Seguindo o consello de Louis Pasteur, estudou ciencias na École Normale Supérieure, onde asistiu a clases de zooloxía dadas por Henri de Lacaze-Duthiers (1821–1901). Despois, foi un mestre de escola durante tres anos nun colexio de Agen. En 1869 obtivo o doutoramento en Ciencias Naturais, e posteriormente substituíu a Lacaze-Duthiers na École Normale Supérieure (1872).
En 1876 conseguiu a cátedra de Historia Natural (moluscos, vermes e zoófitos) no Museo Nacional de Historia Natural de Francia, e en 1879 converteuse en presidente da Sociedade Zoolóxica de Francia. A inicios da década de 1880 participou nunha serie de expedicións marítimas durante as cales realizou investigacións da vida mariña da zona bentónica, obtendo con iso recoñecemento internacional como especialista en fauna mariña.
En 1892 converteuse en membro da Academia das Ciencias de Francia, e aínda que non era doutor en medicina, converteuse en membro da Academia Nacional de Medicina (1898). De 1900 a 1919 foi director do Museo de Historia Natural, onde durante o mesmo período (en 1903), sucedeu a Henri Filhol (1843–1902) na cátedra de anatomía comparada.
Perrier estaba moi interesado nas teorías evolutivas de Charles Darwin e Jean-Baptiste Lamarck. En 1909 foi o orador na inauguración do monumento a Lamarck no Museo Nacional de Historia Natural. Cría que Lamarck era o verdadeiro fundador da teoría da evolución, polo que se considera lamarckista.[2]
Obras seleccionadas
Etudes sur l'organisation des Lombriciens terrestres, 1874.
La Philosophie zoologique avant Darwin, 1884.
Les Coralliaires et les îles Madréporiques..., 1887.
Lamarck et le transformisme actuel, 1893.
Expéditions scientifiques du Travailleur et du Talisman pendant les années 1880, 1881, 1882, 1883 (1902).
La Femme dans la nature, dans les moeurs dans la légende, dans la société, 1910.
La Terre avant l'Histoire. Les Origines de la Vie et de l'Homme, 1920.
↑Yves Laissus, "Cent ans d'histoire", 1907-2007 - Les Amis du Muséum, especial do centenario, setembro de 2007, suplemento para a publicación trimestral Les Amis du Muséum national d'histoire naturelle, n° 230, xuño de 2007, ISSN 1161-9104 (en francés).