חפירה ארכאולוגית היא חפירה בקרקע שמטרתה גילוי שרידים עתיקים. החפירה נעשית על ידי צוות הכולל ארכאולוג אחראי ועוזרים, ונעשית על פי שיטות שנתגבשו עם השנים ובפיקוח מדעי.

חפירה ארכאולוגית היא במהותה פעולה של הרס. מה שנחפר לא ניתן לחפור מחדש, ומכאן חשיבות הבקרה של תהליך החפירה. בעת החפירה יש לנהל רישום מדויק הכולל מדידה, ציור, צילום ותיעוד בכתב של כל הממצאים בכל שלב של החפירה. פעולת החפירה לא מסתיימת בסיום החפירה בפועל בקרקע. המשכה הוא בעיבוד הממצאים, והיא מסתיימת בפרסום דוח חפירה.

בחפירה המודרנית לא חופרים את כל שטח האתר. תהליך החפירה הוא איטי, נמשך זמן רב ועלותו הכספית גבוהה. לכן, נהוג לחפור מדגם מייצג של הממצאים, מהם ניתן ללמוד על האתר, ולא את כולו. חשיפת קטע של חומת עיר, לדוגמה, נותנת מידע על עובי החומה, על שיטות הבנייה ששימשו בבנייתה וכו'. חשיפת כל החומה לא תתרום מידע נוסף. סיבה נוספת לכך שלא חופרים את כל האתר ההנחה שהטכנולוגיה המשמשת את המחקר הארכאולוגי תלך ותשתפר עם השנים. השארת שטחים שלא נחפרו, תאפשר לחזור בעתיד לאתרים אלו ולבצע בהם חפירות חדשות בעזרת אמצעים חדשים ומשוכללים יותר, אשר יוכלו לשפוך אור חדש על האתר.

השלב הראשון שבו עוסק הארכאולוג הוא "שאלת המחקר", מהי מטרת המחקר. איזה מידע הוא רוצה לגלות. הארכאולוג מתעניין בתחום מסוים ורוצה לקבל תשובות לשאלותיו, הדבר דומה לשלבי "פיתוח ההשערה" וה"תחזית" בשיטה המדעית כשהחפירה עצמה היא הניסוי. חלק מהשאלות צצו בחפירות ארכאולוגיות קודמות שנעשו באתרים אחרים. אחת האפשרויות העומדות בפני הארכאולוג הוא לחפור אתר חדש שלא נחפר קודם, או לחפור שטח חדש באתר שכבר נחפר. בחירת האתר הספציפי נעשית על פי נתונים שהתקבלו מסקרים ארכאולוגים שנעשו לפני כן, כדוגמת סקר הר מנשה. החפירה הארכאולוגית אינה מטרה בפני עצמה, אלא היא חלק ממכלול המידע העומד לרשות הארכאולוג במחקר אותו הוא עורך.

לאחר שהוגדרה שאלת המחקר, והארכאולוג החליט לחפור אתר חדש, עליו להחליט היכן לחפור באתר שנבחר. פעמים רבות השטח גדול מאוד והתקציב של הארכאולוג מוגבל, ולכן חשוב שיאתר את השטח שיענה מהר ככל האפשר לשאלת המחקר שלו. לשם כך עליו לבצע סקר ארכאולוגי.

האזור שנחקר מחולק למשבצות הנסקרות באופן שיטתי על ידי חוליית הסקר. הסוקרים עוברים ברגל ומתעדים את הממצאים על פני השטח כגון: קירות, חרסים, מטבעות, שברי כלי זכוכית ועוד. שינויים טופוגרפיים על פני השטח או התל עשויים לתת רמז נוסף לחופר. שקע בשולי התל, למשל, עשוי לתת רמז על קיומו של שער בחומה. כל המידע שנאסף ותועד מעובד לאחר מכן והוא הבסיס להחלטת הארכאולוג היכן להתחיל לחפור בשטח שנבחר. ההחלטה של הארכאולוג לחפור באזור מסוים באתר היא בסופו של דבר השערה מלומדת. פעמים רבות המקריות מביאה לתגליות חשובות לדוגמה: בתל לכיש נתגלה מקדש כנעני מחוץ לחומות בעת הכנת השטח שבו התכוונו החופרים לשפוך את העפר שנופה.^[1]

