלחמה המלוכלכת ניתן למנות את היצירות הבאות:

• אליסיה קוסמה, אסירה פוליטית מתקופת "המלחמה המלוכלכת", חיברה את הספר Pasos bajo el agua (ספרדית: "צעדים תחת המים"), סיפור המבוסס על חוויותיה כאסירה פוליטית וכגולה מארצה.
• אלסה אוסריו, ילידת בואנוס איירס, חיברה את הספר "האור של לוס", המתאר את תהליך החיפוש אחר הוריה של אחת מילדי הנעלמים, שנחטפה ואומצה באופן בלתי חוקי על ידי משפחת אחד מהגנרלים. הספר הוא אחד מכתבי האישום הספרותיים החריפים ביותר שהתפרסמו בשנים האחרונות כלפי שלטון הגנרלים והחברה הארגנטינית. הספר זכה בפרס הספרותי הלאומי של ארגנטינה ובפרס אמנסטי.
• הרומן של נתן אנגלנדר, "המשרד למקרים מיוחדים",^[2] מתאר את קורותיה של משפחה יהודית בארגנטינה, קדיש וליליאן פוזנן ובנם פאטו, במהלך המלחמה המלוכלכת. פאטו, סטודנט באוניברסיטה, נלקח מביתו על ידי נציגי השלטונות, ומאז נעלם, חרף כל מאמצי הוריו לאתרו. לאחר שאדם שעסק בהשלכת הנעדרים ממטוס לנהר ריו דה לה פלטה מתוודה על כך באוזני קדיש, הוא מבין שפאטו לא יחזור לעולם, וגם גווייתו לא תימצא, אך ליליאן מסרבת להשלים עם הבשורה המרה, וממשיכה לחכות לפאטו.
• הסופרת, המשוררת ופעילת זכויות האדם אליסיה פרטנוי מתארת בספרה "לה אסקואליטה" את חוויותיה במחנה הריכוז. שיריה של פרטנוי ראו אור לראשונה בכתב-העת "דקה". פרק אחד ויחיד עד כה, "כפכפים עם פרח אחד",^[3] פורסם בעיתון "הארץ" בתרגומה של יעל דקל, ממתרגמות פט פארקר והמשורר ערן צלגוב.

ב-22 באוגוסט 2002, בתקופת נשיאותו של אדוארדו דואלדה, נקבע כי ה-24 במרץ ייחשב ליום הזיכרון הלאומי לאמת ולצדק, להנצחת קורבנות הדיקטטורה הצבאית. בשנת 2006 הכריז נשיא ארגנטינה דאז, נסטור קירשנר על 24 במרץ כחג לאומי, במטרה ליצור יום זיכרון ולהכיר בו כיום התגייסות מסורתי לזכויות אדם.

• סופיה מנשה, מדמשק לבואנוס איירס, הוצאת כרמל (2019)

• המלחמה המלוכלכת, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית)
• דו"ח וועדת CONDEP,‏, "Nunca Más", מאוחזר באתר Wayback Machine (באנגלית)
• The Vanished Gallery

• המשטר הצבאי בארגנטינה (1976–1983)