Avant la construction de temple, les protestants de Belfort dépendent de l'église luthérienne Saint-Christophe de Héricourt, ancienne église catholique passée au protestantisme en 1562[1]. En 1850, un petit oratoire est aménagé à Belfort par César de Waldner de Freundstein, receveur particulier des finances, dans l'ancien pavillon de chasse du général Jean-Baptiste Kléber. L'inauguration a lieu le . C'est aujourd'hui une partie de la maison presbytéral, avec la salle Kléber[2].
Le temple Saint-Jean est inauguré le . En est inauguré un orgue construit par le facteur d'orgues Marc Garnier de Morteau, avec 24 jeux et buffet polychrome de style nord allemand[5],[6],[7].
Architecture
Les plans sont dressés par l'architecte départemental M. Cordier, corrigés et suivis par M. Jundt, ingénieur des Ponts et Chaussées et conseiller presbytéral. La façade est formé d'un clocher flèche. Sur le portail s'ouvre une Bible, symbole caractéristique des temples protestants, portant l’inscription « Sainte Bible, ta parole est la vérité et elle ne passera pas ». Les fenêtres, trois de chaque côté de la nef, sont garnies de verre coloré.
Sous le buffet de l'orgue est peint « Soli deo gloria », « A Dieu seul la gloire » en latin, un des Cinq solas de la Réforme protestante.