לאחר שהארכאולוג החליט לבצע חפירה ארכאולוגית עליו לארגן את החפירה. ההתארגנות כוללת הכנת תקציב חפירה שבו יש לפרט את כל הוצאות החפירה כגון: מנהלי שטחים, חופרים, לוגיסטיקה, ציוד חפירה, כלי רכב, מקומות לינה לחופרים, מזון, עיבוד החומר הנחפר, שימור ועוד. במקביל לפירוט ההוצאות על הארכאולוג גם להשיג את מקורות המימון לחפירה.

כדי לחפור באתר מסוים על הארכאולוג לקבל רישיון חפירה. בישראל שבתחום הקו הירוק וברמת הגולן הרישיון ניתן על ידי רשות העתיקות. הרישיון שבשטחים האחרים (שטחי יהודה ושומרון ועד שנת 2005 גם ברצועת עזה) ניתן על ידי קצין המטה לארכאולוגיה הפועל במסגרת המנהל האזרחי לפי החוקים הנהוגים בשטחים אלה. הרישיון ניתן מתוקף חוק העתיקות, התשל"ח-1978.

רישיון החפירה כולל את הנתונים הבאים: הארכאולוג האחראי, המוסד האקדמי במסגרתו נעשית החפירה, גורם מממן, שם האתר, נקודות ציון ברשת ישראל, תאריכי חפירה, ועוד. לכל רישיון מצרפים את תוכנית המחקר, מפת האתר עליה מסומנים שטחי החפירה המתוכננים, פירוט תקציבי החפירה ועוד.^[2] הרישיון שניתן הוא לשנה אחת בלבד. בכל שנה יש להגיש בקשה מחודשת לרישיון חפירה.

לאחר בחירת האזור שייחפר באתר, מסמנים אותו ברשת של ריבועים. הריבועים נקבעים על תוכנית האתר. כל האתר מרושת ברשת של קווי אורך ורוחב שמסומנים באותיות (קווי רוחב) ומספרים (קווי אורך). כך גם קל לאתר ריבוע ספציפי, שם הזיהוי מלווה אותו לכל אורך החפירה, לדוגמה: ריבוע A2, F1 וכו'. בישראל נהוג שרשת הריבועים תהיה בגודל של 5X5 מטר (שיטה זאת נקראת "השיטה הישראלית"^[3]). החפירה נעשית לפי ריבועי החפירה. באתר קטן יסומן כל השטח בריבועים. הסימון נעשה באמצעות נעיצת יתדות באדמה. ריבועים אלה מהווים בסיס ליחידת החפירה היסודית באתר. באתרים המוגדרים פרהיסטוריים רשת הריבועים קטנה הרבה יותר - נהוג לסמן בה רשת של 1X1 מטר. נעשית מדידה של גובה פני השטח בעזרת מכשיר מדידה מתאים כגון מאזנת או תאודוליט ונקבעת הנקודה שתהיה נקודת הבנצ'מרק. הנקודה שעליה יוצב מכשיר מדידת הגובה והוא יהיה נקודת ההתייחסות בכל מדידה של גובה השטח בריבועי הפירה.

הארכאולוג בוחר מתוך הריבועים שסומנו את הריבועים בהם יחל לחפור, מחלק את החופרים לקבוצות ולכל קבוצה ממנה חופר מנוסה יותר המשמש כמנהל השטח הספציפי. לעיתים יחליט הארכאולוג להתחיל לחפור בו זמנית בשני שטחים שונים באתר. כל שטח מקבל שם שהוא שם הזיהוי שלו בכל החפירה כגון שטח A, שטח B.

בשלב ראשון מודדים את גובה פני השטח של הריבוע הנחפר. לעיתים קרובות השטח אינו אופקי והמדידה נעשית במרכז הריבוע כנקודת גובה מייצגת של הריבוע. לאחר מכן מבצעים ניקוי פני שטח. כל הממצאים הנאספים על פני השטח מקבלים מספר של לוקוס הנקרא לוקוס פני שטח.

