Il entame dans un premier temps une carrière d'instituteur mais, après quatre années d'enseignement, fonde à Saint-Stephen avec son frère un magasin de détail qui allait devenir Ganong Bros., la chocolaterie la plus ancienne du Canada.
Ganong se lance en politique en 1896 et est élu député fédéral de la circonscription de Charlotte le de la même année. Il sera ensuite réélu aux élections de 1900 et 1904, mais battu à celles de 1908.
Il est nommé lieutenant-gouverneur du Nouveau-Brunswick le , mais décèdera quelques mois plus tard, le à Saint-Stephen.
