מקור שמו הערבי של הגן - הסח'נה ("החמה"),[3] הוא בכך שהמים בבריכה הגדולה שבו עומדים על טמפרטורה כמעט קבועה תמיד (כ-28 מעלות כל השנה).
שמו העברי של הגן - "גן השלושה", נקרא על שמם של חיים שטורמן, אהרון אתקין ודויד מוסינזון, שנהרגו ב-14 בספטמבר1938 (י"ח באלולה'תרצ"ח) בעת שעלו עם המכונית שבה נסעו על מוקש, כ-6 קילומטרים מדרום לבית שאן, כשיצאו לעמק בית שאן למצוא מקום מתאים להקמת קיבוץ חדש.
עין אל-עאצי
מקור המים, הנובעים במעיין עין אֶלעָאסִי (בערבית عين العاصي תעתיק מדויק: עין אלעאצי. בעברית גם עין עמל), הוא בשטח הצפוני של הרי השומרון ובמזרח הרי הגלבוע. במהלך זרימתם התת-קרקעית מתחממים המים ל-28 מעלות וצוברים את מליחותם הגבוהה יחסית שהיא 1100 מ"ג כלוריד לליטר. מי המעיין, הנובעים בספיקה ממוצעת של 1700 מ"ק בשעה, יוצרים את נחל עמל, הזורם ומתנקז בכיוון מזרח, אל עבר נהר הירדן.
מבנה הגן
הגן מורכב ממערכת של שתי בריכות מלאכותיות גדולות (עליונה ותחתונה), האוגרות בתוכן את מי המעיין. הבריכות מקושרות זו לזו, ונמצאות בגבהים שונים - מה שמאפשר את המשך זרימת המים לאפיק נחל עמל. אורך הנחל בתחום הגן מגיע לכ-500 מטרים.
המעבר בין גדות הבריכות מתאפשר על ידי מספר גשרים בשטח הגן.
צמחיית הגן הנטועה מושקית במלואה על ידי מי הנחל, אולם בשל היותם מליחים, יש להתאימם במיוחד להשקיה. לפיכך, מוהלים אותם במים מתוקים המגיעים מנחלים סמוכים. הבריכה, אליה נשפכים מי הנחל לפני מהילתם, נוחה לרחצה הודות לחמימות מימיה, ומפל המים שבה תורם להנאת הרוחצים. יחד עם הדשאים והצמחייה שסביבה, מהווה הבריכה מוקד משיכה למבקרים רבים, בכל עונות השנה.
ראשית ההתיישבות באתר "גן השלושה" של ימינו מתועדת לתקופת הברונזה התיכונה, וניכר כי האתר נושב באופן רצוף לאורך התקופה הישראלית, עת עסקו מרבית תושביו באריגה ובצביעת בדים, ההלניסטית, הרומית, הביזנטית והערבית, בה נעזב. על כך מעידים שלל הממצאים הארכאולוגיים, אשר נחשפו בחפירות שנערכו בתל הקדום (הקרוי תל עמל, כשם הקיבוץ שהוקם לצידו). ממצאים אלו מוצגים כיום ב"מוזיאון לארכאולוגיה אזורית וים-תיכונית", הבנוי על ראש התל.
לפני הקמת המדינה היו האדמות באזור בבעלותם של ערבים אמידים, שהקימו טחנות קמח, הרחיבו והעמיקו את הבריכות ויצרו מפלי מים כדי להניע את אבני הריחיים. אחרי מלחמת השחרור נהרסו הטחנות וכעת נמצאים שרידיהן בשטח גן השלושה. אחת מהן שוקמה. מאבני הטחנות ההרוסות בנה בשנות ה-50 "עולה מתימן שהיה לו מושג בבנייה", כפי שכתוב בדפי ההסבר לתיירים בסחנה, "את הקיר שמעליו נופל המפל ותצלומו מופיע בכל ספר תמונות מישראל".
סביבות הבריכה היו שוממות. הגן הגדול, המקיף אותה היום, הוא תוצאה של טיפול וטיפוח מסור במשך שנים, פרי יוזמתו של צבי בהיר[4] חבר קיבוץ ניר דוד. בהיר, בסיועם של אדריכלי הנוףליפא יהלום ודן צור (לימים, חתני פרס ישראל באדריכלות), הפכו את הסחנה לאתר נופש גדול ומטופח. כיום מקורו של נחל עמל בנביעה תת-קרקעית, הנמצאת בתחום הגן והוא זורם בכיוון מזרח, אל הירדן. בדרכו הוא עובר דרך קיבוץ ניר דוד.
בעברו חצה נחל זה את בית שאן הרומית – ביזנטית וסיפק את תצרוכת המים העירונית. סכר שנבנה לפני עשרות שנים על הנחל והוציא ממנו אמת מים אל טחנת הקמח, הפך אותו לבריכה ובעקבותיה נבנו עוד מספר בריכות. אמת המים והטחנה המקורית עודן קיימות והטחנה אף כשירה עדיין להפעלה.
האתר הוא אחד המתוירים ביותר מבין הפארקים בישראל והוא מופעל ומתוחזק על-ידי רשות הטבע והגנים[5]. על אף זאת, מאז יולי 2024 החליטה הרשות להגדיר את גן השלושה כ"גן ירוק", כלומר לאסור בו הדלקת אש מכל סוג, למשל לצורך צליה על מנגל, למעט הפעלת גזיה קטנה. זאת, בין השאר, כדי לשמור על הניקיון ולייצר פחות אשפה[6][7].
בין הממצאים שהתגלו בתל הייתה אמפורה שעליה כתובת בעברית - "לנמשי" (שם אביו של יהוא).
תיאטרון המים
על גדתה הדרומית של הבריכה השנייה (הבריכה התחתונה) ניתן להבחין בבירור במושבים מדורגים, שנחצבו בדופן המצוק. לדעת החוקרים מדובר בתיאטרון מים (נאומכיה) מהתקופה הרומית. לממצא זה חשיבות רבה, מפני שזהו ממצא יחיד במינו בארץ ישראל.
טחנת הקמח המשוחזרת והעתיקה
במתחם הגן ניתן להבחין בשתי טחנות קמח, אשר הופעלו באמצעות מים. הראשונה היא טחנת הקמח המשוחזרת, אשר פעלה עד לתחילת המאה ה-20, ואילו השנייה, הבנויה בצורת "ארובה", פעלה עד שלהי המאה ה-19 עד שנזנחה. שתי הטחנות נמצאות בקצה הבריכה השנייה, במרחק מה זו מזו.
אתר שחזור חומה ומגדל
המושבים המדורגים של תיאטרון המים
טחנת הקמח המשוחזרת
טחנת הקמח העתיקה
שחזורה של תל עמל, מיישובי חומה ומגדל
בסמוך לגן השלושה ממוקמת חוות חיות הכיס - גן גורו, שהוקמה על ידי חברי קיבוץ ניר דוד.
בתרבות הפופולרית
בשנת 2012 יצא סרטו התיעודי של רן טל "גן עדן" העוסק בגן, במנהליו ובבאיו.[8]