כל שטח חפירה מקבל סדרת מספרי לוקוסים (התוך, בנק הלוקוסים"). רצוי להתחיל עם סדרות של מספרים שיאפשרו גמישות והוספת לוקוסים. לדוגמה אם באתר נחפרים בו זמנית שני שטחים שטח A ושטח B מספרי הלוקוסים בשטח A יחלו ממספר 1000 ומספרי הלוקוסים בשטח B יחלו ממספר 2000. מספרי הלוקוסים ניתנים כמספרים עוקבים, המרווח תלוי בכמות הלוקוסים שהארכאולוג מצפה לפתוח ובגודל השטח. יחידת המדידה הקטנה ביותר של הממצאים בחפירה היא הסל. הסל הוא דלי המקבל מספר הקשור למספר הלוקוס. לכל לוקוס יש סל נפרד, בכל יום נפתח סל חדש שלתוכו מכניסים את כל הממצאים שנמצאו בלוקוס הנחפר. בסיום יום החפירה הסל נלקח מאזור החפירה ומועבר להמשך טיפול.

לכל שטח חפירה מנוהל גם יומן סלים. את יומן הסלים מכינים מראש. זהו טופס המנוהל ברמה יומית המכיל את הפרטים הרלוונטיים לתעוד החפירה והוא התעוד הבסיסי. הטופס כולל את שם האתר, מספר הרישיון, שם השטח, תאריך החפירה ושם מנהל השטח המנהל את היומן. בנוסף מכיל הטופס את מספר הסל, מספר הלוקוס, מספר הריבוע מפלס גובה פתיחה וסגירה של יום החפירה וכן תיאור גרפי של הממצאים בלוקוס. דוגמה לתיאור גרפי: עפר חום בהיר תחוח, מספר אבני גזית נפולות. לכל לוקוס יכולים להיות מספר סלים.

בתל ארכאולוגי שטרם נחפר ושרצף השכבות בו אינו ידוע תחל לרוב החפירה בביצוע חתך בשולי התל. מהחתך ניתן ללמוד על רצף השכבות מפני השטח ועד לסלע האם. חתך זה יכול לתת לארכאולוג מידע מוקדם שיאפשר לו לבחור טוב יותר את הריבועים שבהם יחפור.

בעת חפירת הריבוע משאירים מחיצה של 0.5 מטר בין הריבועים, כך שהשטח נטו שנחפר בריבוע הוא 4.5X4.5 מטר. השארת המחיצה יוצרת חתך ארכאולוגי המאפשרת לזהות ביתר קלות שינויים בצבע העפר ומקלה על קביעת הסטרטיגרפיה. בנוסף השארת המחיצה יוצרת מעבר ברוחב של 1 מטר בין שני ריבועי החפירה.

כל יום חפירה מתחיל בארגון כלי החפירה. מנהל השטח, לאחר דיון עם הארכאולוג האחראי, מחלק את משימות החפירה ומחליט היכן יחפור כל חופר. חשובה הרציפות של החופרים בשטח הנחפר ורצוי שחופר ספציפי ימשיך לחפור באותו ריבוע חפירה ובאותו לוקוס בו חפר ביום הקודם.

כל חופר מקבל סל אליו מוצמד כרטיס. על גבי הכרטיס נרשם מספר הסל, מספר הלוקוס, מספר הריבוע וכן גובה שטח הלוקוס בתחילת יום החפירה (שהוא גובה סיום החפירה ביום הקודם). בנוסף החופר מקבל מספר דליים אליהם הוא אוסף את העפר והאבנים המיועדים לפינוי מהשטח שנחפר.

החפירה נעשית בכלים שונים, בהתאם למצב השטח ובהחלטת מנהל השטח. בעת פתיחת שטח חדש החפירה נעשית בעיקר במכושים, ככל שהכלים גדולים וכבדים יותר החפירה מהירה וגסה יותר, והיא יכולה לגרום לכך שהחופר לא יזהה שינויים בצבע העפר. בימי קדם היו עשויות רצפות הבתים בדרך כלל מעפר שהודק ברגליים. חפירה מהירה מדי עלולה לגרום לכך שחופר יחפור דרך הרצפה ועל יד כך יערבב בין ממצאים כגון: חרסים, מטבעות, עצמות ועוד שהיו מעל הרצפה שהיוותה את "שכבת החיים" בבית באותה תקופה עם ממצאים ששייכים לתקופה קודמת. הכלים העיקריים בהם משתמש החופר כוללים כלי עבודה גדולים כגון מכושים, טוריות ומריצות וכן כלים קטנים יותר כגון: מכושונים, כפות בנאים, מטאטאי קש גסים, ומטאטאי שערות עדינים. לעיתים משתמשים גם בדקר, מברשת צבע ויעה לאיסוף העפר. בחפירה מאוד עדינה (במיוחד בחפירה פרהיסטורית) גם בכלים דנטליים של רופא שיניים.

בתחילת החפירה נקבע שטח מחוץ לאזור שנקבע לחפירה אליו שופכים את העפר שנאסף בתוך החפירה וכן את האבנים המוצאות מהשטח. החפירה מתנהלת בצורה מפולסת. בני אדם חיים על משטח אופקי המהווה רצפה שהיא "מפלס חיים". זהו השטח שבו פעלו והתקיימו בני אדם ברגע נתון. על מפלס החיים ניתן למצוא עקבות לפעילות אנושית כגון שרידי מזון, מוקדי אש בצורת פיח, חרסים שונים ועוד. כדי לא לערבב בין המכלולים השונים ובין מפלסי החיים של תקופות שונות מקפידים על חפירה מפולסת.

החופר אוסף את הממצאים ל"סל" ואת העפר והאבנים מסלק מהשטח. כבר בעת הכנסה לסל נעשית הפרדה בין סוגי ממצאים שונים. החרסים מוכנסים ישירות לתחתית הסל, ואילו עצמות בעלי חיים מופרדות ומוכנסות בשקית פלסטיק נפרדת המוצמדת לסל. על החופר להקפיד לשמור על ניקיון השטח. כל סילוק עפר מלווה בפעולת טאטוא של השטח. ההקפדה על כך תאפשר לחופר לזהות ולהבחין בכל שינוי שחל בצבע העפר. שינוי זה יכול להצביע אולי על מפלס חיים חדש או במקרה של עפר בצבע אפור על חורבן הנובע משריפה ועוד. פעולת הטאטוא היא בעצמה פעולת חפירה כי היא מסירה עפר. לעיתים קרובות בעת פעולת הטאטוא מתגלה ממצא שלא נתגלה לפני כן, לעיתים מדובר בממצא חשוב ושלם. גילוי הממצא בשלב זה לפני שהוא הוסר בחפירה גסה יותר מאפשרת לתעד במדויק את מקומו למדוד את גובה פני השטח שבו נמצא לצלם ולתעד את הפרטים המדויקים של הממצא הספציפי.

אם מתגלה שינוי בצבע העפר יש לבדוק האם מדובר בלוקוס חדש. שינוי בצבע העפר הוא אחד המדדים לקבלת החלטה בשינוי הלוקוס. בכל מקרה חשוב להחליף "סל" ולהפריד בין הממצאים שנמצאו בעפר בעל הצבע החדש. מסמנים ורושמים זאת ביומן החפירה. ייתכן שבדיעבד יסתבר שלשינוי צבע העפר אין כל משמעות, אבל אם יסתבר שיש לו משמעות הפרדת הממצאים לסל חדש מאפשרת זיהוים לפי המילויים השונים. חלק מדליי העפר בחפירה מועברים לסינון ברשת במטרה למצוא ממצא קטן יותר שלא ניתן לגלותו בחפירה רגילה, כגון חרוזים ועצמות דגים.

תוך כדי החפירה כל לוקוס המהווה יחידה סטרטיגרפית כגון עפר בעל אופי אחיד, קיר, מתקן או רצפה, מקבלת מספור, נרשמת בתוכנית האתר, מתוארת ונקבעים גבולותיה ומפלסיה. בעת החפירה יש לקבוע את הכרונולוגיה היחסית של כל אחד מן המרכיבים המתגלים בחפירה, כל קיר, רצפה, מתקן, מילוי עפר וכדומה. יש לקבוע מהו המרכיב הקדום ביותר באתר, מה נוסף אחריו, מה נוסף לאחר מכן, וכך הלאה. דבר זה יכול להיעשות אך ורק באתר תוך כדי החפירה ותוך כדי התבוננות במרכיבים השונים בשעת החשפותם. הדבר נעשה על ידי בירור היחסים הסטרטיגרפיים בין המרכיבים. כך למשל, קירות הצמודים לקירות אחרים עשויים להיות בני זמן אחד, ואילו קירות הבנויים על גבי אחרים - מאוחרים להם בזמן. לעומת זאת הכרונולוגיה המוחלטת של מרכיבי האתר, הקובעת את זמנם במונחים של שנים ביחס למניין השנים הנהוג כיום (לפני הספירה, לאחר הספירה), נעשית לאחר תום החפירה באמצעות הנתונים שנאספו, כגון מחקר כלי החרס, זיהוי המטבעות (בעיקר לאחר שנוקו במעבדה), מחקר רדיומטרי של חומר אורגאני שנאסף בעזרת תיארוך פחמן-14, ושיטות מקובלות נוספות.

בסיום יום החפירה כל השטח שנחפר מנוקה ומטואטא. נעשית מדידה של פני השטח בכל לוקוס. אזורי החפירה השונים מצולמים והממצאים שנאספו נלקחים משטח החפירה לאזור ההתכנסות של משלחת החפירה (לרוב באזור המגורים של המשלחת). גם ציוד החפירה נאסף ולא נשאר בשטח. באזור התכנסות המשלחת, מוכנסים כל החרסים לדליים עם מים. החרסים מכוסים לרוב בשכבת עפר שנצמדה אל החרס במשך כל זמן שהותו באדמה. יש להסיר שכבה זו כדי לאפשר בחינה טובה יותר של החרס, סוג הכלי אליו היה שייך ותקופתו. הסרת הצימדה מאפשרת גם לזהות ביתר קלות את העיטור של הכלי. הממצאים שהוכנסו ביום הקודם לדלי מים, עוברים תהליך של הברשה בעזרת מים ומברשות קשות קטנות להסרת שארית הצימדה. החרסים מונחים לייבוש בתוך ארגז פלסטיק מחורר. בכל שלב ושלב, התהליך נעשה ברמת ה"סל", תוך שמירת כרטיס הסל בצמוד לחרסים. פעולה זאת נקראת "שטיפת חרסים".

השלב הבא הוא מיון הממצאים. המיון נעשה שוב על פי סלים. הארכאלוג החופר ביחד עם מנהל השטח והחופרים יושבים סביב שולחן. הממצאים מונחים על השולחן. נעשה מיון של החרסים. אין צורך בשמירת כל החרסים. נשמרים רק ממצאים אינדיקטיביים המאפשרים זיהוי הכלי כגון שפת הכלי. אם נמצאו מכלי מסוים מספיק שברים הכלי נשלח לרפאות (אנ') (תהליך של חיבור השברים ושחזור הקטעים החסרים לכלי שלם). בעת המיון נעשית הפרדה בין סוגי השברים השונים כגון: ידיות, שפות כלי, בסיסים ושברי גוף. כל שבר מגודל מסוים הנקבע על ידי הארכאולוג, נספר. ביומן החפירה נרשמים נתונים אלה. ממצאים קטנים כגון עצמות בעלי החיים שנמצאו בחפירה נשמרים כולם ונשלחים לארכאוזואולוג המתמחה בזיהוי עצמות, אבני הצור שנמצאו נשלחות למומחה צור.

התיעוד שנאסף בשטח ביומני החפירה והמידע שנצבר בעת פעולת המיון של הממצאים מועלים בסיומו של כל יום חפירה בצורה שיטתית למחשב.

בישראל, על פי חוק העתיקות, חובה על הארכאולוג שקיבל את רישיון החפירה לתת לפחות אחת לשנה מיום התחלת החפירה דוח בכתב לרשות העתיקות. על הדוח לכלול דיווח מפורט ככל האפשר על החפירה כולל תרשימים, תוכניות ותצלומים מהחפירה. יש לצרף לדוח גם פירוט העתיקות שנתגלו באתר.

תוך 5 שנים מסיום החפירה יש להוציא פרסום מדעי שנקרא "דוח חפירה". לבעל הרישיון נשמרת זכות הפרסום במשך 10 שנים מיום סיום החפירה. אם הארכאולוג בעל הרישיון לא מפרסם את הדוחות על פי החוק, רשאי מנהל רשות העתיקות לא לתת לו רישיון חפירה (הרישיון הוא שנתי) עד להשלמת חובותיו.^[4]

חפירת בדיקה היא חפירה מדגמית הבאה לשלול נוכחות ממצאים ארכאולוגיים באתר בנייה, מכיוון שאין תקציב לממן חפירה ארכאולוגית בכל קרקע המיועדת לבנייה, מחייב חוק העתיקות את הקבלנים להמציא אישור מרשות העתיקות שבוצעה במקום חפירת בדיקה, החפירה ממומנת על ידי הקבלן ורמת הבדיקה שלה בהתאם לסיכוי למצוא ממצאים ארכאולוגיים. באתרים שבהם נמצאו בעבר עתיקות החפירה נרחבת מאוד וכל ממצא שמתגלה בה יכול לעכב את הבנייה לשנים רבות. רק לאחר שנותחו הממצאים מוחלט האם לבצע חפירת הצלה או לבטל את הפרויקט.

חפירת הצלה היא חפירה ארכאולוגית לא מתוכננת. היא נעשית בעקבות פגיעה באתר עתיקות שנתגלה תוך כדי עבודת פיתוח בשטח, כגון בעת סלילת כביש, בנייה, חציבה וכדומה. על פי החוק אם קורה אירוע של פגיעה באתר עתיקות יש להפסיק מיידית את עבודת הפיתוח בשטח ולקרוא לארכאולוג רשות העתיקות כדי שייבחן את המקום. היזם נדרש לבצע חפירת הצלה באמצעות מכון ארכאולוגי מדעי מוכר ועליו לממן את החפירה. מטרת החפירה היא לתעד את הנתונים בשטח ולאסוף את הממצאים.

חפירת הצלה היא רק המוצא האחרון להצלת המידע באתר העתיק ולהצלת האתר עצמו. מדינת ישראל זרועה באתרי עתיקות. תהליך הפיתוח המואץ שפוקד את המדינה זה יובל שנים מסכן את אתרי העתיקות. חוק העתיקות נותן בידי השלטונות ובידי נציגיה - רשות העתיקות - את האחריות והסמכות לשמור על האתרים ככל הניתן.

השמירה על אתרי העתיקות מתחילה למעשה בתכנון מפעל הפיתוח. אזור שאינו מוכר דיו - ייערך בו סקר ארכאולוגי ובו יזוהו כל השרידים העתיקים שהם מעשה ידי אדם. על פי דרישתה של רשות העתיקות תוכניות הפיתוח יתואמו לתוצאות הסקר, כדי לצמצם את מידת הנזק הצפוי על פי התוכניות המקוריות. מאחר שלא כל האתרים גלויים על פני השטח הרי שלמרות תכנון מאושר יש שמתגלות עתיקות באקראי במהלך עבודות הפיתוח. בסמכותם של מפקחי רשות העתיקות לעצור בעד המשך העבודה הפוגעת בעתיקות. ייערכו התייעצויות בין הגופים המבצעים לבין המתכננים והארכאולוגים בעניין המשך העבודה, ויוחלט אם לשנות את התכנון או לבטלו כליל.

אם הדבר לא ניתן, כאשר המשך העבודה חיוני לתכנון, (למשל: יסודותיו של גשר שמיקומו נקבע ע"פ תוואי הכביש והנחל) נערכת באתר חפירת הצלה. בתום החפירה מתקיימת שוב התייעצות לאור התגלית. אם שרידי המבנים יוצאי דופן בחשיבותם - תחייב רשות העתיקות שינוי בתוכנית הפיתוח ושמירת השרידים מתחת למפעל הפיתוח. זהו פתרון קיצוני, נדיר ויקר ביותר למפתח. ברוב המקרים, ולאור אופי האתר, תתיר רשות העתיקות את המשך עבודות הפיתוח באתר ורק הקטע המיועד לבניה מחודשת ייהרס, לאחר שהשרידים נחשפו, תועדו והעתיקות פונו במסגרת חפירת ההצלה.

על פי רשות העתיקות גם חפירה מתוכננת שנולדה בעקבות תוכנית פיתוח המיועדת להתבצע בשטח מסוים נקראת חפירת הצלה. בפרויקטים גדולים כמו כביש 6 נעשה סקר ארכאולוגי מוקדם לפני התחלת סלילת הכביש ונעשו חפירות הצלה בנתיב המיועד.^[5][6]

חפירות הצלה נערכות גם באתרים שנפגעו בפעולות של חפירה בלתי מורשה (המכונה "שוד עתיקות") וגם בפעולות שבהם נתגלו באקראי קברים עתיקים.

הארכאולוגיה כוללת גם תחומי התמחות של ארכאולוגיה ימית וחפירות באתרים פרהיסטוריים. חפירות באתרים אלה דורשת שיטות חפירה אחרות וידע בתחומים נוספים שאינה נדרשת בחפירה ארכאולוגית "רגילה".

חפירה תת ימית דורשת ידע בימאות, הבנת אופיו של הים, ידע בצלילה. ארכאולוג תת-ימי חייב להיות צולל משום שעבודת החפירה נעשית מתחת לפני המים. הארכאולוג נדרש לידע של תהליך טביעת כלי שיט והתכסותו על ידי חול הים. ההפרדה הסטרטיגרפית בחפירה זאת נעשית לשם שחזור נכון של כלי השיט ומיקומם המדויק של חלקי המטען ולא לשם הבחנה בין התקופות כמו בחפירה יבשתית.^[7]

חפירה פרהיסטורית דורשת ידע בגאולוגיה, בהיווצרות מערות ועוד. האדם הקדמון הושפע מאוד מהסביבה הטבעית בו הוא חי והיא הייתה חלק מהתפתחותו. הארכאולוג הפרה היסטורי נדרש לידע של החי והצומח שיצרו את הנוף בהם הוא חי. הממצאים באתרים פרהיסטוריים מורכבים בעיקר מכלי צור ועצמות בעלי חיים. הממצאים הם עדינים ולכן ריבועי החפירה קטנים ושיטות העבודה הרבה יותר מדויקות מאשר בחפירה רגילה. כל העפר נאסף ועובר תהליך של ניפוי וסינון.

• חתך ארכאולוגי

• רוני רייך, הזמנה לארכאולוגיה, דביר הוצאה לאור, 1995
• אמנון בן-תור, מבוא לארכאולוגיה של ארץ-ישראל בתקופת המקרא, יחידה 1, האוניברסיטה הפתוחה, 1989
• יוחנן אהרוני, דברים לשיטת החפירה הישראלית, ארץ ישראל י"א, עמודים 48–53
• ויליאם דיוור, שיטות העבודה בארכאולוגיה של ארץ ישראל - מהפכה מתמדת, קדמוניות יד', 1981, עמודים 15–21.
• בריאן מ' פאגן, ארכאולוגיה כהרפתקה, ספרית מעריב, 1990

מדיה וקבצים בנושא חפירה ארכאולוגית בוויקישיתוף

• מדיניות רשות העתיקות בנושא חפירות ההצלה
• עמי שחר, שימור מלווה חפירה, אתר רשות העתיקות - מינהל שימור, 2013
• חפירה ארכאולוגית, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית)
• גילוי קברים מתקופת האבות, ינואר 1951, באתר ארכיון הסרטים הישראלי בסינמטק ירושלים
• חפירות ארכאולוגיות בבית שאן, 1952, באתר ארכיון הסרטים הישראלי בסינמטק ירושלים
• חפירות (ארכיאולוגיה), דף שער בספרייה הלאומית